Varian Alpha SARS-CoV-2

Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas
Loncat ke navigasi Loncat ke pencarian
Negara-negara dengan kasus terkonfirmasi varian Alpha per 25 Maret 2021.[1] Legenda:   10,000+ kasus terkonfirmasi   5,000–9,999 kasus terkonfirmasi   1,000–4,999 kasus terkonfirmasi   500–999 kasus terkonfirmasi   100–499 kasus terkonfirmasi   2–99 kasus terkonfirmasi   1 kasus terkonfirmasi   Tidak ada atau tiada data
Negara-negara dengan kasus terkonfirmasi varian Alpha per 25 Maret 2021.[1]

Legenda:

  10,000+ kasus terkonfirmasi
  5,000–9,999 kasus terkonfirmasi
  1,000–4,999 kasus terkonfirmasi
  500–999 kasus terkonfirmasi
  100–499 kasus terkonfirmasi
  2–99 kasus terkonfirmasi
  1 kasus terkonfirmasi
  Tidak ada atau tiada data

Varian Alpha SARS-CoV-2, juga dikenal sebagai garis keturunan B.1.1.7, 20I/501Y.V1, atau VOC-202012/01 (baca § Nama), adalah sebuah varian dari SARS-CoV-2, virus yang menyebabkan Covid-19. Varian ini termasuk varian yang dianggap penting dan diperkirakan 40%–80% lebih mudah menular daripada varian asalnya (baca § Transmisi). Varian ini ditemukan pada bulan November 2020 dari sampel yang diambil pada September 2020 selama pandemi COVID-19 di Britania Raya; varian ini menyebar cepat pada pertengahan Desember dan dikorelasikan dengan pertambahan jumlah infeksi SARS-CoV-2 di negara tersebut. Varian ini juga tercatat memiliki mutasi yang lebih banyak daripada normalnya.[2]

Per Januari 2021, lebih dari setengah pengurutan gen SARS-CoV-2 dilakukan di Britania Raya.[3] Hal ini mempertanyakan tentang asal-usul varian dan kemungkinan varian penting lain yang tersebar di seluruh dunia.[4][5]

Pada 2 Februari 2021, Kesehatan Masyarakat Inggris (PHE) melaporkan bahwa mereka telah menemukan dalam jumlah terbatas genom B.1.1.7 VOC-202012/01 dengan mutasi E484K[6] yang mereka sebut dengan Variant of Concern 202102/02 (VOC-202102/02).[7] Salah satu mutasinya (N501Y) juga ada dalam varian Beta dan Gamma.

Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) melabeli varian ini sebagai varian Alpha bukan untuk menggantikan nama ilmiah, melainkan sebagai nama yang dipakai secara umum di ruang publik.[8] WHO menganggapnya sebagai varian yang diwaspadai (variant of concern).[9]

Nama[sunting | sunting sumber]

Varian ini dikenal dalam berbagai nama. Dalam laporan pemerintah Britania Raya dan media massa, ia disebut dengan UK COVID-19 variant, UK coronavirus variant, UK variant,[10] atau (khususnya di luar Britania Raya) varian Britania Raya atau varian Inggris. Ia terkadang disebut varian Kent karena ditemukan pertama kali di Kent.[11][12]

Dalam dunia ilmiah, varian ini diberi nama the first Variant Under Investigation in December 2020 (VUI – 202012/01) pada awalnya oleh Kesehatan Masyarakat Inggris (PHE),[13][a] tetapi diklasifikasikan ulang menjadi Variant of Concern (Variant of Concern 202012/01, disingkat VOC-202012/01) oleh Meera Chand dan koleganya dalam laporan yang dipublikasikan oleh PHE pada 21 Desember 2020.[16][b] Dalam laporan yang ditulis oleh Andrew Rambaut dkk. yang mewakili Konsorsium Britania Raya untuk Genom COVID-19, dengan alat Pangolin, varian ini disebut Lineage B.1.1.7,[18] sedangkan Nextstrain menyebutnya dengan 20I/501Y.V1.[19]

Nama VOC-202102/02 merujuk pada varian dengan mutasi E484K (baca § Mutasi E484K).[7]

Penemuan[sunting | sunting sumber]

Mikrograf transmisi elektron warna semu dari varian Alpha. Peningkatan transmisi dipercaya akibat perubahan struktur bulir protein (warna hijau).
Mikrograf transmisi elektron warna semu dari varian Alpha. Peningkatan transmisi dipercaya akibat perubahan struktur bulir protein (warna hijau).

Varian ini ditemukan pertama kali pada awal Desember 2020 dengan menganalisis data genom akibat laju infeksi di Kent yang tak kunjung turun walau sudah ada pembatasan skala nasional.[2][16]

Pelacakan mundur dengan bukti genetik menunjukkan bahwa varian ini muncul pada September 2020 dan kemudian meluas pada tingkat sangat rendah dalam populasi sampai pertengahan November 2020. Peningkatan jumlah kasus mulai dikaitkan dengan varian ini pada akhir November 2020 ketika Kesehatan Masyarakat Inggris (PHE) menyidiki laju infeksi di Kent yang tak kunjung turun walau ada pembatasan skala nasional. PHE lalu menemukan suatu klaster yang terkait dengan varian ini menyebar cepat ke London dan Essex.[20]

Ada dugaan bahwa varian ini mungkin berasal dari pasien luluh imun sehingga virus punya waktu lama untuk memperbanyak diri dan berevolusi.[2][21][22][23]

Sifat[sunting | sunting sumber]

Gejala[sunting | sunting sumber]

Imperial College London menyidiki lebih dari sejuta orang di Inggris ketika varian Alpha sedang dominan dan menemukan banyak gejala yang terkait dengan Covid-19. Menggigil, tidak nafsu makan, sakit kepala, dan nyeri otot jamak ditemui pada penderita.[24]

Transmisi[sunting | sunting sumber]

Perkiraan kemampuan penularan varian ini beragam. Dalam sebuah pracetak, London School of Hygiene & Tropical Medicine melaporkan bahwa varian ini 56% (50%–74%) lebih mudah menular daripada varian lain di antara tiga wilayah di Inggris (Inggris Timur, Inggris Tenggara, dan London) pada Desember 2020,[25] sedangkan artikel yang telah ditelaah sejawat menyimpulkan bahwa varian ini 75% (70%–80%) lebih menular di Britania Raya antara Oktober dan November 2020.[26]

Salah satu perubahan penting pada varian ini adalah N501Y,[27] yaitu perubahan dari asparagina (N) menjadi tirosina (Y) pada posisi asam amino 501.[28] Mutasi ini diyakini dapat meningkatkan kemampuan virus untuk mengikat sel manusia.[16]

Genetika[sunting | sunting sumber]

Mutasi asam amino varian Alpha SARS-CoV-2 yang dipetakan pada peta genom SARS-CoV-2 dengan sorotan pada bagian bulir
Mutasi asam amino varian Alpha SARS-CoV-2 yang dipetakan pada peta genom SARS-CoV-2 dengan sorotan pada bagian bulir
Mutasi pada varian Alpha
(hanya yang mengubah asam amino)
Gen Nukleotida Asam amino
ORF1ab C3267T T1001I
C5388A A1708D
T6954C I2230T
11288–11296 dihapus SGF3675–3677hapus
Bulir 21765–21770 dihapus HV69–70hapus
21991–21993 dihapus Y144hapus
A23063T N501Y
C23271A A570D
C23604A P681H
C23709T T716I
T24506G S982A
G24914C D1118H
ORF8 C27972T Q27stop
G28048T R52I
A28111G Y73C
N 28280 GAT→CTA D3L
C28977T S235F
Sumber: Chand dkk. (2020),[16] tabel 1, hlm. 5
Catatan: N501Y berarti perubahan dari asparagina (N) menjadi tirosina (Y) pada posisi asam amino 501.[29]

Mutasi pada SARS-CoV-2 cukup sering: lebih dari empat ribu mutasi telah dideteksi hanya pada bulir proteinnya menurut Konsorsium Britania Raya untuk Genom COVID-19.[30]

Varian ini terdiri dari 23 mutasi: 14 mutasi tak bersinonim, 3 mutasi hapus, dan 6 mutasi bersinonim,[16] yaitu 17 mutasi yang mengubah protein dan 6 mutasi yang tidak berdampak.[31]

Efektivitas vaksin[sunting | sunting sumber]

Per akhir 2020, beberapa vaksin Covid-19 sedang dikirim atau sedang dikembangkan.

Namun, seiring kemunculan mutasi, muncul keraguan tentang perlunya pengubahan vaksin. SARS-CoV-2 tidak bermutasi secepat virus influenza misalnya dan vaksin baru yang terbukti efektif pada akhir 2020 adalah jenis yang bisa disesuaikan jika perlu.[32] Pada akhir 2020, otoritas kesehatan Jerman, Britania Raya, dan Amerika Serikat serta para pakar percaya bahwa vaksin yang ada akan efektif terhadap VOC-202012/01 (varian ini) seperti varian sebelumnya.[33][34]

Per 20 Desember 2020, Kesehatan Masyarakat Inggris mengonfirmasi bahwa tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa varian baru ini akan tahan terhadap vaksin Pfizer–BioNTech yang sedang dipakai dalam vaksinasi Britania Raya dan masyarakat tersebut akan tetap terlindungi.[20]

Mutasi E484K[sunting | sunting sumber]

Pada 2 Februari 2021, Kesehatan Masyarakat Inggris melaporkan bahwa mereka menemukan beberapa genom VOC-202012/01 dengan mutasi E484K[6] yang juga muncul dalam varian Beta dan Gamma. Mutasi ini bisa mengurangi efektivitas vaksin.[11]

Statistik[sunting | sunting sumber]

Tabel[sunting | sunting sumber]

Penyebaran[sunting | sunting sumber]

Kasus varian Alpha (B.1.1.7) mungkin lebih rendah di kebanyakan negara karena pengujian yang dipakai tidak membedakan varian ini dengan varian SARS-CoV-2 lainnya, terlebih lagi banyak infeksi SARS-CoV-2 yang tidak terdeteksi sama sekali. Pengurutan RNA diperlukan untuk mendeteksi varian ini.[38]

Pada tanggal 2 Maret 2021, Indonesia melaporkan kasus pertamanya untuk varian ini.[39][40][41] Per 4 Juli 2021, terdapat 49 kasus di Indonesia yang terkena varian Alpha.[42]

Lihat pula[sunting | sunting sumber]

Catatan kaki[sunting | sunting sumber]

  1. ^ Nama ini ditulis sebagai VUI 202012/01 (Variant Under Investigation, year 2020, month 12, variant 01) oleh GISAID[14] dan ECDC.[15]
  2. ^ Perbedaan di antara keduanya dijelaskan oleh PHE,

    SARS-CoV-2 variants, if considered to have concerning epidemiological, immunological, or pathogenic properties, are raised for formal investigation. At this point they are designated Variant Under Investigation (VUI) with a year, month, and number. Following a risk assessment with the relevant expert committee, they may be designated Variant of Concern (VOC).[17]

Referensi[sunting | sunting sumber]

  1. ^ Global Report B.1.1.7 (Laporan) (dalam bahasa Inggris). cov-lineages.org. 25 Maret 2021. Diakses tanggal 25 Maret 2021. 
  2. ^ a b c Peacock, Sharon (22 Desember 2020). "Here's what we know about the new variant of coronavirus". The Guardian (dalam bahasa Inggris). 
  3. ^ Donnelly, Laura (26 Januari 2021). "UK to help sequence mutations of Covid around world to find dangerous new variants". The Telegraph (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 28 Januari 2021. 
  4. ^ Schraer, Rachel (22 Desember 2020). "Covid: New variant found 'due to hard work of UK scientists". BBC (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 30 Januari 2021. 
  5. ^ Sugden, Joanna (30 Januari 2021). "How the U.K. Became World Leader in Sequencing the Coronavirus Genome"Perlu langganan berbayar. The Wall Street Journal (dalam bahasa Inggris). 
  6. ^ a b Investigation of novel SARS-CoV-2 variant Variant of Concern 202012/01: Technical briefing 5 (PDF) (Laporan) (dalam bahasa Inggris). Public Health England. 2 Februari 2021. Diakses tanggal 2 Februari 2021. 
  7. ^ a b Public Health England (16 Februari 2021). "Variants: distribution of cases data". GOV.UK (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 17 Februari 2021. 
  8. ^ "Tracking SARS-CoV-2 variants". www.who.int (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 30 Juni 2021. 
  9. ^ Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia (15 Juli 2021). "#MerdekaBelajar di Twitter". Twitter. Diakses tanggal 18 Juli 2021. Varian tersebut terbagi atas dua kategori, yakni varian yang diperhatikan (variant of interest [VoI]) dan varian yang diwaspadai (variant of concern [VoC]). 
  10. ^ Untuk daftar lengkap sumber berita yang memakai istilah-istilah ini, lihat UK Covid-19 variant, UK coronavirus variant, dan UK variant.
  11. ^ a b Roberts, Michelle (2 Februari 2021). "UK variant has mutated again, scientists say". BBC News (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 2 Februari 2021. 
  12. ^ Boseley, Sarah (10 Februari 2021). "Mutated Kent Covid variant must be taken seriously, warns UK scientist". The Guardian (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 10 Februari 2021. 
  13. ^ "PHE investigating a novel strain of COVID-19" (dalam bahasa Inggris). Public Health England. 14 Desember 2020.  Artikel ini menggabungkan teks yang dipublikasikan di bawah Open Government Licence v3.0.
  14. ^ "UK reports new variant, termed VUI 202012/01" (dalam bahasa Inggris). GISAID. Diakses tanggal 20 Desember 2020. 
  15. ^ Threat Assessment Brief: Rapid increase of a SARS-CoV-2 variant with multiple spike protein mutations observed in the United Kingdom (PDF) (Laporan) (dalam bahasa Inggris). European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC). 20 Desember 2020. 
  16. ^ a b c d e Chand, Meera; Hopkins, Susan; Dabrera, Gavin; Achison, Christina; Barclay, Wendy; Ferguson, Neil; Volz, Erik; Loman, Nick; Rambaut, Andrew; Barrett, Jeff (21 Desember 2020). Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01 (PDF) (Laporan) (dalam bahasa Inggris). Public Health England. Diakses tanggal 23 Desember 2020.  Artikel ini menggabungkan teks yang dipublikasikan di bawah Open Government Licence v3.0.
  17. ^ "Variants: distribution of cases data". GOV.UK (dalam bahasa Inggris). 28 Januari 2021. Pada "Differences between a Variant of Concern and Varaint Under Investigation". Diakses tanggal 19 Februari 2021.  Artikel ini menggabungkan teks yang dipublikasikan di bawah Open Government Licence v3.0.
  18. ^ Rambaut, Andrew; Loman, Nick; Pybus, Oliver; Barclay, Wendy; Barrett, Jeff; Carabelli, Alesandro; Connor, Tom; Peacock, Tom; L. Robertson, David; Vol, Erik (2020). Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations (Laporan) (dalam bahasa Inggris). Written on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK. Diakses tanggal 20 Desember 2020. 
  19. ^ Callaway, Ewen (15 Januari 2021). "'A bloody mess': Confusion reigns over naming of new COVID variants". Nature News & Comment (dalam bahasa Inggris). doi:10.1038/d41586-021-00097-walt=Dapat diakses gratis. Diakses tanggal 18 Januari 2021. ... Emma Hodcroft, a molecular epidemiologist at the University of Bern, Switzerland, who is part of Nextstrain, the SARS-CoV-2 naming effort that called the ‘UK variant’ 20I/501Y.V1. 
  20. ^ a b "COVID-19 (SARS-CoV-2): information about the new virus variant". Gov.uk (dalam bahasa Inggris). Public Health England. 20 Desember 2020. Diakses tanggal 21 Desember 2020.  Artikel ini menggabungkan teks yang dipublikasikan di bawah Open Government Licence v3.0.
  21. ^ "Report 42 - Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: insights from linking epidemiological and genetic data". Imperial College London (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 26 Maret 2021. 
  22. ^ "New coronavirus variant: What do we know?". BBC News (dalam bahasa Inggris). 20 Desember 2020. Diakses tanggal 22 Desember 2020. 
  23. ^ Ellyatt, Holly (11 Februari 2021). "UK coronavirus variant on course 'to sweep the world,' leading scientist says". CNBC (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 26 Maret 2021. 
  24. ^ Roberts, Michelle (14 Juni 2021). "Headache and runny nose linked to Delta variant". BBC News. 
  25. ^ "Estimated transmissibility and severity of novel SARS-CoV-2 Variant of Concern 202012/01 in England" (dalam bahasa Inggris). CMMID Repository. 23 Desember 2020. Diakses tanggal 24 Januari 2021 – via GitHub. 
    Dikutip dalam Pusat Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Eropa (ECDC) (21 Januari 2021). "Risk related to the spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA – first update" (PDF) (dalam bahasa Inggris). Stockholm: ECDC. hlm. 9. Diakses tanggal 24 Januari 2021. 
  26. ^ Leung, Kathy; Shum, Marcus HH; Leung, Gabriel M; Lam, Tommy TY; Wu, Joseph T (7 Januari 2021). "Early transmissibility assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020". Eurosurveillance (dalam bahasa Inggris). Pusat Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Eropa (ECDC). 26 (1). doi:10.2807/1560-7917.es.2020.26.1.2002106alt=Dapat diakses gratis. ISSN 1560-7917. 
    Dikutip dalam Pusat Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Eropa (ECDC) (21 Januari 2021). "Risk related to the spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA – first update" (PDF) (dalam bahasa Inggris). Stockholm: ECDC. hlm. 9. Diakses tanggal 24 Januari 2021. 
  27. ^ Wise, Jacqui (5 Februari 2021). "Covid-19: The E484K mutation and the risks it poses". The BMJ (dalam bahasa Inggris). 372: n359. doi:10.1136/bmj.n359alt=Dapat diakses gratis. ISSN 1756-1833. 
  28. ^ COG-UK update on SARS-CoV-2 Spike mutations of special interest: Report 1 (PDF) (Laporan) (dalam bahasa Inggris). COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK). 20 Desember 2020. hlm. 7. Diarsipkan dari versi asli (PDF) tanggal 25 Desember 2020. Diakses tanggal 31 Desember 2020. 
  29. ^ Untuk daftar simbol asam amino α yang dipakai dalam protein sesuai arahan RNA duta, lihat ini: "Nomenclature and Symbolism for Amino Acids and Peptides" (dalam bahasa Inggris). IUPAC-IUB Joint Commission on Biochemical Nomenclature. 1983. Diarsipkan dari versi asli tanggal 9 Oktober 2008. Diakses tanggal 5 Maret 2018. 
  30. ^ Wise, Jacqui (16 Desember 2020). "Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK". The BMJ (dalam bahasa Inggris). 371: m4857. doi:10.1136/bmj.m4857alt=Dapat diakses gratis. ISSN 1756-1833. 
  31. ^ Rachmawati, Faidah; Urifah, Nurul; Wijayati, Ari (2009). Biologi untuk SMA/MA Kelas XII Program IPA. Jakarta: Pusat Perbukuan Departemen Pendidikan Nasional. 
  32. ^ Patel-Carstairs, Sunita (19 Desember 2020). "COVID-19: London and South East set for Tier 4 rules – as new COVID variant 'real cause for concern' work=Sky News" (dalam bahasa Inggris). 
  33. ^ "Covid vaccines 'still effective' against fast-spreading variant". Metro (dalam bahasa Inggris). 20 Desember 2020. 
  34. ^ "Vaccines effective against new virus strain – German health minister". Inquirer (dalam bahasa Inggris). AFP. 21 Desember 2020. 
  35. ^ hcov19-variants/ "GISAID - Varian hCov19" Periksa nilai |url= (bantuan). www.gisaid.org. Diakses tanggal 2021-07-14. 
  36. ^ "Melacak varian dari Novel Coronavirus di Kanada". CTV News. 4 Februari 2021. Diakses tanggal 14 Juli 2021. 
  37. ^ "Laporan Mingguan Penyakit Menular". Institut Penyakit Menular Nasional. Diakses tanggal 14 Juli 2021. 
  38. ^ "Risk related to spread of new SARSCoV-2 variants of concern in the EU/EEA" (PDF). www.ecdc.europa.eu (dalam bahasa Inggris). 29 Desember 2020. Diakses tanggal 1 Februari 2021. 
  39. ^ "Dua Kasus Mutasi Corona Asal Inggris Ditemukan di Indonesia". CNN Indonesia. 2 Maret 2021. Diakses tanggal 2 Maret 2021. 
  40. ^ "Wamenkes Laporkan 2 Kasus Pertama Mutasi Corona B117 di Indonesia". detikHealth. 2 Maret 2021. Diakses tanggal 2 Maret 2021. 
  41. ^ Jawahir Gustav Rizal (2 Maret 2021). Sari Hardiyanto, ed. "Mutasi Virus Corona B.1.1.7 Sudah Masuk Indonesia". Kompas.com. Diakses tanggal 2 Maret 2021. 
  42. ^ Annur, Cindy Mutia (6 Juli 2021). Mutia, Annissa, ed. "463 Sekuens Varian Baru Terdeteksi di Indonesia, Muncul Kappa, Eta, lota". Databoks Katadata. Diakses tanggal 18 Juli 2021. 

Pranala luar[sunting | sunting sumber]