Pada setiap musim mudikLebaran, stasiun ini dipergunakan sebagai stasiun terminus awal pemberangkatan kereta-kereta api yang mengangkut sepeda motor di lintas utara.[2]
Stasiun ini dikelola bersama oleh Daerah Operasi I Jakarta dan PT KA Logistik (Kalog). Kalog kini beroperasi sebagai operator stasiun tersebut terutama pada aktivitas pengangkutan barang. Untuk mempermudah layanan, Kalog menyediakan los-los pergudangan yang nantinya disewa oleh pihak ketiga (perusahaan jasa ekspedisi pengiriman barang). Selain itu, Kalog juga menyediakan fasilitas antarmoda.[3]
Pada tanggal 21 April2010, tiga rangkaian kereta api Antaboga dengan nomor gapeka 2012 terguling setelah baru saja meninggalkan Stasiun Jakarta Gudang, sekitar pukul 22.50 WIB. Diduga disebabkan rel patah sehingga gerbong nomor 13, 14, dan 15 terguling, sehingga gerbong 13 hingga 20 tidak jadi melanjutkan perjalanan. Sedangkan gerbong nomor 1 hingga 12 sudah bisa diberangkatkan kembali.[4]
Templat ini hanya menampilkan stasiun utama untuk penumpang dan/atau barang.
Untuk melihat daftar stasiun secara lengkap, dapat mengklik "(Daftar)" pada masing-masing daerah operasi/divisi regional. Pembagian wilayah operasional KAI tidak sama dengan wilayah administratif sehingga terdapat stasiun yang berada di luar Daop/Divre untuk provinsinya.
.svg)
