Jalur kereta api Sumari–Gresik–Kandangan
Jalur KA Kandangan-Indro adalah jalur cabang rel kereta api yang menghubungkan Stasiun Kandangan dengan Stasiun Indro. Jalur ini hanya melayani kereta api barang angkutan semen, namun pada Februari 2010 layanan kereta barang tersebut terhenti karena masa kontrak dengan PT Semen Gresik telah habis dan tidak diperpanjang, selain itu pabrik Semen Gresik telah berpindah ke Tuban, namun tidak jadi. Dulunya, jalur ini juga melayani angkutan barang PT Petrokimia Gresik, namun sudah lama layanan itu tidak beroperasi. Jalur ini juga terhubung dengan jalur KA lingkar kota Gresik yang berawal dari Stasiun Indro kemudian jalur tersebut melingkari wilayah Kota Gresik di dekat pesisir pantai Selat Madura dan kemudian menyatu dengan jalur utama di Stasiun Sumari, namun jalur ini sudah lama mati dan nyaris tidak berbekas.
Jalur Kandangan-Indro
Ke arah barat Stasiun Kandangan, setelah melewati jembatan sungai kecil, rel bercabang dan menikung ke kanan 75 derajat ke arah utara dan melewati di bawah Jalan Tol Surabaya-Gresik. Setelah menyebrangi jembatan sungai yang merupakan perbatasan antara Kota Surabaya dengan Kabupaten Gresik, rel menikung ke kanan dan sejajar dengan Jalan Kapten Dharmo Sugondo sepanjang 1,2 kilometer. Kemudian rel mejauh dari jalan, melewati kompleks pabrik dan akhirnya memasuki Stasiun Indro. Pada Agustus 2010, bagian jalur dari Stasiun Kandangan ke Stasiun Indro, rel kereta telah diperbaiki dan diperbagus dengan mengganti rel ukuran R25 dan R33 dengan bantalan kayu dan besi menjadi R42 dengan bantalan beton. Kini jalur Kandangan-Indro masih menunggu keputusan rencana pengoperasian kereta api barang angkutan minyak kelapa mentah atau dalam Bahasa Inggrisnya disebut "Crude Palm Oil (CPO)".
Jalur Indro-Pabrik PT Semen Gresik
Ke arah utara Stasiun Indro, jalur menikung ke arah kiri, kemudian melewati di atas Jalan Kapten Dharmo Sugondo, kemudian melewati Jalan Kapten Dulasim, sejajar dengan Jalan Ibrahim Zahier, melewati di bawah Jalan Veteran dan akhirnya memasuki kompleks pabrik PT Semen Gresik. Dulunya, KA angkutan semen yang melewati jalur ini merupakan denyut nadi utama dari jalur Kandangan-Indro, namun pada Februari 2010, layanan angkutan semen ini terhenti total karena waktu kontrak telah habis dan tidak diperpanjang. Kini kondisi rel Indro-Pabrik PT Semen Gresik sangat memprihatinkan. Banyak bagian rel yang telah hilang dan di perlintasan KA hampir semua bagian rel sudah ditutupi aspal, namun bekas jalur kereta ini masih dapat dilihat di aplikasi Google Earth.
Jalur Indro-Pabrik PT Petrokimia
Pada bagian awal, jalur ini masih satu arah dengan jalur menuju pabrik PT Semen Gresik, namun setelah melewati Jalan Kapten Dulasim, jalur rel menikung ke kanan, melewati Jalan Kapten Dulasim lagi, melewati Jalan Panglima sudirman dan mengarah ke wilayah Karangturi. Kemudian rel bercabang ke kiri, melewati Jalan Tri Dharma dan masuk ke dalam kompleks pabrik PT Petrokimia. Di sebelah utara juga ada rel cabang menuju gudang pelabuhan di daerah Tlogopojok.
Jalur Indro-Sumari
Sama dengan jalur cabang menuju PT Petrokimia, namun rel masih terus mengarah ke utara. Kemudian rel menikung ke kiri dan berada sejajar dengan Jalan Maduran dan Romo Raya, rel terletak di sisi selatan jalan. Kemudian rel menikung ke kiri sejajar dengan Jalan Sekar Putih dan mengarah ke daerah yang bernama Suci. Kemudian rel mengarah lurus ke barat daya dan melewati Jalan Ambeng-Ambeng, kemudian rel menikung ke kanan dan Akhirnya bertemu dengan jalur utama (jalur utara) di Stasiun Sumari di Daerah Sumari, Gresik. Kondisi rel juga sangat memprihatinkan, rel sudah tidak berbekas lagi, kecuali di daerah Sumari hingga Suci yang terdapat bekas fondasi rel yang masih utuh dan dapat dilihat dengan jelas menggunakan aplikasi Google Earth.
Jalur Indro-Gresik
Ke arah utara Stasiun Indro, jalur mengarah ke utara dan sedikit ke barat dan menuruni turunan curam, kemudian bertemu dengan Jalan Harun Tohir sepanjang 1,3 kilometer, rel berada di sisi timur Jalan Harun Tohir. Kemudian rel menikung sedikit ke kanan, berpisah dari Jalan Harun Tohir, kemudian melewati tepat di depan pintu gerbang Pelabuhan Gresik, rel masih sedikit lurus ke utara sepanjang 264 meter dan akhirnya memasuki Stasiun Gresik. Bekas jalur ini masih dapat terlihat di sisi timur Jalan Harun Tohir dan di depan pintu gerbang Pelabuhan Gresik, yang berupa jalur rel mati dan jembatan kecil yang masih dapat terlihat dengan jelas.