Seusai lulus SMA, Indrajati melanjutkan studi di Universitas Gajah Mada Yogyakarta, jurusan Sastra Asia Barat. Selama kuliah, aktif di Lembaga Pendidikan Islam Al-Atsary, yang kemudian berubah nama menjadi Yayasan Pendidikan Islam Al-Atsari (YPIA). Di yayasan tersebut, Indrajati melakukan aktifitasnya sebagai pengajar bahasa Arab, pemimpin redaksi buletin, editor artikel website, dan pengelola website bahasa Arab yayasan (www.badaronline.com).