Varian SARS-CoV-2

Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas
Loncat ke navigasi Loncat ke pencarian

Koronavirus sindrom pernapasan akut berat 2 (SARS-CoV-2), virus penyebab penyakit koronavirus 2019 (COVID-19), memiliki banyak varian; beberapa di antaranya dipercaya cukup penting. Artikel ini membahas varian-varian penting dari SARS-CoV-2 dan beberapa mutasi penting yang ditemukan di sebagian atau seluruh varian-varian ini.

Deret urutan WIV04/2019 yang termasuk klad S GISAID, garis keturunan A Pangolin, dan klad 19B Nextstrain kemungkinan menggambarkan pengurutanan genom virus asli yang menginfeksi manusia dan dikenal sebagai "urutan nol". Urutan ini dipakai secara luas dan menjadi urutan rujukan.[1]

Pengelompokan[sunting | sunting sumber]

Meskipun ada ribuan varian SARS-CoV-2, ada juga pengelompokan yang jauh lebih besar yang disebut klad. Beberapa nomenklatur klad berbeda untuk SARS-CoV-2 telah diusulkan.[2]

  • Mulai Desember 2020, GISAID—mengacu pada SARS-CoV-2 sebagai hCoV-19—mengidentifikasi tujuh klad (O, S, L, V, G, GH, dan GR).
  • Pada Desember 2020 pula, Nextstrain mengidentifikasi lima klad (19A, 19B, 20A, 20B, dan 20C).
  • Dalam artikel tahun 2020 di International Journal of Infectious Diseases, Guan dkk. mengidentifikasi lima klad global (G614, S84, V251, I378, dan D392).
  • Rambaut dkk. mengusulkan istilah "garis keturunan" dalam artikel tahun 2020 di Nature Microbiology. Pada Desember 2020, telah ada lima garis keturunan utama (A, B, B.1, B.1.1, dan B.1.777) yang diidentifikasi.

Latar belakang[sunting | sunting sumber]

Meskipun kemunculan SARS-CoV-2 dihasilkan oleh rekombinasi genetika antara virus corona seperti SARS yang terdapat pada kelelawar dan tenggiling (melalui transmisi antar spesies),[3] mutasi memainkan peranan yang penting pada evolusi dan kemunculan varian SARS-CoV-2 baru. [4]

Varian penting[sunting | sunting sumber]

Cluster 5[sunting | sunting sumber]

Cluster 5, juga disebut sebagai ΔFVI-spike oleh State Serum Institute (SSI) Denmark, ditemukan di Jutlandia Utara, Denmark, dan diyakini telah menyebar dari mink ke manusia melalui peternakan bulu. Pada 4 November 2020, diumumkan bahwa populasi cerpelai di Denmark akan dimusnahkan untuk mencegah kemungkinan penyebaran mutasi ini dan mengurangi risiko terjadinya mutasi baru. Karantina wilayah dan pembatasan perjalanan diberlakukan di tujuh kota di Jutlandia Utara untuk mencegah penyebaran mutasi yang dapat membahayakan tanggapan nasional atau internasional terhadap pandemi COVID-19.[5]

Garis keturunan B.1.1.7 (Alpha)[sunting | sunting sumber]

Garis keturunan B.1.1.7,[6] disebut juga 20I/501Y.V1 atau Variant of Concern 202012/01 (VOC-202012/01),[7] sebelumnya dikenal sebagai Variant Under Investigation pertama pada Desember 2020 (VUI-202012/01), pertama kali terdeteksi pada Oktober 2020 selama pandemi COVID-19 di Britania Raya dari sampel yang diambil bulan sebelumnya.[8] Sejak itu, prevalensinya menjadi dua kali lipat setiap 6,5 hari, perkiraan interval generasinya.[9][10] Varian ini berkorelasi dengan peningkatan yang signifikan pada tingkat infeksi COVID-19 di Britania Raya. Peningkatan ini diperkirakan setidaknya sebagian karena mutasi N501Y. Pada tanggal 2 Maret 2021, Indonesia melaporkan kasus pertamanya untuk varian ini.[11][12][13]

Garis keturunan B.1.351 (Beta)[sunting | sunting sumber]

Varian 501.V2, disebut juga 20H/501Y.V2, VOC-202012/02, atau garis keturunan B.1.351,[14] pertama kali terdeteksi di Afrika Selatan dan dilaporkan oleh departemen kesehatan negara itu pada tanggal 18 Desember 2020.[15] Peneliti dan pejabat melaporkan bahwa prevalensi varian tersebut lebih tinggi di antara orang muda tanpa penyebab yang jelas dan, dibandingkan dengan varian lain, varian ini lebih sering mengakibatkan penyakit serius dalam kasus tersebut.[16][17] Departemen Kesehatan Afrika Selatan juga mengindikasikan bahwa varian tersebut mungkin mendorong gelombang kedua pandemi COVID-19 di negara tersebut karena varian tersebut menyebar lebih cepat daripada varian virus sebelumnya lainnya.[15][16]

Garis Keturunan B.1.617[sunting | sunting sumber]

Garis Keturunan B.1.617.2 (Delta)[sunting | sunting sumber]

Varian Delta SARS-CoV-2, juga dikenal sebagai B.1.617.2,[a] adalah sebuah varian SARS-CoV-2 bergaris keturunan B.1.617, virus yang menyebabkan COVID-19.[19] Varian tersebut dinamai varian Delta oleh WHO melalui sistem penamaan baru yang diperkenalkan pada 31 Mei 2021.[20] Varian tersebut pertama kali terdeteksi di India pada akhir 2020.[21][22]

Varian ini bertanggung jawab terhadap sebagian peningkatan kasus pada gelombang kedua pandemi di India yang dimulai sejak Februari 2021.[23][24][25]

Mutasi penting[sunting | sunting sumber]

N439K[sunting | sunting sumber]

Mutasi N439K berarti perubahan dari asparagina (N) menjadi lisina (K) pada posisi asam amino 439.[26][27] Mutasi ini diyakini pertama kali ditemukan pada musim semi tahun 2020 di Skotlandia.[28] Mutasi ini menghilang selama pembatasan sosial di negara tersebut. Namun, mutasi ini ditemukan pula di Rumania, Norwegia, Swiss, Irlandia, Belgia, Jerman, dan Britania Raya.[29] Mutasi ini telah masuk ke Indonesia sejak bulan November 2020.[30][31]

E484K[sunting | sunting sumber]

Mutasi E484K berarti perubahan dari asam glutamat (E) menjadi lisina (K) pada posisi asam amino 484.[32] Mutasi ini dilaporkan termasuk mutasi kabur, yaitu mutasi yang memudahkan virus untuk kabur dari sistem kekebalan tubuh inangnya,[33][34] dari setidaknya satu bentuk antibodi monoklonal terhadap SARS-CoV-2.[35] Mutasi E484K ada dalam varian garis keturunan P.1 (Jepang dan Manaus),[36] garis keturunan P.2 (Brazil, juga dikenal dengan B.1.1.248),[37] dan varian 501.V2 (Afrika Selatan).[35] Mutasi ini telah masuk ke Indonesia sejak bulan Februari 2021.[38][39]

N501Y[sunting | sunting sumber]

Mutasi N501Y berarti perubahan dari asparagina (N) menjadi tirosina (Y) pada posisi asam amino 501.[40] Mutasi ini diyakini dapat meningkatkan kemampuan virus untuk mengikat sel manusia.[7] Mutasi N501Y ada dalam varian P.1 (Jepang dan Brazil),[35][36] Variant of Concern 202012/01 (Britania Raya), 501.V2 (Afrika Selatan), dan COH.20G/501Y (Columbus, Ohio).

Catatan[sunting | sunting sumber]

  1. ^ Nama lainnya meliputi:
    G/452R.V3[18]
    varian India

Referensi[sunting | sunting sumber]

  1. ^ Zhukova, Anna; Blassel, Luc; Lemoine, Frédéric; Morel, Marie; Voznica, Jakub; Gascuel, Olivier (24 November 2020). "Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2". Comptes Rendus Biologies: 1–20. doi:10.5802/crbiol.29alt=Dapat diakses gratis. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2021-02-21. Diakses tanggal 2021-03-02. 
  2. ^ Koyama, Takahiko Koyama; Platt, Daniela; Parida, Laxmi (Juni 2020). "Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes". Bulletin of the World Health Organization. 98: 495–504. doi:10.2471/BLT.20.253591. We detected in total 65776 variants with 5775 distinct variants. 
  3. ^ Shahhosseini, Nariman; Wong, Gary; Kobinger, Gary; Chinikar, Sadegh (2021). "SARS-CoV-2 spillover transmission due to recombination event". Gene Reports. 23: 101045. doi:10.1016/j.genrep.2021.101045. PMC 7884226alt=Dapat diakses gratis. PMID 33615041 Periksa nilai |pmid= (bantuan). 
  4. ^ Shahhosseini, Nariman; Babuadze, George; Wong, Gary; Kobinger, Gary (2021). "Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of Concern". Microorganisms. 9 (5): 926. doi:10.3390/microorganisms9050926alt=Dapat diakses gratis. PMID 33925854 Periksa nilai |pmid= (bantuan). Diakses tanggal 4 May 2021. 
  5. ^ "De fleste restriktioner læmpes i Nordjylland" [Kebanyakan Pembatasan Sosial di Jutlandia Utara Dilonggarkan]. Sundheds- og Ældreministeriet. 19 November 2020. 
  6. ^ Rambaut, Andrew; Loman, Nick; Pybus, Oliver; Barclay, Wendy; Barrett, Jeff; Carabelli, Alesandro; Connor, Tom; Peacock, Tom; L. Robertson, David; Vol, Erik (2020). Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations (Laporan). Written on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK. Diakses tanggal 20 Desember 2020. 
  7. ^ a b Chand, Meera; Hopkins, Susan; Dabrera, Gavin; Achison, Christina; Barclay, Wendy; Ferguson, Neil; Volz, Erik; Loman, Nick; Rambaut, Andrew; Barrett, Jeff (21 Desember 2020). Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01 (PDF) (Laporan). Public Health England. Diakses tanggal 23 Desember 2020.  Kesalahan pengutipan: Tanda <ref> tidak sah; nama "Chand2020" didefinisikan berulang dengan isi berbeda
  8. ^ CDC. "Emerging SARS-CoV-2 Variants" (dalam bahasa Inggris). Centers for Disease Control and Prevention. Diakses tanggal 4 Januari 2021.  Artikel ini memuat teks dari sumber tersebut, yang berada dalam ranah publik.
  9. ^ "New evidence on VUI-202012/01 and review of the public health risk assessment". khub.net. 15 Desember 2020. 
  10. ^ "COG-UK Showcase Event - YouTube". YouTube. Diakses tanggal 25 Desember 2020. 
  11. ^ "Dua Kasus Mutasi Corona Asal Inggris Ditemukan di Indonesia". CNN Indonesia. 2 Maret 2021. Diakses tanggal 2 Maret 2021. 
  12. ^ "Wamenkes Laporkan 2 Kasus Pertama Mutasi Corona B117 di Indonesia". detikHealth. 2 Maret 2021. Diakses tanggal 2 Maret 2021. 
  13. ^ Jawahir Gustav Rizal (2 Maret 2021). Sari Hardiyanto, ed. "Mutasi Virus Corona B.1.1.7 Sudah Masuk Indonesia". Kompas.com. Diakses tanggal 2 Maret 2021. 
  14. ^ CDC. "Emerging SARS-CoV-2 Variants" (dalam bahasa Inggris). Centers for Disease Control and Prevention. Diakses tanggal 4 Januari 2021.  Artikel ini memuat teks dari sumber tersebut, yang berada dalam ranah publik.
  15. ^ a b "South Africa announces a new coronavirus variant". The New York Times. 18 Desember 2020. Diakses tanggal 20 Desember 2020. 
  16. ^ a b Wroughton, Lesley; Bearak, Max (18 Desember 2020). "South Africa coronavirus: Second wave fueled by new strain, teen 'rage festivals'". The Washington Post. Diakses tanggal 20 Desember 2020. 
  17. ^ (18 December 2020). Update on Covid-19 (18th December 2020). Siaran pers.  "Our clinicians have also warned us that things have changed and that younger, previously healthy people are now becoming very sick."
  18. ^ "COVID-19 Weekly Epidemiological Update (2 May 2021)" (PDF). reliefweb.int. World Health Organization. Diakses tanggal 6 May 2021. 
  19. ^ "Confirmed cases of COVID-19 variants identified in UK". www.gov.uk. 15 April 2021. Diakses tanggal 2021-04-20.  Artikel ini menggabungkan teks yang dipublikasikan di bawah Open Government Licence v3.0.
  20. ^ "Covid: WHO renames UK and other variants with Greek letters". BBC News. 2021-05-31. Diakses tanggal 2021-06-08. 
  21. ^ "Tracking of Variants". gisaid.org. GISAID. 26 April 2021. Diakses tanggal 30 May 2021. 
  22. ^ "Expert reaction to cases of variant B.1.617 (the 'Indian variant') being investigated in the UK". Science Media Centre. Diakses tanggal 20 April 2021. 
  23. ^ WHO labels a Covid strain in India as a ‘variant of concern’ — here’s what we know, CNBC, 11 May 2021.
  24. ^ WHO says India Covid variant of 'global concern', BBC News, 11 May 2021.
  25. ^ India’s second COVID-19 wave, The Wire Science, 22 April 2021.
  26. ^ Mercatelli, Daniele; Triboli, Luca; Fornasari, Eleonora; Ray, Forest; Giorgi, Federico M. (18 November 2020). "Coronapp: A web application to annotate and monitor SARS‐CoV‐2 mutations". Journal of Medical Virology (dalam bahasa Inggris). doi:10.1002/jmv.26678alt=Dapat diakses gratis. 
  27. ^ Zhou, Wenyang; Xu, Chang; Wang, Pingping; Luo, Meng; Xu, Zhaochun; Cheng, Rui; Jin, Xiyun; Guo, Yu; Xue, Guangfu; Juan, Liran; Nie, Huan; Jiang, Qinghua (23 November 2020). "N439K variant in spike protein may alter the infection efficiency and antigenicity of SARS-CoV-2 based on molecular dynamics simulation" (dalam bahasa Inggris). bioRxiv. doi:10.1101/2020.11.21.392407. 
  28. ^ "Hunt on for future Covid mutations that cause treatments to lose potency". The Guardian (dalam bahasa Inggris). 20 Oktober 2020. Diakses tanggal 23 Desember 2020. 
  29. ^ Ian Sample, ed. (20 Oktober 2020). "Hunt on for future Covid mutations that cause treatments to lose potency". The Guardian (dalam bahasa Inggris). ISSN 0261-3077. Diakses tanggal 23 Desember 2020. 
  30. ^ "Eijkman Ungkap 48 Kasus Mutasi N439K Terdeteksi di Indonesia". CNN Indonesia. 12 Maret 2021. Diakses tanggal 19 Maret 2021. 
  31. ^ Vincent Fabian Thomas (13 Maret 2021). "48 Kasus Varian Baru COVID-19 N439K Ditemukan di Indonesia". Tirto.id. Diakses tanggal 19 Maret 2021. 
  32. ^ Greenwood, Michael (15 Januari 2021). ""What Mutations of SARS-CoV-2 are Causing Concern?"". News Medical Lifesciences. Diakses tanggal 16 Januari 2021. 
  33. ^ "escape mutation". HIV i-Base. 11 Oktober 2012. Diakses tanggal 19 Februari 2021. 
  34. ^ Wise, Jacqui (5 Februari 2021). "Covid-19: The E484K mutation and the risks it poses". The BMJ. 372: n359. doi:10.1136/bmj.n359alt=Dapat diakses gratis. ISSN 1756-1833. 
  35. ^ a b c NIID (National Institute of Infectious Diseases) (12 Januari 2021). Brief report: New Variant Strain of SARS-CoV-2 Identified in Travelers from Brazil. Siaran pers.
  36. ^ a b "Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings". Virological (dalam bahasa Inggris). 12 Januari 2021. Diakses tanggal 23 Januari 2021. 
  37. ^ Voloch, Carolina M.; F, Ronaldo da Silva; Almeida, Luiz G. P. de; Cardoso, Cynthia C.; Brustolini, Otavio J.; Gerber, Alexandra L.; Guimarães, Ana Paula de C.; Mariani, Diana; Costa, Raissa Mirella da; Ferreira, Orlando C.; Workgroup, Covid19-UFRJ (26 Desember 2020). "Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2 lineage from Rio de Janeiro, Brazil". Le Phare de l'Esperanto (dalam bahasa Inggris). doi:10.1101/2020.12.23.20248598. ISSN 2024-8598 – via MedRxiv. 
  38. ^ Alam, Sarah Oktaviani (6 April 2021). "Mutasi 'Eek' Masuk Indonesia, Ini Dampaknya pada Efikasi Vaksin COVID-19". detikHealth. Diakses tanggal 8 April 2021. 
  39. ^ Arbi, Ivany Atina (6 April 2021). "Kasus Mutasi Virus Corona E484K 'Eek' Ditemukan di Jakarta, Apa Itu?". Kompas.com. Diakses tanggal 8 April 2021. 
  40. ^ COG-UK update on SARS-CoV-2 Spike mutations of special interest: Report 1 (PDF) (Laporan). COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK). 20 December 2020. hlm. 7. Diarsipkan dari versi asli (PDF) tanggal 25 Desember 2020. Diakses tanggal 31 Desember 2020. 

Pranala luar[sunting | sunting sumber]