Varian SARS-CoV-2: Perbedaan antara revisi

Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas
Jelajahi riwayat secara interaktif
← Revisi sebelumnyaRevisi selanjutnya →
Konten dihapus Konten ditambahkan
VisualTeks wiki
Tigerzeng (bicara | kontrib)
17 suntingan
k Reverted 1 edit by 5.46.24.199 (talk) to last revision by Tractopelle-jaune (TwinkleGlobal)
Tag: Pembatalan kemungkinan perlu pemeriksaan terjemahan referensi YouTube
S Rifqi (bicara | kontrib)
1.410 suntingan
pengembangan artikel
Baris 1: Baris 1:
{{COVID-19 pandemic sidebar|expanded=medis}}
{{COVID-19 pandemic sidebar|expanded=varian}}
[[Koronavirus sindrom pernapasan akut berat 2]] (SARS-CoV-2), virus penyebab [[penyakit koronavirus 2019]] (COVID-19), memiliki banyak [[Varian (biologi)|varian]]; beberapa di antaranya dipercaya cukup penting. Artikel ini membahas '''varian-varian penting dari SARS-CoV-2''' dan beberapa mutasi penting yang ditemukan di sebagian atau seluruh varian-varian ini.
[[Koronavirus sindrom pernapasan akut berat 2]] (SARS-CoV-2), virus penyebab [[penyakit koronavirus 2019]] (Covid-19), memiliki banyak [[Varian (biologi)|varian]]; beberapa di antaranya diyakini cukup penting. Artikel ini membahas '''varian-varian penting dari SARS-CoV-2''' dan beberapa mutasi penting yang ditemukan di sebagian atau seluruh varian-varian ini.


== Gambaran umum ==
Deret urutan ''WIV04/2019'' yang termasuk klad S [[GISAID]], garis keturunan A [[Pangolin (alat)|Pangolin]], dan klad 19B [[Nextstrain]] kemungkinan menggambarkan pengurutanan genom virus asli yang menginfeksi manusia dan dikenal sebagai "urutan nol". Urutan ini dipakai secara luas dan menjadi urutan rujukan.<ref>{{cite journal |last1=Zhukova |first1=Anna |last2=Blassel |first2=Luc |last3=Lemoine |first3=Frédéric |last4=Morel |first4=Marie |last5=Voznica |first5=Jakub |last6=Gascuel |first6=Olivier |date=24 November 2020 |title=Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2 |journal=Comptes Rendus Biologies |pp=1–20 |url=https://comptes-rendus.academie-sciences.fr/biologies/item/CRBIOL_0__0_0_A1_0/ |doi=10.5802/crbiol.29 |doi-access=free |access-date=2021-03-02 |archive-date=2021-02-21 |archive-url=https://web.archive.org/web/20210221205942/https://comptes-rendus.academie-sciences.fr/biologies/item/CRBIOL_0__0_0_A1_0/ |dead-url=yes }}</ref>
Kemunculan SARS-CoV-2 bisa saja berasal dari peristiwa [[rekombinasi genetika]] antara koronavirus-mirip-SARS pada [[kelelawar]] dan [[tenggiling]] melalui transmisi lintas spesies.<ref name="rekombinasi">{{cite journal |authors=Shahhosseini, N., Wong, G., Kobinger, G.P., dan Chinikar, S. |date=Juni 2021 |title=SARS-CoV-2 Spillover Transmission due to Recombination Event |journal=Gene Reports |volume=23 |pages=101045 |doi=10.1016/j.genrep.2021.101045}}</ref> Mutasi memainkan peranan yang penting pada [[evolusi]] dan kemunculan varian SARS-CoV-2 baru.<ref>{{cite journal |last1=Shahhosseini |first1=Nariman |last2=Babuadze |first2=George |last3=Wong |first3=Gary |last4=Kobinger |first4=Gary |year=2021 |title=Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of Concern |journal=Microorganisms |volume=9 |issue=5 |page=926 |s2cid=233460887 |doi=10.3390/microorganisms9050926 |doi-access=free |url=https://www.mdpi.com/2076-2607/9/5/926 |access-date=4 Mei 2021}}</ref>


Varian SARS-CoV-2 yang diwaspadai mampu bermutasi sehingga mereka dapat terus menyebar terhadap peningkatan kekebalan kelompok sembari menjaga laju replikasi.<ref>{{cite journal |last1=Tao |first1=Kaiming |last2=Tzou |first2=Philip L. |last3=Nouhin |first3=Janin |last4=Gupta |first4=Ravindra K. |last5=de Oliveira |first5=Tulio |last6=Kosakovsky Pond |first6=Sergei L. |last7=Fera |first7=Daniela |last8=Shafer |first8=Robert W. |date=17 September 2021 |title=The biological and clinical significance of emerging SARS-CoV-2 variants |journal=Nature Reviews Genetics |doi=10.1038/s41576-021-00408-x}}</ref>
== Pengelompokan ==
Meskipun ada ribuan varian SARS-CoV-2, ada juga pengelompokan yang jauh lebih besar yang disebut [[klad]]. Beberapa nomenklatur klad berbeda untuk SARS-CoV-2 telah diusulkan.<ref>{{cite journal |last1=Koyama |first1=Takahiko Koyama |last2=Platt |first2=Daniela |last3=Parida |first3=Laxmi |date=Juni 2020 |title=Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes |journal=[[Bulletin of the World Health Organization]] |volume=98 |pp=495–504 |doi=10.2471/BLT.20.253591 |url=https://www.who.int/bulletin/volumes/98/7/20-253591/en/ |quote=We detected in total 65776 variants with 5775 distinct variants.}}</ref>


Tabel berikut menampilkan informasi dan tingkat [[Matriks risiko|risiko]] relatif<ref>{{cite web |url=https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/988614/Risk_assessment_framework_for_SARS-CoV-2_variants_20210521.pdf |agency=Public Health England |date=22 Mei 2021 |title=SARS-CoV-2 variants: risk assessment framework |website=GOV.UK |publisher=Government Digital Service |access-date=22 Juni 2021 |id=GOV-8426 |language=en}}</ref> untuk [[varian yang diwaspadai]] (VOC).{{efn|Tabel ini disusun berdasarkan berbagai pelacak<ref name="who-variants" /><ref name="cdc-variants" /><ref name="phe-voc" /><ref name="aci-variants" /><ref name="ecdc-variants" /> dan laporan periodik.<ref name="who-situation">{{cite web |url=https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports |title=Coronavirus Disease (COVID-19) Situation Reports |website=who.int |publisher=Organisasi Kesehatan Dunia |access-date=14 Juni 2021 |language=en}} Diperbarui berkala.</ref><ref name="phe-briefings">{{cite web |url=https://www.gov.uk/government/publications/investigation-of-novel-sars-cov-2-variant-variant-of-concern-20201201 |agency=Public Health England |title=Investigation of SARS-CoV-2 variants of concern: technical briefings |website=GOV.UK |publisher=Government Digital Service |access-date=15 Juni 2021 |language=en}} Diperbarui berkala.</ref><ref name="phe-variant-risk">{{cite web |url=https://www.gov.uk/government/publications/investigation-of-sars-cov-2-variants-of-concern-variant-risk-assessments |agency=Public Health England |title=Investigation of SARS-CoV-2 variants of concern: variant risk assessments |website=GOV.UK |publisher=Government Digital Service |access-date=19 Juni 2021 |language=en}} Diperbarui berkala.</ref>}} Interval yang ditampilkan menganggap tingkat [[Selang kepercayaan|kepercayaan]] 95%, kecuali dinyatakan lain. Saat ini, semua taksiran adalah pendekatan karena keterbatasan data untuk penelitian. Untuk Alpha, Beta, Gamma, dan Delta, tidak ada perubahan dalam [[Tes Covid-19|akurasi tes]]<ref name="aci-variants" /><ref name="who-update-latest-impacts" />.
* Mulai Desember 2020, [[GISAID]]—mengacu pada SARS-CoV-2 sebagai hCoV-19—mengidentifikasi tujuh klad (O, S, L, V, G, GH, dan GR).

* Pada Desember 2020 pula, [[Nextstrain]] mengidentifikasi lima klad (19A, 19B, 20A, 20B, dan 20C).
<!-- Untuk penjelasan tentang tabel risiko, lihat https://en.wikipedia.org/wiki/Talk:Variants_of_SARS-CoV-2#Use_of_{{risk}}_in_summary_table -->
{| class="wikitable sortable"
! colspan="4" | Identitas<ref name="who-update-latest-impacts" />
! colspan="3" | Kemunculan
! colspan="4" | Perubahan terhadap varian yang sebelumnya ada pada waktu dan tempat kemunculan
! colspan="3" | Kegiatan antibodi penetral (atau efikasi bila ada)
|-
! Label [[Organisasi Kesehatan Dunia|WHO]]
! Garis keturunan [[Pangolin (alat)|Pangolin]]
! Varian [[Public Health England|PHE]]<wbr />{{efn-ua|1=Format nama diperbarui pada Maret 2021 yang mengubah tahun dari empat angka ke dua angka dan bulan dari dua angka ke tiga huruf, misal VOC-<span style="color:#E1BE6A;">'''2021'''</span><span style="color:#40B0A6;">''01''</span>-02 menjadi VOC-<span style="color:#E1BE6A;">'''21'''</span><span style="color:#40B0A6;">''JAN''</span>-02.<ref name="phe-voc" />}}
! [[Klad]] [[Nextstrain]]
! [[Kejadian Luar Biasa|KLB]] pertama
! Sampel paling awal<wbr /><ref name="who-update-22june" />
! [[Varian yang diwaspadai|VOC]] yang ditunjuk
! Mutasi terkenal
! [[Angka reproduksi dasar|Penularan]]
! Butuh [[rawat inap]]
! [[Tingkat fatalitas kasus|Mortalitas]]
! Dari infeksi alami{{efn-ua|Efikasi infeksi alami terhadap infeksi ulang bila ada}}
! Dari [[Efikasi vaksin|vaksinasi]]
|-
| rowspan="2" | {{sort|1|[[Varian Alpha SARS-CoV-2|Alpha]]}}
| B.1.1.7
| VOC‑20DEC‑01
| rowspan="2" | 20I (V1)
| rowspan="2" | [[Britania Raya]]
| {{dts|2020|09|20|format=dmy|abbr=on}}<wbr /><ref>{{cite web |url=https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563 |authors=Rambaut, A., Loman, N., Pybus, O., Barclay, W., Barrett, J., Carabelli, A., Connor, T., Peacock, T., Robertson, D.L., dan Volz, E. |date=18 Desember 2020 |title=Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations |website=Virological |access-date=14 Juni 2021 |language=en}}</ref>
| {{dts|2020|12|18|format=dmy|abbr=on}}<wbr /><ref>{{cite techreport |title=Investigation of novel SARS-COV-2 variant, technical briefing 1 |date=21 Desember 2020 |type=Briefing |institution=Public Health England |format=PDF |url=https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/959438/Technical_Briefing_VOC_SH_NJL2_SH2.pdf |access-date=6 Juni 2021}}</ref>
| 69–70hapus, N501Y, P681H<wbr /><ref name=":33">{{cite web |url=https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/more/science-and-research/scientific-brief-emerging-variants.html |title=Emerging SARS-CoV-2 Variants |date=28 Januari 2021 |website=CDC.gov |publisher=Centers for Disease Control and Prevention |access-date=4 Januari 2021 |language=en}} {{PD-notice}}</ref>{{sfnp|Chand ''et al.''|2020|p=6|loc=Potential impact of spike variant N501Y}}
| rowspan="2" {{risiko|level=sangattinggi|align=ml|{{estimasi|+29|24|33|unit=%|type=cri|mini=auto}}<wbr /><ref name="transmissibility-multinational">{{cite journal |authors=Campbell, F., Archer, B., Laurenson-Schafer, H., Jinnai, Y., Konings, F., Batra, N., Pavlin, B., Vandemaele, K., Van Kerkhove, M.D., Jombart, T., Morgan, O., dan le Polain de Waroux, O. |date=Juni 2021 |title=Increased transmissibility and global spread of SARS-CoV-2 variants of concern as at June 2021 |journal=Euro Surveillance |volume=26 |issue=24 |pages=2100509 |doi=10.2807/1560-7917.ES.2021.26.24.2100509}}</ref>{{efn-ua|name=same-alpha|B.1.1.7 dengan E484K dianggap hanya berbeda dari B.1.1.7 dalam aktivitas antibodi penetral.<ref name="ecdc-variants" />}}}}
| rowspan="2" {{risiko|level=sangattinggi|align=ml|{{estimasi|+52|47|57|unit=%|mini=auto}}<wbr />{{efn-ua|name=alpha-severity|23 November 2020–31 Januari 2021, Inggris.<ref>{{cite journal |authors=Nyberg, T., Twohig, K.A., Harris, R.J., Seaman, S.R., Flannagan, J., Allen, H., Charlett, A., De Angelis, D., Dabrera, G., dan Presanis, A.M. |date=Juni 2021 |title=Risk of hospital admission for patients with SARS-CoV-2 variant B.1.1.7: cohort analysis |journal=BMJ |volume=373 |pages=n1412 |s2cid=235187479 |doi=10.1136/bmj.n1412}}</ref>}}{{efn-ua|name=same-alpha}}}}
| rowspan="2" {{risiko|level=sangattinggi|align=ml|{{estimasi|+59|44|74|unit=%|mini=auto}}<wbr />{{efn-ua|name=alpha-severity}}{{efn-ua|name=same-alpha}}}}<br />[[Tingkat fatalitas kasus]] 0,06% untuk kelompok usia <&nbsp;50, 4,8% untuk kelompok usia >&nbsp;50<ref name="voctech">{{cite web |url=https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1012644/Technical_Briefing_21.pdf |title=SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England Technical Briefing 21 |date=20 Agustus 2021 |work=Public Health England |page=16 dan 22 |access-date=29 Agustus 2021 |language=en}}</ref>
| {{risiko|level=rendah|align=ml|Pengurangan minimal<wbr /><ref name="cdc-variants" />}}
| {{risiko|level=rendah|align=ml|Pengurangan minimal<wbr /><ref name="cdc-variants" />}}
|-
| B.1.1.7 dengan [[E484K]]<wbr />{{efn-ua|B.1.1.7 dengan E484K belum menerima label WHO dan didaftarkan di sini dengan label yang sama dengan induk keturunannya, B.1.1.7.}}<ref name="phe-voc" />
| VOC‑21FEB‑02
| {{dts|2021|01|26|format=dmy|abbr=on}}<wbr /><ref name="briefing5">{{cite techreport |title=Investigation of novel SARS-CoV-2 variant 202012/01, technical briefing 5 |date=2 Februari 2021 |institution=Public Health England |type=Briefing |format=PDF |url=https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/959426/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_5.pdf |access-date=14 Juni 2021 |id=GW-1905}}</ref>
| {{dts|2021|02|05|format=dmy|abbr=on}}<wbr /><ref name="GW-1934">{{cite techreport |title=Investigation of SARS-CoV-2 variants of concern in England, technical briefing 6 |date=13 Februari 2021 |institution=Public Health England |format=PDF |url=https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/961299/Variants_of_Concern_VOC_Technical_Briefing_6_England-1.pdf |access-date=6 Juni 2021 |id=GW-1934}}</ref>
| [[E484K]], 69–70hapus, N501Y, P681H<ref name=":33" />{{sfnp|Chand dkk.|2020|p=6|loc=Potential impact of spike variant N501Y}}
| {{risiko|level=tinggi|align=ml|Sangat berkurang<wbr /><ref name="b117e484k">{{cite journal |vauthors=Collier DA, De Marco A, Ferreira IA, Meng B, Datir RP, Walls AC, Kemp SA, Bassi J, Pinto D, Silacci-Fregni C, Bianchi S, Tortorici MA, Bowen J, Culap K, Jaconi S, Cameroni E, Snell G, Pizzuto MS, Pellanda AF, Garzoni C, Riva A, Elmer A, Kingston N, Graves B, McCoy LE, Smith KG, Bradley JR, Temperton N, Ceron-Gutierrez L, Barcenas-Morales G, Harvey W, Virgin HW, Lanzavecchia A, Piccoli L, Doffinger R, Wills M, Veesler D, Corti D, Gupta RK |display-authors=6 |date=Mei 2021 |title=Sensitivity of SARS-CoV-2 B.1.1.7 to mRNA vaccine-elicited antibodies |journal=Nature |volume=593 |issue=7857 |pp=136–141 |type=Published |doi=10.1038/s41586-021-03412-7 |doi-access=free |quote=We therefore generated pseudoviruses that carried the B.1.1.7 spike mutations with or without the additional E484K substitution and tested these against sera obtained after the first and second dose of the BNT162b2 mRNA vaccine as well as against convalescent sera. After the second vaccine dose, we observed a considerable loss of neutralising activity for the pseudovirus with the B.1.1.7 spike mutations and E484K (Fig. 3d, e). The mean fold change for the E484K-containing B.1.1.7 spike variant was 6.7 compared with 1.9 for the B.1.1.7 variant, relative to the wild-type spike protein (Fig. 3a–c and Extended Data Fig. 5). Similarly, when we tested a panel of convalescent sera with a range of neutralisation titres (Fig. 1f, g and Extended Data Fig. 5), we observed additional loss of activity against the mutant B.1.1.7 spike with E484K, with fold change of 11.4 relative to the wild-type spike protein (Fig. 3f, g and Extended Data Fig. 5).}}</ref>}}
| {{risiko|level=tinggi|align=ml|Sangat berkurang<wbr /><ref name="b117e484k" />}}
|-
| {{sort|2|[[Varian Beta SARS-CoV-2|Beta]]}}
| B.1.351
| VOC‑20DEC‑02
| 20H (V2)
| [[Afrika Selatan]]
| {{dts|2020|05|format=dmy|abbr=on}}
| {{dts|2021|01|14|format=dmy|abbr=on}}<wbr /><ref>{{cite techreport |authors=Horby, P., Barclay, W., dan Huntley, C. |date=13 Januari 2021 |title=NERVTAG paper: brief note on SARS-CoV-2 variants |institution=Public Health England |type=Note |url=https://www.gov.uk/government/publications/nervtag-brief-note-on-sars-cov-2-variants-13-january-2021 |access-date=6 Juni 2021}}</ref>
| K417N, E484K, N501Y<wbr /><ref name=":33" />
| {{risiko|level=sangattinggi|align=ml|{{estimasi|+25|20|30|unit=%|mini=auto}}<wbr /><ref name="transmissibility-multinational" />}}
| {{risiko|level=takdiketahui|align=ml|''Dalam investigasi''}}
| {{risiko|level=menengah|align=ml|Kemungkinan meningkat<wbr /><ref name="aci-variants" /><ref name="who-update-latest-impacts" />}}
| {{risiko|level=menengah|align=ml|Berkurang, tetapi respons sel T akibat D614G tetap efektif<wbr /><ref name="cdc-variants" /><ref name="who-update-latest-impacts" />}}
| {{risiko|level=tinggi|align=ml|Efikasi: berkurang terhadap penyakit bergejala,{{efn-ua|Oxford-AstraZeneca, NovaVax.}} tetap terhadap gejala berat<wbr /><ref name="who-update-latest-impacts" />}}
|-
| {{sort|3|[[Varian Gamma SARS-CoV-2|Gamma]]}}
| P.1
| VOC‑21JAN‑02
| 20J (V3)
| [[Brasil]]
| {{dts|2020|11|format=dmy|abbr=on}}
| {{dts|2021|01|15|format=dmy|abbr=on}}<wbr /><ref>{{cite news |title=Confirmed cases of COVID-19 variants identified in UK |date=15 Januari 2021 |agency=Public Health England |website=GOV.UK |url=https://www.gov.uk/government/news/confirmed-cases-of-covid-19-variants-identified-in-uk |access-date=5 Maret 2021}}</ref><ref>{{cite techreport |authors=Horby, P., Barclay, W., Gupta, R., dan Huntley, C. |date=27 Januari 2021 |title=NERVTAG paper: note on variant P.1 |institution=Public Health England |type=Note |url=https://www.gov.uk/government/publications/nervtag-note-on-variant-p1-27-january-2021 |access-date=6 Juni 2021 |language=en}}</ref>
| K417T, E484K, N501Y<wbr /><ref name=":33" />
| {{risiko|level=sangattinggi|align=ml|{{estimasi|+38|29|48|unit=%|mini=auto}}<wbr /><ref name="transmissibility-multinational" />}}
| {{risiko|level=menengah|align=ml|Kemungkinan meningkat<wbr /><ref name="who-update-latest-impacts" />}}
| {{risiko|level=tinggi|align=ml|{{estimasi|+50|20|90|50|unit=%|type=cri|mini=auto}}<wbr />{{efn-ua|name=low-confidence|[[Selang kepercayaan]] (''confidence interval'') dan selang kepercayaan Bayes (''credible interval'') yang dilaporkan memiliki probabilitas yang rendah sehingga nilai estimasi hanya dapat dipahami sebagai mungkin dan bukan sering ataupun pasti.}}{{efn-ua|Maret 2020 s.d. Februari 2021, Manaus.<ref name="cadde-p1">{{cite journal |vauthors=Faria NR, Mellan TA, Whittaker C, Claro IM, Candido DD, Mishra S, Crispim MA, Sales FC, Hawryluk I, McCrone JT, Hulswit RJ, Franco LA, Ramundo MS, de Jesus JG, Andrade PS, Coletti TM, Ferreira GM, Silva CA, Manuli ER, Pereira RH, Peixoto PS, Kraemer MU, Gaburo N, Camilo CD, Hoeltgebaum H, Souza WM, Rocha EC, de Souza LM, de Pinho MC, Araujo LJ, Malta FS, de Lima AB, Silva JD, Zauli DA, Ferreira AC, Schnekenberg RP, Laydon DJ, Walker PG, Schlüter HM, Dos Santos AL, Vidal MS, Del Caro VS, Filho RM, Dos Santos HM, Aguiar RS, Proença-Modena JL, Nelson B, Hay JA, Monod M, Miscouridou X, Coupland H, Sonabend R, Vollmer M, Gandy A, Prete CA, Nascimento VH, Suchard MA, Bowden TA, Pond SL, Wu CH, Ratmann O, Ferguson NM, Dye C, Loman NJ, Lemey P, Rambaut A, Fraiji NA, Carvalho MD, Pybus OG, Flaxman S, Bhatt S, Sabino EC |display-authors=6 |date=Mei 2021 |title=Genomics and epidemiology of the P.1 SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil |journal=Science |volume=372 |issue=6544 |pp=815–821 |bibcode=2021Sci...372..815F |doi=10.1126/science.abh2644 |doi-access=free |quote=Within this plausible region of parameter space, P.1 can be between 1.7 and 2.4 times more transmissible (50% BCI, 2.0 median, with a 99% posterior probability of being >1) than local non-P1 lineages and can evade 21 to 46% (50% BCI, 32% median, with a 95% posterior probability of being able to evade at least 10%) of protective immunity elicited by previous infection with non-P.1 lineages, corresponding to 54 to 79% (50% BCI, 68% median) cross-immunity ... We estimate that infections are 1.2 to 1.9 times more likely (50% BCI, median 1.5, 90% posterior probability of being >1) to result in mortality in the period after the emergence of P.1, compared with before, although posterior estimates of this relative risk are also correlated with inferred cross-immunity. More broadly, the recent epidemic in Manaus has strained the city's health care system, leading to inadequate access to medical care. We therefore cannot determine whether the estimated increase in relative mortality risk is due to P.1 infection, stresses on the Manaus health care system, or both. Detailed clinical investigations of P.1 infections are needed.}}</ref> Hasil pendahuluan dari sebuah penelitian di bagian selatan Brasil menemukan bahwa garis keturunan P.1 meningkatkan mortalitas terlebih pada orang muda yang sehat. Dalam kelompok tanpa penyakit bawaan sebelumnya, varian ini ditemukan dapat meningkatkan mortalitas sampai {{estimasi|490|220|985|unit=%|mini=auto}} untuk laki-laki kelompok usia 20–39, {{estimasi|465|190|1003|unit=%|mini=auto}} untuk perempuan kelompok usia 20–39, dan {{estimasi|670|401|1083|unit=%|mini=auto}} untuk perempuan kelompok usia 40–59.<ref>{{cite journal |vauthors=Freitas AR, Lemos DR, Beckedorff OA, Cavalcanti LP, Siqueira AM, Mello RC, Barros EN |display-authors=6 |date=19 April 2021 |title=The increase in the risk of severity and fatality rate of covid-19 in southern Brazil after the emergence of the Variant of Concern (VOC) SARS-CoV-2 P.1 was greater among young adults without pre-existing risk conditions |work=[[medRxiv]] |type=Preprint |s2cid=233295278 |doi=10.1101/2021.04.13.21255281 |url=https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.04.13.21255281v1 |access-date=23 Mei 2021 |quote=Female 20 to 39 years old, with no pre-existing risk conditions, were at risk of death 5.65 times higher in February (95% CI, 2.9-11.03; p < 0.0001) and in the age group of 40 and 59 years old, this risk was 7.7 times higher (95% CI, 5.01-11.83; p < 0.0001) comparing with November–December. ... The heterogeneity observed between the age groups was greater when we analysed the subgroup of the population without preexisting risk conditions where we found that the CFR in the female sex in the second wave was 1.95 times (95% CI, 1.38-2.76) the CFR of the first wave in the population over 85 years old and was 7.7 times (95% CI, 5.01-11.83; p < 0.0001) in the population between 40 and 59 years old. In the male population without previous diseases, the CFR in the second wave was 2.18 (95% CI, 1.62-2.93) times the CFR of the first wave in the population over 85 years old and 5.9 (95% CI, 3.2-10.85; p < 0, 0001) higher in the range between 20 and 39 years old.}}</ref>{{efn-ua|name=different-conditions}}}}}}
| {{risiko|level=menengah|align=ml|Berkurang<wbr /><ref name="cdc-variants" />}}
| {{risiko|level=rendah|align=ml|Tetap untuk sebagian<wbr />{{efn-ua|Kecuali Pfizer–BioNTech.<ref name="aci-variants" />}}}}
|-
| {{sort|4|[[Varian Delta SARS-CoV-2|Delta]]}}
| [[Garis keturunan B.1.617 SARS-CoV-2|B.1.617]].2
| VOC‑21APR‑02<wbr />
| 21A
| [[India]]
| {{dts|2020|10|format=dmy|abbr=on}}
| {{dts|2021|05|06|format=dmy|abbr=on}}<wbr /><ref name="briefing10">{{cite techreport |title=SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England, technical briefing 10 |date=7 Mei 2021 |institution=Public Health England |type=Briefing |format=PDF |url=https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/984274/Variants_of_Concern_VOC_Technical_Briefing_10_England.pdf |access-date=6 Juni 2021 |id=GOV-8226}}</ref>
| L452R, T478K, P681R<wbr /><ref name="20A_617">{{cite web |url=https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/cases-updates/variant-surveillance/variant-info.html |title=SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions |website=CDC.gov |publisher=Centers for Disease Control and Prevention |date=29 Juni 2021 |access-date=19 Februari 2021 |language=en}} Diperbarui berkala.</ref>
| {{risiko|level=sangattinggi|align=ml|{{estimasi|+97|76|117|unit=%|mini=auto}}<wbr /><ref name="transmissibility-multinational" />}}
| {{risiko|level=sangattinggi|align=ml|{{estimasi|+85|39|147|unit=%|mini=auto}} <small>relatif terhadap Alpha</small><wbr />{{efn-ua|1 April 2021 s.d. 6 Juni 2021, Skotlandia.<ref>{{cite journal |authors=Sheikh, A., McMenamin, J., Taylor, B., dan Robertson, C. |date=Juni 2021 |title=SARS-CoV-2 Delta VOC in Scotland: demographics, risk of hospital admission, and vaccine effectiveness |journal=Lancet |volume=397 |issue=10293 |pp=2461–2462 |doi=10.1016/S0140-6736(21)01358-1}}</ref> Penelitian pendahuluan lainnya di Ontario menemukan bahwa rawat inap akibat varian Delta meningkat 120% relatif terhadap garis keturunan non-[[Varian yang diwaspadai|VOC]].{{efn-ua|name=delta-ontario}}{{efn-ua|name=different-conditions|Perbedaan bisa muncul akibat perbedaan kebijakan dan intervensi yang diadopsi dalam tiap wilayah yang diteliti pada waktu yang berbeda, kapasitas sistem kesehatan setempat, atau perbedaan varian yang menyebar pada waktu dan di tempat penelitian.}}}}}}
| {{risiko|level=sangattinggi|align=ml|{{estimasi|+137|50|230|unit=%|mini=auto}}<wbr />{{efn-ua|name=delta-ontario|7 Februari 2021 s.d. 22 Juni 22, 2021, Ontario.<ref>{{cite journal |authors=Fisman, D. dan Tuite, A. |date=12 Juli 2021 |title=Progressive Increase in Virulence of Novel SARS-CoV-2 Variants in Ontario, Canada |type=Preprint |work=[[medRxiv]] |s2cid=235756602 |doi=10.1101/2021.07.05.21260050 |url=https://www.medrxiv.org/content/medrxiv/early/2021/08/04/2021.07.05.21260050.full.pdf |access-date=16 September 2021}}</ref>}}}}<br />[[Tingkat fatalitas kasus]] 0,04% untuk kelompok usia <&nbsp;50 yang belum divaksinasi, 6,5% untuk kelompok usia >&nbsp;50 yang belum divaksinasi<ref name="voctech" />
| {{risiko|level=menengah|align=ml|Terjadi infeksi ulang dengan laju kemunculan yang lebih kecil daripada infeksi kepada yang divaksinasi<wbr />{{efn-ua|Penelitian di Israel melacak 46.035 yang sembuh, tetapi belum divaksinasi, dan 46.035 orang yang telah divaksinasi pada sebaran usia yang sama untuk membandingkan kemunculan infeksi pada waktu selanjutnya. Terdapat 640 infeksi pada kelompok tervaksinasi dan 108 infeksi pada kelompok yang sembuh, tetapi belum divaksinasi.}}<ref>{{cite journal |authors=Gazit, S. |date=25 Agustus 2021 |title=Comparing SARS-CoV-2 natural immunity to vaccine-induced immunity: reinfections versus breakthrough infections |website=medRxiv |s2cid=237289842 |doi=10.1101/2021.08.24.21262415 |url=https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.24.21262415v1.full.pdf}}</ref><ref name="phe-delta-risk-assessment" />}}
| {{risiko|level=menengah|align=ml|Pengurangan efikasi untuk gejala tak berat<wbr /><ref name="who-update-latest-impacts" /><ref name="phe-delta-risk-assessment">{{cite techreport |title=Risk assessment for SARS-CoV-2 variant Delta |date=23 Juli 2021 |institution=Public Health England |type=Assessment |format=PDF |url=https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1005395/23_July_2021_Risk_assessment_for_SARS-CoV-2_variant_Delta.pdf |access-date=24 Juli 2021}}</ref>{{efn-ua|Pengurangan menengah untuk neutralisasi dengan Covaxin.<wbr /><ref name="B.1.617 neutralization">{{cite journal |authors=Yadav, P.D., Sapkal, G.N., Abraham, P., Ella, R., Deshpande, G., Patil, D.Y., Nyayanit, D.A., Gupta, N., Sahay, R.R., Shete, A.M., Panda, S., Bhargava, B., dan Mohan, V.K. |date=Mei 2021 |title=Neutralization of variant under investigation B.1.617 with sera of BBV152 vaccinees |journal=Clinical Infectious Diseases |issue=ciab411 |publisher=Oxford University Press |doi=10.1093/cid/ciab411}}</ref>}}}}
|}

'''Legenda:''' {{legend inline|#faa|Risiko sangat tinggi}} {{legend inline|#fc8|Risiko tinggi}} {{legend inline|#fe8|Risiko menengah}} {{legend inline|#cfc|Risiko rendah}} {{legend inline|#eee|Risiko tak diketahui}}

'''Catatan kaki'''
{{notelist-ua}}

== Penamaan ==
{| class="wikitable mw-collapsible floatright" style="font-size:88%;width:450px;"
|+ Penamaan SARS-CoV-2<ref>Tabel ini adalah adaptasi dan pengembangan dari {{harvp|Alm et al.|2020|loc=bagan 1}}.</ref>
|-
! scope="col" | Garis keturunan Pango<ref name="RambautETAL.">{{cite journal |vauthors=Rambaut A, Holmes EC, O'Toole Á, Hill V, McCrone JT, Ruis C, du Plessis L, Pybus OG |display-authors=6 |date=November 2020 |title=A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology |journal=Nature Microbiology |volume=5 |issue=11 |pp=1403–1407 |s2cid=220544096 |doi=10.1038/s41564-020-0770-5 |doi-access=free}} Dikutip dalam {{harvp|Alm et al.|2020}}.</ref>
! scope="col" | Catatan untuk Pangolin<ref name="AlmETAL.2020">{{cite journal |vauthors=Alm E, Broberg EK, Connor T, Hodcroft EB, Komissarov AB, Maurer-Stroh S, Melidou A, Neher RA, O'Toole Á, Pereyaslov D |display-authors=6 |date=August 2020 |title=Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020 |journal=Euro Surveillance |volume=25 |issue=32 |doi=10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410 |ref={{sfnref|Alm et al.|2020}} |collaboration=The WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group}}</ref>
! scope="col" | Klad [[Nextstrain]],<ref name="nextstrain-clades">{{cite web |url=https://clades.nextstrain.org/ |title=Nextclade |access-date=19 Januari 2021 |website=nextstrain.org |format=What are the clades? |language=en}}</ref> 2021<ref name="nextstrain-amendation" />
! scope="col" | Klad [[GISAID]]
! scope="col" | Varian tercatat
|-
| {{nobr|A.1–A.6}}
|
| 19B
| S
| Berisi "deret urut acuan" WIV04/2019<ref name="Zhukova" />
|-
| rowspan="2" | {{nobr|B.3–B.7}}, {{nobr|B.9}}, {{nobr|B.10}}, {{nobr|B.13–B.16}}
| rowspan="2" |
| rowspan="3" | {{nobr|19A}}
| L
|
|-
| {{nobr|O{{efn|name="O/GV"}}}}
|
|-
| {{nobr|B.2}}
|
| V
|
|-
| rowspan="11" | {{nobr|B.1}}
| {{nobr|B.1.5–B.1.72}}
| rowspan="2" | 20A
| G
| Garis keturunan B.1 dalam sistem penamaan Pangolin, termasuk Delta/<wbr />B.1.617<ref name="20A_617" /><ref name="20A_617_original">{{cite web |url=https://nextstrain.org/ncov/global?f_emerging_lineage=B.1.617 |title=Genomic epidemiology of novel coronavirus – Global subsampling (Filtered to B.1.617) |website=nextstrain.org |access-date=5 Mei 2021 |language=en}}</ref>
|-
| {{nobr|B.1.9}}, {{nobr|B.1.13}}, {{nobr|B.1.22}}, {{nobr|B.1.26}}, {{nobr|B.1.37}}
| rowspan="4" | GH
|
|-
| rowspan="3" | {{nobr|B.1.3–B.1.66}}
| 20C
| Termasuk Epsilon/<wbr />B.1.427/<wbr />B.1.429/<wbr />CAL.20C]] dan Eta/<wbr />B.1.525<ref name="cdc-variants" /><ref name="SoCalLetter">{{cite journal |authors=Zhang, W., Davis, B., Chen, S.S., Martinez, J.S., Plummer, J.T., dan Vail, E. |year=2021 |title=Emergence of a Novel SARS-CoV-2 Variant in Southern California |journal=JAMA |volume=325 |issue=13 |pp=1324–1326 |doi=10.1001/jama.2021.1612 |url=https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2776543 |access-date=2 Oktober 2021}}</ref>
|-
| 20G
| Banyak di AS, Feb '21<ref name="SoCalLetter" />
|-
| 20H
| Termasuk Beta/<wbr />B.1.351<small> disebut juga garis keturunan 20H/501Y.V2 atau 501.V2</small>
|-
| rowspan="5" | {{nobr|B.1.1}}
| 20B
| rowspan="5" | GR
| Termasuk B.1.1.207{{butuh rujukan|date=April 2021}}
|-
| 20D
|
|-
| 20J
| Termasuk Gamma/<wbr />P.1 dan Zeta/<wbr />P.2{{butuh rujukan|date=Oktober 2021}}
|-
| 20F
|
|-
| 20I
| Termasuk Alpha/<wbr />B.1.1.7<small> disebut juga VOC-202012/01, VOC-20DEC-01, atau 20I/501Y.V1</small>
|-
| B.1.177
| 20E (EU1)<ref name="nextstrain-amendation">{{cite web |authors=Bedford, T., Hodcroft, B., dan Neher, R.A. |date=6 Januari 2021 |title=Updated Nextstrain SARS-CoV-2 clade naming strategy |website=nextstrain.org |url=https://nextstrain.org/blog/2021-01-06-updated-SARS-CoV-2-clade-naming |access-date=19 Januari 2021 |language=en}}</ref>
| GV{{efn|name="O/GV"|Dalam sumber lain, GISAID memberi nama himpunan 7 klad tanpa klad&nbsp;O, tetapi dengan klad&nbsp;GV.<ref name="GCTree">{{cite web |url=https://www.gisaid.org/fileadmin/gisaid/files/images/clade_tree.jpg |title=clade tree (from 'Clade and lineage nomenclature') |date=4 Juli 2020 |website=GISAID |access-date=7 Januari 2021 |language=en}}</ref>}}
| Turunan dari 20A<ref name="nextstrain-amendation" />
|}
Varian SARS-CoV-2 dikelompokkan berdasarkan garis keturunan dan mutasi komponennya.<ref>{{cite journal |last1=Tao |first1=Kaiming |last2=Tzou |first2=Philip L. |last3=Nouhin |first3=Janin |last4=Gupta |first4=Ravindra K. |last5=de Oliveira |first5=Tulio |last6=Kosakovsky Pond |first6=Sergei L. |last7=Fera |first7=Daniela |last8=Shafer |first8=Robert W. |date=17 September 2021 |title=The biological and clinical significance of emerging SARS-CoV-2 variants |journal=Nature Reviews Genetics |pp=1–17 |doi=10.1038/s41576-021-00408-x}}</ref> Namun, per Juli 2021, belum ada penamaan yang konsisten untuk varian-varian ini.<ref name="3.6">{{cite book |author=WHO Headquarters |date=8 Januari 2021 |title=SARS-CoV-2 genomic sequencing for public health goals: Interim guidance, 8 January 2021 |chapter=3.6 Considerations for virus naming and nomenclature |page=6 |publisher=Organisasi Kesehatan Dunia |url=https://www.who.int/publications/i/item/WHO-2019-nCoV-genomic_sequencing-2021.1 |access-date=2 Februari 2021}}</ref> Banyak organisasi, termasuk pemerintah dan surat kabar, merujuknya dengan tempat pertama kali varian itu ditemukan.<ref>{{cite web |url=https://www.statnews.com/2021/02/09/not-british-variant-call-it-b117/ |title=Don't call it the 'British variant.' Use the correct name: B.1.1.7 |date=9 Februari 2021 |website=STAT |access-date=12 Februari 2021 |language=en-US}}</ref><ref>{{cite web |url=https://www.ctvnews.ca/health/coronavirus/why-the-who-won-t-call-it-the-u-k-variant-and-you-shouldn-t-either-1.5292441?cache=yes%3FclipId%3D1723871 |authors=Flanagan, R. |date=2 Februari 2021 |title=Why the WHO won't call it the 'U.K. variant', and you shouldn't either |website=CTV News |access-date=12 Februari 2021 |language=en}}</ref>

Setelah membahas berbulan-bulan, [[Organisasi Kesehatan Dunia]] (WHO) menetapkan nama-nama dari [[Alfabet Yunani|huruf Yunani]] untuk galur penting pada 31 Mei 2021<ref>{{cite web |url=https://twitter.com/mvankerkhove/status/1399388129300205569 |title=Today, @WHO announces new, easy-to-say labels for #SARSCoV2 Variants of Concern (VOCs) & Interest (VOIs) |access-date=7 Juli 2021 |language=en}}</ref> agar tiap varian bisa dirujuk dengan mudah tanpa menimbulkan stigma.<ref>{{cite web |url=https://www.statnews.com/2021/05/31/the-name-game-for-coronavirus-variants-just-got-a-little-easier/ |authors=Branswell, H. |date=31 Mai 2021 |title=The name game for coronavirus variants just got a little easier |work=Stat News |access-date=28 Juni 2021 |language=en}}</ref><ref>{{cite web |url=https://www.who.int/news/item/15-01-2021-statement-on-the-sixth-meeting-of-the-international-health-regulations-(2005)-emergency-committee-regarding-the-coronavirus-disease-(covid-19)-pandemic |author=Organisasi Kesehatan Dunia |date=15 Januari 2021 |title=Statement on the sixth meeting of the International Health Regulations (2005) Emergency Committee regarding the coronavirus disease (COVID-19) pandemic |access-date=18 Januari 2021 |language=en}}</ref> Keputusan ini juga menimbang kritikan dari negara-negara terhadap penggunaan nama negara untuk merujuk varian; WHO menyinggung potensi munculnya stigma akibat penggunaan nama negara.<ref>{{cite news |title=Covid: WHO renames UK and other variants with Greek letters |date=31 Mei 2021 |work=BBC News |url=https://www.bbc.com/news/world-57308592 |access-date=7 Juli 2021 |language=en}}</ref>

Meskipun ada ribuan varian SARS-CoV-2,<ref>{{cite journal |last1=Koyama |first1=Takahiko |last2=Platt |first2=Daniela |last3=Parida |first3=Laxmi |date=Juni 2020 |title=Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes |journal=[[Bulletin of the World Health Organization]] |volume=98 |pp=495–504 |doi=10.2471/BLT.20.253591 |url=https://www.who.int/bulletin/volumes/98/7/20-253591/en/ |quote=We detected in total 65776 variants with 5775 distinct variants.}}</ref> varian-varian ini bisa dikelompokkan menjadi garis keturunan atau [[klad]]. Beberapa penamaan klad berbeda untuk SARS-CoV-2 telah diusulkan.{{efn|Menurut WHO, "Garis keturunan atau klad dapat didefinisikan berdasarkan virus yang memiliki leluhur yang sama secara filogenetik."<ref name="3.6" />}}

* Per Januari 2021, [[GISAID]]—mengacu pada SARS-CoV-2 sebagai hCoV-19—mengidentifikasi delapan klad (S, O, L, V, G, GH, GR, dan GV).<ref>{{cite web |url=https://www.gisaid.org/phylodynamics/global/nextstrain/ |title=Global phylogeny, updated by Nextstrain |date=18 Januari 2021 |publisher=GISAID |access-date=19 Januari 2021 |language=en}}</ref>
* Per Juni 2021, [[Nextstrain]] (Hadfield dkk.) mengidentifikasi tiga belas klad (19A–19B, 20A–20J, dan 21A).<ref>{{cite web |url=https://nextstrain.org/ncov/global |title=Nextstrain COVID-19 |website=[[Nextstrain]] |access-date=1 Juni 2021 |language=en}}</ref>
* Per Agustus 2021, [[Pangolin (alat)|Pangolin]] (Rambaut dkk.) telah membuat 1.340 garis keturunan.<ref name="pango-lineages">{{cite web |url=https://cov-lineages.org/lineages.html |title=Lineage descriptions |website=cov-lineages.org |publisher=Tim [[Pangolin (alat)|Pango]] |access-date=24 Desember 2020 |language=en}}</ref><ref>{{cite journal |authors=Rambaut, A., Holmes, E.C., O'Toole, Á., Hill, V., McCrone, J.T., Ruis, C., du Plessis, L., dan Pybus, O.G. |date=Maret 2021 |title=Addendum: A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology |journal=Nature Microbiology |volume=6 |issue=3 |pages=415 |doi=10.1038/s41564-021-00872-5}}</ref>
* Dalam artikel tahun 2020 di ''International Journal of Infectious Diseases'', Guan dkk. mengidentifikasi lima klad global (G<sub>614</sub>, S<sub>84</sub>, V<sub>251</sub>, I<sub>378</sub>, dan D<sub>392</sub>).
* Dalam artikel tahun 2020 di ''International Journal of Infectious Diseases'', Guan dkk. mengidentifikasi lima klad global (G<sub>614</sub>, S<sub>84</sub>, V<sub>251</sub>, I<sub>378</sub>, dan D<sub>392</sub>).
* Rambaut dkk. mengusulkan istilah "garis keturunan" dalam artikel tahun 2020 di ''[[Nature Microbiology]]''. Pada Desember 2020, telah ada lima garis keturunan utama (A, B, B.1, B.1.1, dan B.1.777) yang diidentifikasi.


Tiap badan penelitian dan pengembangan kesehatan juga bisa membuat sistem penamaan sendiri untuk melacak varian tertentu. Misalnya, Badan Kesehatan Masyarakat Inggris menamai tiap varian berdasarkan tahun, bulan, dan nomor dalam format [TT] [BBB]-[NN] dengan awalan "VUI" (''variant under investigation'') atau "VOC" (''variant of concern'').<ref name="phe-voc" />
== Latar belakang ==
Meskipun kemunculan SARS-CoV-2 dihasilkan oleh [[rekombinasi genetika]] antara virus corona seperti [[SARS]] yang terdapat pada [[kelelawar]] dan [[tenggiling]] (melalui transmisi antar spesies),<ref name="SARS-CoV-2 emergence due to recombination event">{{cite journal |last1=Shahhosseini |first1=Nariman |last2=Wong |first2=Gary |last3=Kobinger |first3=Gary |last4=Chinikar |first4=Sadegh |title=SARS-CoV-2 spillover transmission due to recombination event |journal=Gene Reports |date=2021 |volume=23 |page=101045 |doi=10.1016/j.genrep.2021.101045 |pmid=33615041 |pmc=7884226 |url=}}</ref> mutasi memainkan peranan yang penting pada [[evolusi]] dan kemunculan varian SARS-CoV-2 baru. <ref name="SARS-CoV-2 variants of concern">{{cite journal |last1=Shahhosseini |first1=Nariman |last2=Babuadze |first2=George |last3=Wong |first3=Gary |last4=Kobinger |first4=Gary |title=Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of Concern |journal=Microorganisms |date=2021 |volume=9 |issue=5 |page=926 |doi=10.3390/microorganisms9050926 |pmid=33925854 |s2cid=233460887 |url=https://www.mdpi.com/2076-2607/9/5/926 |access-date=4 May 2021|doi-access=free }}</ref>


== Varian penting ==
== Deret urutan rujukan ==
Karena [[pasien nol]] penyakit ini belum diketahui, pilihan deret urutan acuan bersifat sebarang, antara lain sebagai berikut:
{{kembangkan bagian|date=Maret 2021}}
* Deret urutan pertama, ''Wuhan-1'', diambil pada 24 Desember 2019.<ref name="progenitor_SARS-CoV-2">{{cite journal |authors=Kumar, S., Tao, Q., Weaver, S., Sanderford, M., Caraballo-Ortiz, M.A., Sharma, S., Pond, S.L., dan Miura, S. |date=Mei 2021 |title=An evolutionary portrait of the progenitor SARS-CoV-2 and its dominant offshoots in COVID-19 pandemic |journal=Molecular Biology and Evolution |volume=38 |issue=8 |pp=3046–3059 |doi=10.1093/molbev/msab118}}</ref>
* Salah satu kelompok (Sudhir Kumar dkk.)<ref name="progenitor_SARS-CoV-2" /> merujuk kepada genom acuan [[National Center for Biotechnology Information|NCBI]] (GenBankID: NC_045512; GISAID ID: EPI_ISL_402125).<ref name="pmid32015508">{{cite journal |authors=Wu, F., Zhao, S., Yu, B., Chen, Y.M., Wang, W., Song, Z.G., Hu, Y., Tao, Z.W., Tian, J.H., Pei, Y.Y., Yuan, M.L., Zhang, Y.L., Dai, F.H., Liu, Y., Wang, Q.M., Zheng, J.J., Xu, L., Holmes, E.C., dan Zhang Y.Z. |date=Maret 2020 |title=A new coronavirus associated with human respiratory disease in China |journal=Nature |volume=579 |issue=7798 |pp=265–269 |bibcode=2020Natur.579..265W |doi=10.1038/s41586-020-2008-3}}</ref> Sampel ini diambil pada 26 Desember 2019.<ref name="pmid33605421">{{cite journal |authors=Chiara, M., Horner, D.S., Gissi, C., dan Pesole, G. |date=Mei 2021 |title=Comparative Genomics Reveals Early Emergence and Biased Spatiotemporal Distribution of SARS-CoV-2 |journal=Molecular Biology and Evolution |volume=38 |issue=6 |pp=2547–2565 |doi=10.1093/molbev/msab049}}</ref> Meski demikian, mereka juga memakai genom acuan GISAID WIV04 (ID: EPI_ISL_402124)<ref name="zhengli03-2020">{{cite journal |authors=Zhou, P., Yang, X.L., Wang, X.G., Hu, B., Zhang, L., Zhang, W., Si, H.R., Zhu, Y., Li, B., Huang, C.L., Chen, H.D., Chen, J., Luo, Y., Guo, H., Jiang, R.D., Liu, M.Q., Chen, Y., Shen, X.R., Wang, X., Zheng, X.S., Zhao, K., Chen, Q.J., Deng, F., Liu, L.L., Yan, B., Zhan, F.X., Wang, Y.Y., Xiao, G.F., dan Shi, Z.L. |date=Maret 2020 |title=A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin |journal=Nature |volume=579 |issue=7798 |pp=270–273 |bibcode=2020Natur.579..270Z |doi=10.1038/s41586-020-2012-7}}</ref> dalam analisis mereka.<ref>{{cite journal |authors=Okada, P., Buathong, R., Phuygun, S., Thanadachakul, T., Parnmen, S., Wongboot, W., Waicharoen, S., Wacharapluesadee, S., Uttayamakul, S., Vachiraphan, A., Chittaganpitch, M., Mekha, N., Janejai, N., Iamsirithaworn, S., Lee, R.T., dan Maurer-Stroh, S. |date=Februari 2020 |title=Early transmission patterns of coronavirus disease 2019 (COVID-19) in travellers from Wuhan to Thailand, January 2020 |journal=Euro Surveillance |volume=25 |issue=8 |doi=10.2807/1560-7917.ES.2020.25.8.2000097}}</ref>
* Menurut sumber lainnya (Zhukova dkk.), deret urutan ''WIV04/2019'' yang termasuk klad S [[GISAID]], garis keturunan A [[Pangolin (alat)|Pangolin]], dan klad 19B [[Nextstrain]] kemungkinan menggambarkan pengurutanan genom virus asli yang menginfeksi manusia dan dikenal sebagai "urutan nol". Urutan ini dipakai secara luas dan menjadi urutan rujukan, khususnya yang bekerja sama dengan GISAID.<ref name="Zhukova">{{cite journal |last1=Zhukova |first1=Anna |last2=Blassel |first2=Luc |last3=Lemoine |first3=Frédéric |last4=Morel |first4=Marie |last5=Voznica |first5=Jakub |last6=Gascuel |first6=Olivier |date=24 November 2020 |title=Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2 |journal=Comptes Rendus Biologies |pp=1–20 |doi=10.5802/crbiol.29 |doi-access=free |url=https://comptes-rendus.academie-sciences.fr/biologies/item/CRBIOL_0__0_0_A1_0/ |access-date=2 Maret 2021 |archive-date=21 Februari 2021 |archive-url=https://web.archive.org/web/20210221205942/https://comptes-rendus.academie-sciences.fr/biologies/item/CRBIOL_0__0_0_A1_0/ |dead-url=yes}}</ref> Sampel ini diambil pada 30 Desember 2019.<ref>{{cite web |url=https://www.gisaid.org/epiflu-applications/hcov-19-reference-sequence/ |title=Official hCoV-19 Reference Sequence |work=www.gisaid.org |access-date=14 Mei 2021 |language=en}}</ref>


=== Cluster 5 ===
== Kriteria pencatatan ==
Pada umumnya, virus mengalami mutasi sepanjang waktu sehingga muncul varian-varian baru. Ketika varian baru tampak berkembang dalam suatu populasi, ia dapat ditandai sebagai "varian yang sedang muncul". Untuk kasus SARS-CoV-2, garis keturunan baru sering berbeda satu sama lain hanya pada beberapa nukleotida.<ref>{{cite journal |last1=Tao |first1=Kaiming |last2=Tzou |first2=Philip L. |last3=Nouhin |first3=Janin |last4=Gupta |first4=Ravindra K. |last5=de Oliveira |first5=Tulio |last6=Kosakovsky Pond |first6=Sergei L. |last7=Fera |first7=Daniela |last8=Shafer |first8=Robert W. |date=17 September 2021 |title=The biological and clinical significance of emerging SARS-CoV-2 variants |journal=Nature Reviews Genetics |pp=1–17 |doi=10.1038/s41576-021-00408-x}}</ref>
{{utama|Cluster 5}}
[[Cluster 5]], juga disebut sebagai ΔFVI-spike oleh [[State Serum Institute]] (SSI) Denmark, ditemukan di [[Jutlandia]] Utara, [[Denmark]], dan diyakini telah menyebar dari [[mink]] ke manusia melalui [[peternakan bulu]]. Pada 4 November 2020, diumumkan bahwa populasi cerpelai di Denmark akan dimusnahkan untuk mencegah kemungkinan penyebaran mutasi ini dan mengurangi risiko terjadinya mutasi baru. Karantina wilayah dan pembatasan perjalanan diberlakukan di tujuh kota di Jutlandia Utara untuk mencegah penyebaran mutasi yang dapat membahayakan tanggapan [[Pandemi COVID-19 di Denmark|nasional]] atau internasional terhadap [[pandemi COVID-19]].<ref>{{cite web |url=https://www.sum.dk/Aktuelt/Nyheder/Coronavirus/2020/November/De-fleste-restriktioner-lempes-i-Nordjylland.aspx |title=De fleste restriktioner læmpes i Nordjylland |date=19 November 2020 |publisher=Sundheds- og Ældreministeriet |trans-title=Kebanyakan Pembatasan Sosial di Jutlandia Utara Dilonggarkan}}</ref>


Beberapa potensi dampak dari varian yang baru muncul adalah sebagai berikut:<ref name=":33" /><ref>{{cite web |url=https://sciencespeaksblog.org/2021/02/02/covid-mega-variant-and-eight-criteria-for-a-template-to-assess-all-variants/ |author=IDSA Contributor |date=2 Februari 2021 |title=COVID "Mega-variant" and eight criteria for a template to assess all variants |website=Science Speaks: Global ID News |access-date=20 Februari 2021 |language=en-US}}</ref>
=== Garis keturunan B.1.1.7 (Alpha) ===
* Peningkatan kemampuan penularan
{{utama|Garis keturunan B.1.1.7}}
* Peningkatan [[Penyakit#Morbiditas|morbiditas]]
[[Garis keturunan B.1.1.7]],<ref>{{cite report |author1=Rambaut, Andrew |author2=Loman, Nick |author3=Pybus, Oliver |author4=Barclay, Wendy |author5=Barrett, Jeff |author6=Carabelli, Alesandro |author7=Connor, Tom |author8=Peacock, Tom |author9=L. Robertson, David |author10=Vol, Erik |year=2020 |title=Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations |publisher=Written on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK |url=https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563 |access-date=20 Desember 2020}}</ref> disebut juga 20I/501Y.V1 atau Variant of Concern 202012/01 (VOC-202012/01),<ref name="Chand2020">{{cite report |last1=Chand |first1=Meera |last2=Hopkins |first2=Susan |last3=Dabrera |first3=Gavin |last4=Achison |first4=Christina |last5=Barclay |first5=Wendy |last6=Ferguson |first6=Neil |last7=Volz |first7=Erik |last8=Loman |first8=Nick |last9=Rambaut |first9=Andrew |last10=Barrett |first10=Jeff |date=21 Desember 2020 |title=Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01 |publisher=[[Public Health England]] |url=https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/947048/Technical_Briefing_VOC_SH_NJL2_SH2.pdf |access-date=23 Desember 2020}}</ref> sebelumnya dikenal sebagai Variant Under Investigation pertama pada Desember 2020 (VUI-202012/01), pertama kali terdeteksi pada Oktober 2020 selama [[pandemi COVID-19 di Britania Raya]] dari sampel yang diambil bulan sebelumnya.<ref name="CDC">{{cite web |url=https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/more/science-and-research/scientific-brief-emerging-variants.html |author=CDC |title=Emerging SARS-CoV-2 Variants |publisher=Centers for Disease Control and Prevention |language=en-us |access-date=4 Januari 2021}} {{PD-notice}}</ref> Sejak itu, prevalensinya menjadi dua kali lipat setiap 6,5 hari, perkiraan interval generasinya.<ref>{{cite web |url=https://khub.net/documents/135939561/338928724/New+SARS-COV-2+variant+-+information+and+risk+assessment.pdf/b56d4591-0466-1a18-28dc-010e0fdeef53?t=1608569319930 |title=New evidence on VUI-202012/01 and review of the public health risk assessment |date=15 Desember 2020 |website=khub.net}}</ref><ref>{{cite web |url=https://www.youtube.com/watch?v=G3CT9N89L-c&t=9399 |title=COG-UK Showcase Event - YouTube |publisher=YouTube |access-date=25 Desember 2020}}</ref> Varian ini berkorelasi dengan peningkatan yang signifikan pada tingkat infeksi COVID-19 di Britania Raya. Peningkatan ini diperkirakan setidaknya sebagian karena mutasi [[#N501Y|N501Y]]. Pada tanggal 2 Maret 2021, [[Pandemi COVID-19 di Indonesia|Indonesia]] melaporkan kasus pertamanya untuk varian ini.<ref>{{cite news |title=Dua Kasus Mutasi Corona Asal Inggris Ditemukan di Indonesia |date=2 Maret 2021 |work=CNN Indonesia |url=https://www.cnnindonesia.com/nasional/20210302120516-20-612595/dua-kasus-mutasi-corona-asal-inggris-ditemukan-di-indonesia |access-date=2 Maret 2021}}</ref><ref>{{cite news |title=Wamenkes Laporkan 2 Kasus Pertama Mutasi Corona B117 di Indonesia |date=2 Maret 2021 |work=detikHealth |url=https://health.detik.com/berita-detikhealth/d-5477409/wamenkes-laporkan-2-kasus-pertama-mutasi-corona-b117-di-indonesia |access-date=2 Maret 2021}}</ref><ref>{{cite news |author=Jawahir Gustav Rizal |editor=Sari Hardiyanto |date=2 Maret 2021 |title=Mutasi Virus Corona B.1.1.7 Sudah Masuk Indonesia |work=Kompas.com |url=https://www.kompas.com/tren/read/2021/03/02/131116365/mutasi-virus-corona-b117-sudah-masuk-indonesia-ini-informasi-lengkapnya?page=all |access-date=2 Maret 2021}}</ref>
* Peningkatan [[mortalitas]]
* Kemampuan menghindari deteksi uji diagnostik
* Penurunan kerentanan terhadap [[obat antivirus]] (bila sudah ada)
* Penurunan kerentanan terhadap antibodi penetral, baik terapeutik (misal plasma konvalesen atau antibodi monoklonal) maupun dalam laboratorium
* Kemampuan menghindari kekebalan alami (misal infeksi ulang)
* Kemampuan menyerang orang yang telah divaksinasi
* Peningkatan risiko keadaan tertentu, seperti gejala peradangan multisistem atau [[Covid-19 jangka panjang]]
* Peningkatan daya tarik untuk demografi atau kelompok klinis tertentu, misal anak-anak atau orang luluh imun


Varian yang tampak memenuhi setidaknya salah satu kriteria di atas dapat ditandai sebagai calon "varian dalam investigasi" atau "varian yang diperhatikan" untuk dipastikan dan disahkan. Ciri utama varian yang diperhatikan adalah peningkatan proporsi klaster baru. Namun, ia juga harus memiliki prevalensi atau perluasan skala nasional yang terbatas; kalau skalanya lebih luas, ia bisa dinaikkan menjadi "varian yang diwaspadai".<ref name="phe-voc" /><ref name="CanSum">{{cite web |url=https://nccid.ca/wp-content/uploads/sites/2/2021/02/CanCOGeN-Interim-Recommendations-for-Naming-Identifying-and-Reporting-SARS-CoV-2-Variants.pdf |authors=Griffiths, E., Tanner, J., Knox, N., Hsiao, W., dan Van Domselaar, G. |date=15 Januari 2021 |title=CanCOGeN Interim Recommendations for Naming, Identifying, and Reporting SARS-CoV-2 Variants of Concern |website=CanCOGeN (nccid.ca) |access-date=25 Februari 2021 |language=en}}</ref>
=== Garis keturunan B.1.351 (Beta) ===
{{utama|501.V2 Variant}}
[[501.V2 Variant|Varian 501.V2]], disebut juga 20H/501Y.V2, VOC-202012/02, atau garis keturunan B.1.351,<ref name="CDC1">{{cite web|author=CDC|title=Emerging SARS-CoV-2 Variants|url=https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/more/science-and-research/scientific-brief-emerging-variants.html|publisher=Centers for Disease Control and Prevention|language=en-us|access-date=4 Januari 2021}} {{PD-notice}}</ref> pertama kali terdeteksi di [[Afrika Selatan]] dan dilaporkan oleh departemen kesehatan negara itu pada tanggal 18 Desember 2020.<ref name="b1351nytimes">{{cite web |url=https://www.nytimes.com/2020/12/19/world/south-africa-announces-a-new-coronavirus-variant.html |title=South Africa announces a new coronavirus variant |date=18 Desember 2020 |work=[[The New York Times]] |access-date=20 Desember 2020}}</ref> Peneliti dan pejabat melaporkan bahwa [[prevalensi]] varian tersebut lebih tinggi di antara orang muda tanpa penyebab yang jelas dan, dibandingkan dengan varian lain, varian ini lebih sering mengakibatkan penyakit serius dalam kasus tersebut.<ref name="b1351washingtonpost">{{cite web |url=https://www.washingtonpost.com/world/africa/south-africa-coronavirus-second-wave/2020/12/18/d4a51aec-3ff7-11eb-b58b-1623f6267960_story.html |last1=Wroughton |first1=Lesley |last2=Bearak |first2=Max |date=18 Desember 2020 |title=South Africa coronavirus: Second wave fueled by new strain, teen 'rage festivals' |work=[[The Washington Post]] |access-date=20 Desember 2020}}</ref><ref>{{cite press release |last=Mkhize |first=Dr Zwelini |date=18 December 2020 |title=Update on Covid-19 (18th December 2020) |location=South Africa |agency=COVID-19 South African Online Portal |url=https://sacoronavirus.co.za/2020/12/18/update-on-covid-19-18th-december-2020/ |access-date=23 Desember 2020 |quote=Our clinicians have also warned us that things have changed and that younger, previously healthy people are now becoming very sick.}}</ref> Departemen Kesehatan Afrika Selatan juga mengindikasikan bahwa varian tersebut mungkin mendorong gelombang kedua [[Pandemi COVID-19 di Afrika Selatan|pandemi COVID-19]] di negara tersebut karena varian tersebut menyebar lebih cepat daripada varian virus sebelumnya lainnya.<ref name="b1351nytimes" /><ref name="b1351washingtonpost" />


== Varian yang diwaspadai (WHO) ==
=== Garis Keturunan B.1.617 ===
{{kembangkan bagian|kelengkapan dan pembaruan informasi|date=Oktober 2021}}
==== Garis Keturunan B.1.617.2 (Delta) ====
Berikut adalah varian yang diwaspadai (''variants of concern''/VOC) yang saat ini dinyatakan oleh [[Organisasi Kesehatan Dunia]] (WHO).<ref name="who-variants" />
'''Varian Delta SARS-CoV-2''', juga dikenal sebagai '''B.1.617.2''',{{efn|Nama lainnya meliputi:<br />– '''G/452R.V3'''<ref>{{cite web |title=COVID-19 Weekly Epidemiological Update (2 May 2021) |url=https://reliefweb.int/sites/reliefweb.int/files/resources/20210504_Weekly_Epi_Update_38.pdf |website=reliefweb.int |publisher=World Health Organization |access-date=6 May 2021}}</ref><br />– '''varian India'''}} adalah sebuah [[Varian SARS-CoV-2|varian]] [[SARS-CoV-2]] [[garis keturunan SARS-CoV-2 B.1.617|bergaris keturunan B.1.617]], [[virus]] yang menyebabkan [[COVID-19]].<ref name="gov.uk">{{cite news|url=https://www.gov.uk/government/news/confirmed-cases-of-covid-19-variants-identified-in-uk |title=Confirmed cases of COVID-19 variants identified in UK |website=www.gov.uk |date=15 April 2021 |access-date=2021-04-20}} {{OGL-attribution|version=3.0}}</ref> Varian tersebut dinamai varian Delta oleh WHO melalui sistem penamaan baru yang diperkenalkan pada 31 Mei 2021.<ref name=BBC.May.31.2021>{{cite news |title=Covid: WHO renames UK and other variants with Greek letters |url=https://www.bbc.com/news/world-57308592 |date=2021-05-31 |website=BBC News |access-date=2021-06-08}}</ref> Varian tersebut pertama kali terdeteksi di India pada akhir 2020.<ref name="GISAID">{{cite web |url=https://www.gisaid.org/hcov19-variants/ |title=Tracking of Variants |author=<!--Not stated--> |date=26 April 2021 |website=gisaid.org |publisher=[[GISAID]] |access-date=30 May 2021}}</ref><ref name="SMC1">{{cite web |title=Expert reaction to cases of variant B.1.617 (the 'Indian variant') being investigated in the UK |url=https://www.sciencemediacentre.org/expert-reaction-to-cases-of-variant-b-1-617-the-indian-variant-being-investigated-in-the-uk/ |website=Science Media Centre |access-date=20 April 2021}}</ref>


=== Alpha (garis keturunan B.1.1.7) ===
Varian ini bertanggung jawab terhadap sebagian peningkatan kasus pada [[Pandemi COVID-19 di India|gelombang kedua pandemi di India]] yang dimulai sejak Februari 2021.<ref name=":0">[https://www.cnbc.com/2021/05/11/india-covid-explainer-what-we-know-about-the-bpoint1point617-variant.html WHO labels a Covid strain in India as a ‘variant of concern’ — here’s what we know], CNBC, 11 May 2021.</ref><ref name=":1">[https://www.bbc.co.uk/news/world-asia-india-57067190 WHO says India Covid variant of 'global concern'], BBC News, 11 May 2021.</ref><ref>[https://science.thewire.in/health/covid-19-the-second-wave-may-not-be-the-last-but-which-one-will-be/ India’s second COVID-19 wave], The Wire Science, 22 April 2021.</ref>
{{utama|Varian Alpha SARS-CoV-2}}
[[Garis keturunan B.1.1.7]],<ref>{{cite report |author1=Rambaut, Andrew |author2=Loman, Nick |author3=Pybus, Oliver |author4=Barclay, Wendy |author5=Barrett, Jeff |author6=Carabelli, Alesandro |author7=Connor, Tom |author8=Peacock, Tom |author9=L. Robertson, David |author10=Vol, Erik |year=2020 |title=Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations |publisher=Written on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK |url=https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563 |access-date=20 Desember 2020}}</ref> disebut juga 20I/501Y.V1 atau Variant of Concern 202012/01 (VOC-202012/01),<ref name="Chand2020">{{cite report |last1=Chand |first1=Meera |last2=Hopkins |first2=Susan |last3=Dabrera |first3=Gavin |last4=Achison |first4=Christina |last5=Barclay |first5=Wendy |last6=Ferguson |first6=Neil |last7=Volz |first7=Erik |last8=Loman |first8=Nick |last9=Rambaut |first9=Andrew |last10=Barrett |first10=Jeff |date=21 Desember 2020 |title=Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01 |publisher=[[Public Health England]] |url=https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/947048/Technical_Briefing_VOC_SH_NJL2_SH2.pdf |access-date=23 Desember 2020}}</ref> sebelumnya dikenal sebagai Variant Under Investigation pertama pada Desember 2020 (VUI-202012/01), pertama kali terdeteksi pada Oktober 2020 selama [[pandemi Covid-19 di Britania Raya]] dari sampel yang diambil bulan sebelumnya.<ref name="CDC">{{cite web |url=https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/more/science-and-research/scientific-brief-emerging-variants.html |author=CDC |title=Emerging SARS-CoV-2 Variants |publisher=Centers for Disease Control and Prevention |language=en-us |access-date=4 Januari 2021}} {{PD-notice}}</ref> Sejak itu, prevalensinya menjadi dua kali lipat setiap 6,5 hari, perkiraan interval generasinya.<ref>{{cite web |url=https://khub.net/documents/135939561/338928724/New+SARS-COV-2+variant+-+information+and+risk+assessment.pdf/b56d4591-0466-1a18-28dc-010e0fdeef53?t=1608569319930 |title=New evidence on VUI-202012/01 and review of the public health risk assessment |date=15 Desember 2020 |website=khub.net |language=en}}</ref><ref>{{cite web |url=https://www.youtube.com/watch?v=G3CT9N89L-c&t=9399 |title=COG-UK Showcase Event - YouTube |publisher=YouTube |access-date=25 Desember 2020 |language=en}}</ref> Varian ini berkorelasi dengan peningkatan yang signifikan pada tingkat infeksi Covid-19 di Britania Raya. Peningkatan ini diperkirakan setidaknya sebagian karena mutasi [[#N501Y|N501Y]]. Pada tanggal 2 Maret 2021, [[Pandemi Covid-19 di Indonesia|Indonesia]] melaporkan kasus pertamanya untuk varian ini.<ref>{{cite news |title=Dua Kasus Mutasi Corona Asal Inggris Ditemukan di Indonesia |date=2 Maret 2021 |work=CNN Indonesia |url=https://www.cnnindonesia.com/nasional/20210302120516-20-612595/dua-kasus-mutasi-corona-asal-inggris-ditemukan-di-indonesia |access-date=2 Maret 2021}}</ref><ref>{{cite news |title=Wamenkes Laporkan 2 Kasus Pertama Mutasi Corona B117 di Indonesia |date=2 Maret 2021 |work=detikHealth |url=https://health.detik.com/berita-detikhealth/d-5477409/wamenkes-laporkan-2-kasus-pertama-mutasi-corona-b117-di-indonesia |access-date=2 Maret 2021}}</ref><ref>{{cite news |author=Jawahir Gustav Rizal |editor=Sari Hardiyanto |date=2 Maret 2021 |title=Mutasi Virus Corona B.1.1.7 Sudah Masuk Indonesia |work=Kompas.com |url=https://www.kompas.com/tren/read/2021/03/02/131116365/mutasi-virus-corona-b117-sudah-masuk-indonesia-ini-informasi-lengkapnya?page=all |access-date=2 Maret 2021}}</ref>

=== Beta (garis keturunan B.1.351) ===
{{utama|Varian Beta SARS-CoV-2}}
[[501.V2 Variant|Varian 501.V2]], disebut juga 20H/501Y.V2, VOC-202012/02, atau garis keturunan B.1.351,<ref name="CDC1">{{cite web|author=CDC|title=Emerging SARS-CoV-2 Variants|url=https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/more/science-and-research/scientific-brief-emerging-variants.html|publisher=Centers for Disease Control and Prevention|language=en-us|access-date=4 Januari 2021}} {{PD-notice}}</ref> pertama kali terdeteksi di [[Afrika Selatan]] dan dilaporkan oleh departemen kesehatan negara itu pada tanggal 18 Desember 2020.<ref name="b1351nytimes">{{cite web |url=https://www.nytimes.com/2020/12/19/world/south-africa-announces-a-new-coronavirus-variant.html |title=South Africa announces a new coronavirus variant |date=18 Desember 2020 |work=[[The New York Times]] |access-date=20 Desember 2020 |language=en}}</ref> Peneliti dan pejabat melaporkan bahwa [[prevalensi]] varian tersebut lebih tinggi di antara orang muda tanpa penyebab yang jelas dan, dibandingkan dengan varian lain, varian ini lebih sering mengakibatkan penyakit serius dalam kasus tersebut.<ref name="b1351washingtonpost">{{cite web |url=https://www.washingtonpost.com/world/africa/south-africa-coronavirus-second-wave/2020/12/18/d4a51aec-3ff7-11eb-b58b-1623f6267960_story.html |last1=Wroughton |first1=Lesley |last2=Bearak |first2=Max |date=18 Desember 2020 |title=South Africa coronavirus: Second wave fueled by new strain, teen 'rage festivals' |work=[[The Washington Post]] |access-date=20 Desember 2020 |language=en}}</ref><ref>{{cite press release |last=Mkhize |first=Dr Zwelini |date=18 December 2020 |title=Update on Covid-19 (18th December 2020) |location=South Africa |agency=COVID-19 South African Online Portal |url=https://sacoronavirus.co.za/2020/12/18/update-on-covid-19-18th-december-2020/ |access-date=23 Desember 2020 |quote=Our clinicians have also warned us that things have changed and that younger, previously healthy people are now becoming very sick.}}</ref> Departemen Kesehatan Afrika Selatan juga mengindikasikan bahwa varian tersebut mungkin mendorong gelombang kedua [[Pandemi Covid-19 di Afrika Selatan|pandemi Covid-19]] di negara tersebut karena varian tersebut menyebar lebih cepat daripada varian virus sebelumnya lainnya.<ref name="b1351nytimes" /><ref name="b1351washingtonpost" />

=== Gamma (garis keturunan P.1) ===
{{utama|Varian Gamma SARS-CoV-2}}

=== Delta (garis Keturunan B.1.617.2) ===
{{utama|Varian Delta SARS-CoV-2}}
'''Varian Delta SARS-CoV-2''', juga dikenal sebagai '''B.1.617.2''',{{efn|Nama lainnya meliputi:<br />– '''G/452R.V3'''<ref>{{cite web |title=COVID-19 Weekly Epidemiological Update (2 May 2021) |url=https://reliefweb.int/sites/reliefweb.int/files/resources/20210504_Weekly_Epi_Update_38.pdf |website=reliefweb.int |publisher=Organisasi Kesehatan Dunia |access-date=6 May 2021 |language=en}}</ref><br />– '''varian India'''}} adalah sebuah [[Varian SARS-CoV-2|varian]] [[SARS-CoV-2]] [[garis keturunan SARS-CoV-2 B.1.617|bergaris keturunan B.1.617]], [[virus]] yang menyebabkan [[Covid-19]].<ref name="gov.uk">{{cite news|url=https://www.gov.uk/government/news/confirmed-cases-of-covid-19-variants-identified-in-uk |title=Confirmed cases of COVID-19 variants identified in UK |website=www.gov.uk |date=15 April 2021 |access-date=2021-04-20 |language=en}} {{OGL-attribution|version=3.0}}</ref> Varian tersebut dinamai varian Delta oleh WHO melalui sistem penamaan baru yang diperkenalkan pada 31 Mei 2021.<ref name="BBC.May.31.2021">{{cite news |title=Covid: WHO renames UK and other variants with Greek letters |url=https://www.bbc.com/news/world-57308592 |date=2021-05-31 |website=BBC News |access-date=2021-06-08 |language=en}}</ref> Varian tersebut pertama kali terdeteksi di India pada akhir 2020.<ref name="GISAID">{{cite web |url=https://www.gisaid.org/hcov19-variants/ |title=Tracking of Variants |author=<!--Not stated--> |date=26 April 2021 |website=gisaid.org |publisher=[[GISAID]] |access-date=30 May 2021 |language=en}}</ref><ref name="SMC1">{{cite web |title=Expert reaction to cases of variant B.1.617 (the 'Indian variant') being investigated in the UK |url=https://www.sciencemediacentre.org/expert-reaction-to-cases-of-variant-b-1-617-the-indian-variant-being-investigated-in-the-uk/ |website=Science Media Centre |access-date=20 April 2021 |language=en}}</ref>

Varian ini bertanggung jawab terhadap sebagian peningkatan kasus pada [[Pandemi Covid-19 di India|gelombang kedua pandemi di India]] yang dimulai sejak Februari 2021.<ref name=":0">[https://www.cnbc.com/2021/05/11/india-covid-explainer-what-we-know-about-the-bpoint1point617-variant.html WHO labels a Covid strain in India as a ‘variant of concern’ — here’s what we know], CNBC, 11 May 2021.</ref><ref name=":1">[https://www.bbc.co.uk/news/world-asia-india-57067190 WHO says India Covid variant of 'global concern'], BBC News, 11 May 2021.</ref><ref>[https://science.thewire.in/health/covid-19-the-second-wave-may-not-be-the-last-but-which-one-will-be/ India’s second COVID-19 wave], The Wire Science, 22 April 2021.</ref>

== Varian yang diperhatikan (WHO) ==
{{kembangkan bagian|keterangan singkat tiap bagian|date=Oktober 2021}}
Berikut adalah varian yang diperhatikan (''variants of interest''/VOI) yang saat ini dinyatakan oleh [[Organisasi Kesehatan Dunia]] (WHO).<ref name="who-variants" />

=== Lambda (garis keturunan C.37) ===
{{utama|Varian Lambda SARS-CoV-2}}

=== Mu (garis keturunan B.1.621) ===
{{utama|Varian Mu SARS-CoV-2}}

== Varian yang diperhatikan sebelumnya ==
{{kembangkan bagian|keterangan singkat tiap bagian|date=Oktober 2021}}

=== Epsilon (garis keturunan B.1.429, B.1.427, CAL.20C) ===
{{utama|Varian Epsilon SARS-CoV-2}}

=== Zeta (garis keturunan P.2) ===
{{utama|Varian Zeta SARS-CoV-2}}

=== Eta (garis keturunan B.1.525) ===
{{utama|Varian Eta SARS-CoV-2}}

=== Theta (garis keturunan P.3) ===
{{utama|Varian Theta SARS-CoV-2}}

=== Iota (garis keturunan B.1.526) ===
{{utama|Varian Iota SARS-CoV-2}}

=== Kappa (garis keturunan B.1.617.1) ===
{{utama|Varian Kappa SARS-CoV-2}}

== Varian dalam pengawasan (WHO) ==
Varian dalam pengawasan (''variants under monitoring''/VUM) adalah varian yang memiliki perubahan genetik yang diduga memengaruhi karakteristik virus dan tanda-tanda risiko pada masa depan, tetapi tanpa bukti fenotipe dan epidemiologi yang cukup, sehingga membutuhkan pengawasan yang lebih dan penilaian berulang setelah penemuan bukti baru.<ref name="who-variants" />
{| class="wikitable"
|-
|+ Per 24 Oktober 2021<ref name="who-variants" />
!Garis keturunan Pango!!Klad GISAID!!Klad Nextstrain!!Sampel paling awal!!Tanggal penamaan!!Catatan
|-
| {{anchor|R.1}}R.1 || GR || || 01-2021 || 07-04-2021 ||
|-
| {{anchor|B.1.466.2}}B.1.466.2 || GH || || 11-2020 || 28-04-2021 || Pertama kali ditemukan di [[Indonesia]].
|-
| {{anchor|B.1.1.318}}B.1.1.318 || GR || || 01-2021 || 02-06-2021 ||
|-
| {{anchor|B.1.1.519}}B.1.1.519 || GR || 20B/S.732A || 11-2020 || 02-06-2021 ||
|-
| {{anchor|C.36.3}}C.36.3 || GR || || 01-2021 || 16-06-2021 ||
|-
| {{anchor|B.1.214.2}}B.1.214.2 || G || || 11-2020 || 30-06-2021 ||
|-
| {{anchor|B.1.427}}B.1.427<br>{{anchor|B.1.429}}B.1.429 || GH/452R.V1 || 21C || 03-2020 || 06-07-2021 || Varian Epsilon. Pertama kali ditemukan di [[Amerika Serikat]].
|-
| {{anchor|B.1.1.523}}B.1.1.523 || GR || || 05-2020 || 14-07-2021 ||
|-
| {{anchor|B.1.619}}B.1.619 || G || || 05-2020 || 14-07-2021 ||
|-
| {{anchor|B.1.620}}B.1.620 || G || 20A/S.126A || 11-2020 || 14-07-2021 ||
|-
| {{anchor|C.1.2}}C.1.2 || GR || || 05-2021 || 01-09-2021 || Pertama kali ditemukan di [[Afrika Selatan]].
|-
| {{anchor|B.1.617.1}}B.1.617.1 || G/452R.V3 || 21B || 10-2020 || 20-09-2021 || Varian Kappa. Pertama kali ditemukan di [[India]].
|-
| {{anchor|B.1.526}}B.1.526 || GH/253G.V1 || 21F || 11-2020 || 20-09-2021 || Varian Iota. Pertama kali ditemukan di [[Amerika Serikat]].
|-
| {{anchor|B.1.525}}B.1.525 || G/484K.V3 || 21D || 12-2020 || 20-09-2021 || Varian Eta.
|-
| {{anchor|B.1.630}}B.1.630 || GH || || 03-2021 || 12-10-2021 || Pertama kali ditemukan di [[Republik Dominika]].
|}


== Mutasi penting ==
== Mutasi penting ==
Baris 46: Baris 308:
=== E484K ===
=== E484K ===
{{utama|E484K}}
{{utama|E484K}}
Mutasi [[E484K]] berarti perubahan dari [[asam glutamat]] (E) menjadi [[lisina]] (K) pada posisi [[asam amino]] 484.<ref>{{cite web |url=https://www.news-medical.net/health/What-Mutations-of-SARS-CoV-2-are-Causing-Concern.aspx |last=Greenwood |first=Michael |date=15 Januari 2021 |title="What Mutations of SARS-CoV-2 are Causing Concern?" |website=News Medical Lifesciences |access-date=16 Januari 2021}}</ref> Mutasi ini dilaporkan termasuk mutasi kabur, yaitu mutasi yang memudahkan virus untuk kabur dari [[Sistem imun|sistem kekebalan tubuh]] inangnya,<ref>{{cite web |url=https://i-base.info/escape-mutation/ |title=escape mutation |date=11 Oktober 2012 |publisher=[[HIV i-Base]] |access-date=19 Februari 2021}}</ref><ref>{{cite journal |last=Wise |first=Jacqui |date=5 Februari 2021 |title=Covid-19: The E484K mutation and the risks it poses |journal=[[The BMJ]] |volume=372 |page=n359 |issn=1756-1833 |s2cid=231821685 |doi=10.1136/bmj.n359 |doi-access=free |url=https://www.bmj.com/content/372/bmj.n359}}</ref> dari setidaknya satu bentuk [[antibodi monoklonal]] terhadap SARS-CoV-2.<ref name="NIIDJan2021">{{cite press release |author=<!--(tidak ada)--> |date=12 Januari 2021 |title=Brief report: New Variant Strain of SARS-CoV-2 Identified in Travelers from Brazil |location=Jepang |publisher=NIID (National Institute of Infectious Diseases) |url=https://www.niid.go.jp/niid/images/epi/corona/covid19-33-en-210112.pdf |access-date=14 Januari 2021}}</ref> Mutasi E484K ada dalam varian garis keturunan P.1 ([[Jepang]] dan [[Manaus]]),<ref name="virological2021">{{cite web |url=https://virological.org/t/genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-manaus-preliminary-findings/586 |title=Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings |date=12 Januari 2021 |website=Virological |language=en |access-date=23 Januari 2021}}</ref> garis keturunan P.2 ([[Brazil]], juga dikenal dengan B.1.1.248),<ref>{{cite journal |last1=Voloch |first1=Carolina M. |last2=F |first2=Ronaldo da Silva |last3=Almeida |first3=Luiz G. P. de |last4=Cardoso |first4=Cynthia C. |last5=Brustolini |first5=Otavio J. |last6=Gerber |first6=Alexandra L. |last7=Guimarães |first7=Ana Paula de C. |last8=Mariani |first8=Diana |last9=Costa |first9=Raissa Mirella da |last10=Ferreira |first10=Orlando C. |last11=Workgroup |first11=Covid19-UFRJ |date=26 Desember 2020 |title=Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2 lineage from Rio de Janeiro, Brazil |journal=Le Phare de l'Esperanto |via=MedRxiv |language=en |issn=2024-8598 |s2cid=229379623 |doi=10.1101/2020.12.23.20248598 |url=https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.23.20248598v1}}</ref> dan varian 501.V2 ([[Afrika Selatan]]).<ref name="NIIDJan2021" /> Mutasi ini telah masuk ke Indonesia sejak bulan Februari 2021.<ref>{{cite news |last=Alam |first=Sarah Oktaviani |date=6 April 2021 |title=Mutasi 'Eek' Masuk Indonesia, Ini Dampaknya pada Efikasi Vaksin COVID-19 |work=[[detik.com|detikHealth]] |url=https://health.detik.com/berita-detikhealth/d-5522143/mutasi-eek-masuk-indonesia-ini-dampaknya-pada-efikasi-vaksin-covid-19 |access-date=8 April 2021}}</ref><ref>{{cite news |last=Arbi |first=Ivany Atina |date=6 April 2021 |title=Kasus Mutasi Virus Corona E484K 'Eek' Ditemukan di Jakarta, Apa Itu? |work=[[Kompas.com]] |url=https://megapolitan.kompas.com/read/2021/04/06/14395311/kasus-mutasi-virus-corona-e484k-eek-ditemukan-di-jakarta-apa-itu?page=all |access-date=8 April 2021}}</ref>
Mutasi [[E484K]] berarti perubahan dari [[asam glutamat]] (E) menjadi [[lisina]] (K) pada posisi [[asam amino]] 484.<ref>{{cite web |url=https://www.news-medical.net/health/What-Mutations-of-SARS-CoV-2-are-Causing-Concern.aspx |last=Greenwood |first=Michael |date=15 Januari 2021 |title="What Mutations of SARS-CoV-2 are Causing Concern?" |website=News Medical Lifesciences |access-date=16 Januari 2021 |language=en}}</ref> Mutasi ini dilaporkan termasuk mutasi kabur, yaitu mutasi yang memudahkan virus untuk kabur dari [[Sistem imun|sistem kekebalan tubuh]] inangnya,<ref>{{cite web |url=https://i-base.info/escape-mutation/ |title=escape mutation |date=11 Oktober 2012 |publisher=[[HIV i-Base]] |access-date=19 Februari 2021 |language=en}}</ref><ref>{{cite journal |last=Wise |first=Jacqui |date=5 Februari 2021 |title=Covid-19: The E484K mutation and the risks it poses |journal=[[The BMJ]] |volume=372 |page=n359 |issn=1756-1833 |s2cid=231821685 |doi=10.1136/bmj.n359 |doi-access=free |url=https://www.bmj.com/content/372/bmj.n359}}</ref> dari setidaknya satu bentuk [[antibodi monoklonal]] terhadap SARS-CoV-2.<ref name="NIIDJan2021">{{cite press release |author=<!--(tidak ada)--> |date=12 Januari 2021 |title=Brief report: New Variant Strain of SARS-CoV-2 Identified in Travelers from Brazil |location=Jepang |publisher=NIID (National Institute of Infectious Diseases) |url=https://www.niid.go.jp/niid/images/epi/corona/covid19-33-en-210112.pdf |access-date=14 Januari 2021}}</ref> Mutasi E484K ada dalam varian garis keturunan P.1 ([[Jepang]] dan [[Manaus]]),<ref name="virological2021">{{cite web |url=https://virological.org/t/genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-manaus-preliminary-findings/586 |title=Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings |date=12 Januari 2021 |website=Virological |language=en |access-date=23 Januari 2021}}</ref> garis keturunan P.2 ([[Brazil]], juga dikenal dengan B.1.1.248),<ref>{{cite journal |last1=Voloch |first1=Carolina M. |last2=F |first2=Ronaldo da Silva |last3=Almeida |first3=Luiz G. P. de |last4=Cardoso |first4=Cynthia C. |last5=Brustolini |first5=Otavio J. |last6=Gerber |first6=Alexandra L. |last7=Guimarães |first7=Ana Paula de C. |last8=Mariani |first8=Diana |last9=Costa |first9=Raissa Mirella da |last10=Ferreira |first10=Orlando C. |last11=Workgroup |first11=Covid19-UFRJ |date=26 Desember 2020 |title=Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2 lineage from Rio de Janeiro, Brazil |journal=Le Phare de l'Esperanto |via=MedRxiv |language=en |issn=2024-8598 |s2cid=229379623 |doi=10.1101/2020.12.23.20248598 |url=https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.23.20248598v1}}</ref> dan varian 501.V2 ([[Afrika Selatan]]).<ref name="NIIDJan2021" /> Mutasi ini telah masuk ke Indonesia sejak bulan Februari 2021.<ref>{{cite news |last=Alam |first=Sarah Oktaviani |date=6 April 2021 |title=Mutasi 'Eek' Masuk Indonesia, Ini Dampaknya pada Efikasi Vaksin COVID-19 |work=[[detik.com|detikHealth]] |url=https://health.detik.com/berita-detikhealth/d-5522143/mutasi-eek-masuk-indonesia-ini-dampaknya-pada-efikasi-vaksin-covid-19 |access-date=8 April 2021}}</ref><ref>{{cite news |last=Arbi |first=Ivany Atina |date=6 April 2021 |title=Kasus Mutasi Virus Corona E484K 'Eek' Ditemukan di Jakarta, Apa Itu? |work=[[Kompas.com]] |url=https://megapolitan.kompas.com/read/2021/04/06/14395311/kasus-mutasi-virus-corona-e484k-eek-ditemukan-di-jakarta-apa-itu?page=all |access-date=8 April 2021}}</ref>


=== N501Y ===
=== N501Y ===
Mutasi N501Y berarti perubahan dari [[asparagina]] (N) menjadi [[tirosina]] (Y) pada posisi [[asam amino]] 501.<ref>{{cite report |title=COG-UK update on SARS-CoV-2 Spike mutations of special interest: Report 1 |date=20 December 2020 |publisher=COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) |page=7 |url=https://www.cogconsortium.uk/wp-content/uploads/2020/12/Report-1_COG-UK_20-December-2020_SARS-CoV-2-Mutations_final_updated2.pdf |access-date=31 Desember 2020 |archive-url=https://web.archive.org/web/20201225050316/https://www.cogconsortium.uk/wp-content/uploads/2020/12/Report-1_COG-UK_20-December-2020_SARS-CoV-2-Mutations_final_updated2.pdf |archive-date=25 Desember 2020 |url-status=dead}}</ref> Mutasi ini diyakini dapat meningkatkan kemampuan virus untuk mengikat sel manusia.<ref name="Chand2020">{{cite report|last1=Chand|first7=Erik|url=https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/947048/Technical_Briefing_VOC_SH_NJL2_SH2.pdf|publisher=[[Public Health England]]|title=Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01|date=21 Desember 2020|first10=Jeff|last10=Barrett|first9=Andrew|last9=Rambaut|first8=Nick|last8=Loman|last7=Volz|first1=Meera|first6=Neil|last6=Ferguson|first5=Wendy|last5=Barclay|first4=Christina|last4=Achison|first3=Gavin|last3=Dabrera|first2=Susan|last2=Hopkins|access-date=23 Desember 2020}}</ref> Mutasi N501Y ada dalam varian P.1 ([[Jepang]] dan [[Brazil]]),<ref name="NIIDJan2021" /><ref name="virological2021" /> Variant of Concern 202012/01 ([[Britania Raya]]), 501.V2 ([[Afrika Selatan]]), dan COH.20G/501Y ([[Columbus, Ohio]]).
Mutasi N501Y berarti perubahan dari [[asparagina]] (N) menjadi [[tirosina]] (Y) pada posisi [[asam amino]] 501.<ref>{{cite report |title=COG-UK update on SARS-CoV-2 Spike mutations of special interest: Report 1 |date=20 December 2020 |publisher=COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) |page=7 |url=https://www.cogconsortium.uk/wp-content/uploads/2020/12/Report-1_COG-UK_20-December-2020_SARS-CoV-2-Mutations_final_updated2.pdf |access-date=31 Desember 2020 |archive-url=https://web.archive.org/web/20201225050316/https://www.cogconsortium.uk/wp-content/uploads/2020/12/Report-1_COG-UK_20-December-2020_SARS-CoV-2-Mutations_final_updated2.pdf |archive-date=25 Desember 2020 |url-status=dead}}</ref> Mutasi ini diyakini dapat meningkatkan kemampuan virus untuk mengikat sel manusia.<ref name="Chand2020" /> Mutasi N501Y ada dalam varian P.1 ([[Jepang]] dan [[Brazil]]),<ref name="NIIDJan2021" /><ref name="virological2021" /> Variant of Concern 202012/01 ([[Britania Raya]]), 501.V2 ([[Afrika Selatan]]), dan COH.20G/501Y ([[Columbus, Ohio]]).

== Penyebaran lintas spesies ==
=== Cluster 5 ===
{{utama|Cluster 5}}
[[Cluster 5]], juga disebut sebagai ΔFVI-spike oleh [[State Serum Institute]] (SSI) Denmark, ditemukan di [[Jutlandia]] Utara, [[Denmark]], dan diyakini telah menyebar dari [[mink]] ke manusia melalui [[peternakan bulu]]. Pada 4 November 2020, diumumkan bahwa populasi cerpelai di Denmark akan dimusnahkan untuk mencegah kemungkinan penyebaran mutasi ini dan mengurangi risiko terjadinya mutasi baru. Karantina wilayah dan pembatasan perjalanan diberlakukan di tujuh kota di Jutlandia Utara untuk mencegah penyebaran mutasi yang dapat membahayakan tanggapan [[Pandemi Covid-19 di Denmark|nasional]] atau internasional terhadap [[pandemi Covid-19]].<ref>{{cite web |url=https://www.sum.dk/Aktuelt/Nyheder/Coronavirus/2020/November/De-fleste-restriktioner-lempes-i-Nordjylland.aspx |title=De fleste restriktioner læmpes i Nordjylland |date=19 November 2020 |publisher=Sundheds- og Ældreministeriet |trans-title=Kebanyakan Pembatasan Sosial di Jutlandia Utara Dilonggarkan |language=en}}</ref>

== Lihat pula ==
{{portal|Penyakit koronavirus 2019|Kedokteran|Virus}}
* [[RaTG13]], kerabat terdekat kedua dari SARS-CoV-2
* [[Pencegahan pandemi#Deteksi dan prediksi patogen]]


== Catatan ==
== Catatan ==
Baris 55: Baris 327:


== Referensi ==
== Referensi ==
{{reflist}}
{{reflist|refs=
<ref name="who-variants">{{cite web |url=https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ |title=Tracking SARS-CoV-2 variants |website=who.int |publisher=Organisasi Kesehatan Dunia |access-date=22 Juni 2021 |language=en}} Diperbarui berkala.</ref>
<ref name="cdc-variants">{{cite web |url=https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-info.html |title=SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions |date=11 Februari 2020 |website=CDC.gov |publisher=Centers for Disease Control and Prevention |access-date=18 Juni 2021 |language=en}} Diperbarui berkala.</ref>
<ref name="phe-voc">{{cite web |url=https://www.gov.uk/government/publications/covid-19-variants-genomically-confirmed-case-numbers/variants-distribution-of-cases-data |title=Variants: distribution of cases data |website=Public Health England |publisher=Government Digital Service |access-date=16 Februari 2021 |language=en}} Diperbarui berkala. Data hingga 19 Mei 2021 dimasukkan ke dalam pembaruan 2 Juli 2021.</ref>
<ref name="aci-variants">{{cite web |url=https://aci.health.nsw.gov.au/covid-19/critical-intelligence-unit/sars-cov-2-variants |title=Living Evidence – SARS-CoV-2 variants |date=23 Juli 2021 |website=nsw.gov.au |publisher=Kementerian Kesehatan (New South Wales) |department=Agency for Clinical Innovation |access-date=22 Maret 2021 |language=en}} Diperbarui berkala.</ref>
<ref name="ecdc-variants">{{cite web |url=https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern |title=SARS-CoV-2 variants of concern |website=ECDC.eu |publisher=European Centre for Disease Prevention and Control |access-date=12 Mei 2021 |language=en}} Diperbarui berkala</ref>
<ref name="who-update-latest-impacts">{{cite techreport |title=Weekly epidemiological update on COVID-19 - 20 July 2021 |date=20 Juli 2021 |type=Situation report |institution=Organisasi Kesehatan Dunia |url=https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update-on-covid-19---20-july-2021 |access-date=24 Juli 2021 |language=en}}</ref>
<ref name="who-update-22june">{{cite techreport |title=Weekly epidemiological update on COVID-19 - 22 June 2021 |date=22 Juni 2021 |type=Situation report |institution=Organisasi Kesehatan Dunia |url=https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update-on-covid-19---22-june-2021 |access-date=26 Juni 2021 |language=en}}</ref>
}}

== Bacaan lebih lanjut ==
{{refbegin}}
* {{cite journal |vauthors=Krause PR, Fleming TR, Longini IM, Peto R, Briand S, Heymann DL, Beral V, Snape MD, Rees H, Ropero AM, Balicer RD, Cramer JP, Muñoz-Fontela C, Gruber M, Gaspar R, Singh JA, Subbarao K, Van Kerkhove MD, Swaminathan S, Ryan MJ, Henao-Restrepo AM |display-authors=6 |date=Juli 2021 |title=SARS-CoV-2 Variants and Vaccines |journal=The New England Journal of Medicine |volume=385 |issue=2 |pp=179–186 |doi=10.1056/NEJMsr2105280 |doi-access=free |title-link=doi}}
* {{cite news |authors=Corum, J. dan Zimmer, C. |date=18 Januari 2021 |title=Inside the B.1.1.7 Coronavirus Variant |work=The New York Times |url=https://www.nytimes.com/interactive/2021/health/coronavirus-mutations-B117-variant.html |access-date=1 Februari 2021 |language=en}}
{{refend}}


== Pranala luar ==
== Pranala luar ==
{{scholia}}
{{scholia}}
{{wiktionary|Covid-19}}
* [https://covariants.org/ CoVariants]
* {{en}} [https://covariants.org/ CoVariants]
* {{en}} [https://www.nytimes.com/interactive/2021/health/coronavirus-variant-tracker.html Varian dan Mutasi Koronavirus] (web interaktif dari New York Times)
* {{en}} [https://cov-lineages.org/ Cov-Lineages]
* {{en}} [https://www.nytimes.com/interactive/2021/health/coronavirus-mutations-B117-variant.html Di Dalam Varian Koronavirus B.1.1.7] (web interaktif dari New York Times)
* {{en}} [https://www.gisaid.org/hcov19-variants/ GISAID - hCov19 Variants]


{{COVID-19}}
{{Covid-19}}


[[Kategori:Pandemi Covid-19]]
[[Kategori:Pandemi Covid-19]]

Revisi per 24 Oktober 2021 00.00

Bagian dari seri artikel mengenai
Pandemi Covid-19
Permodelan atomik akurat yang menggambarkan struktur luar virus SARS-CoV-2. Tiap "bola" yang tergambarkan di sini adalah sebuah atom.
Permodelan atomik akurat yang menggambarkan struktur luar virus SARS-CoV-2. Tiap "bola" yang tergambarkan di sini adalah sebuah atom.
Kronologi
2019

2020

2021

Lokasi
  • Menurut benua
  • Menurut kendaraan
Respons internasional
Respons medis
Varian
Dampak
  • Sosioekonomi
  • Menurut industri
 Portal COVID-19

Koronavirus sindrom pernapasan akut berat 2 (SARS-CoV-2), virus penyebab penyakit koronavirus 2019 (Covid-19), memiliki banyak varian; beberapa di antaranya diyakini cukup penting. Artikel ini membahas varian-varian penting dari SARS-CoV-2 dan beberapa mutasi penting yang ditemukan di sebagian atau seluruh varian-varian ini.

Gambaran umum

Kemunculan SARS-CoV-2 bisa saja berasal dari peristiwa rekombinasi genetika antara koronavirus-mirip-SARS pada kelelawar dan tenggiling melalui transmisi lintas spesies.[1] Mutasi memainkan peranan yang penting pada evolusi dan kemunculan varian SARS-CoV-2 baru.[2]

Varian SARS-CoV-2 yang diwaspadai mampu bermutasi sehingga mereka dapat terus menyebar terhadap peningkatan kekebalan kelompok sembari menjaga laju replikasi.[3]

Tabel berikut menampilkan informasi dan tingkat risiko relatif[4] untuk varian yang diwaspadai (VOC).[a] Interval yang ditampilkan menganggap tingkat kepercayaan 95%, kecuali dinyatakan lain. Saat ini, semua taksiran adalah pendekatan karena keterbatasan data untuk penelitian. Untuk Alpha, Beta, Gamma, dan Delta, tidak ada perubahan dalam akurasi tes[8][13].

Identitas[13] Kemunculan Perubahan terhadap varian yang sebelumnya ada pada waktu dan tempat kemunculan Kegiatan antibodi penetral (atau efikasi bila ada)
Label WHO Garis keturunan Pangolin Varian PHE[A] Klad Nextstrain KLB pertama Sampel paling awal[14] VOC yang ditunjuk Mutasi terkenal Penularan Butuh rawat inap Mortalitas Dari infeksi alami[B] Dari vaksinasi
Alpha B.1.1.7 VOC‑20DEC‑01 20I (V1) Britania Raya 02020-09-2020 Sep 2020[15] 02020-12-1818 Des 2020[16] 69–70hapus, N501Y, P681H[17][18] +29% (24–33%)[19][C] +52% (47–57%)[D][C] +59% (44–74%)[D][C]
Tingkat fatalitas kasus 0,06% untuk kelompok usia < 50, 4,8% untuk kelompok usia > 50[21] 		Pengurangan minimal[6] Pengurangan minimal[6]
B.1.1.7 dengan E484K[E][7] VOC‑21FEB‑02 02021-01-2626 Jan 2021[22] 02021-02-055 Feb 2021[23] E484K, 69–70hapus, N501Y, P681H[17][24] Sangat berkurang[25] Sangat berkurang[25]
Beta B.1.351 VOC‑20DEC‑02 20H (V2) Afrika Selatan 02020-05-01Mei 2020 02021-01-1414 Jan 2021[26] K417N, E484K, N501Y[17] +25% (20–30%)[19] Dalam investigasi Kemungkinan meningkat[8][13] Berkurang, tetapi respons sel T akibat D614G tetap efektif[6][13] Efikasi: berkurang terhadap penyakit bergejala,[F] tetap terhadap gejala berat[13]
Gamma P.1 VOC‑21JAN‑02 20J (V3) Brasil 02020-11-01Nov 2020 02021-01-1515 Jan 2021[27][28] K417T, E484K, N501Y[17] +38% (29–48%)[19] Kemungkinan meningkat[13] +50% (CrI 50%, 20–90%)[G][I] Berkurang[6] Tetap untuk sebagian[J]
Delta B.1.617.2 VOC‑21APR‑02 21A India 02020-10-01Okt 2020 02021-05-066 Mei 2021[31] L452R, T478K, P681R[32] +97% (76–117%)[19] +85% (39–147%) relatif terhadap Alpha[L] +137% (50–230%)[K]
Tingkat fatalitas kasus 0,04% untuk kelompok usia < 50 yang belum divaksinasi, 6,5% untuk kelompok usia > 50 yang belum divaksinasi[21] 		Terjadi infeksi ulang dengan laju kemunculan yang lebih kecil daripada infeksi kepada yang divaksinasi[M][35][36] Pengurangan efikasi untuk gejala tak berat[13][36][N]

Legenda:   Risiko sangat tinggi   Risiko tinggi   Risiko menengah   Risiko rendah   Risiko tak diketahui

Catatan kaki

  1. ^ Format nama diperbarui pada Maret 2021 yang mengubah tahun dari empat angka ke dua angka dan bulan dari dua angka ke tiga huruf, misal VOC-202101-02 menjadi VOC-21JAN-02.[7]
  2. ^ Efikasi infeksi alami terhadap infeksi ulang bila ada
  3. ^ a b c B.1.1.7 dengan E484K dianggap hanya berbeda dari B.1.1.7 dalam aktivitas antibodi penetral.[9]
  4. ^ a b 23 November 2020–31 Januari 2021, Inggris.[20]
  5. ^ B.1.1.7 dengan E484K belum menerima label WHO dan didaftarkan di sini dengan label yang sama dengan induk keturunannya, B.1.1.7.
  6. ^ Oxford-AstraZeneca, NovaVax.
  7. ^ Selang kepercayaan (confidence interval) dan selang kepercayaan Bayes (credible interval) yang dilaporkan memiliki probabilitas yang rendah sehingga nilai estimasi hanya dapat dipahami sebagai mungkin dan bukan sering ataupun pasti.
  8. ^ a b Perbedaan bisa muncul akibat perbedaan kebijakan dan intervensi yang diadopsi dalam tiap wilayah yang diteliti pada waktu yang berbeda, kapasitas sistem kesehatan setempat, atau perbedaan varian yang menyebar pada waktu dan di tempat penelitian.
  9. ^ Maret 2020 s.d. Februari 2021, Manaus.[29] Hasil pendahuluan dari sebuah penelitian di bagian selatan Brasil menemukan bahwa garis keturunan P.1 meningkatkan mortalitas terlebih pada orang muda yang sehat. Dalam kelompok tanpa penyakit bawaan sebelumnya, varian ini ditemukan dapat meningkatkan mortalitas sampai 490% (220–985%) untuk laki-laki kelompok usia 20–39, 465% (190–1003%) untuk perempuan kelompok usia 20–39, dan 670% (401–1083%) untuk perempuan kelompok usia 40–59.[30][H]
  10. ^ Kecuali Pfizer–BioNTech.[8]
  11. ^ a b 7 Februari 2021 s.d. 22 Juni 22, 2021, Ontario.[34]
  12. ^ 1 April 2021 s.d. 6 Juni 2021, Skotlandia.[33] Penelitian pendahuluan lainnya di Ontario menemukan bahwa rawat inap akibat varian Delta meningkat 120% relatif terhadap garis keturunan non-VOC.[K][H]
  13. ^ Penelitian di Israel melacak 46.035 yang sembuh, tetapi belum divaksinasi, dan 46.035 orang yang telah divaksinasi pada sebaran usia yang sama untuk membandingkan kemunculan infeksi pada waktu selanjutnya. Terdapat 640 infeksi pada kelompok tervaksinasi dan 108 infeksi pada kelompok yang sembuh, tetapi belum divaksinasi.
  14. ^ Pengurangan menengah untuk neutralisasi dengan Covaxin.[37]

Penamaan

Penamaan SARS-CoV-2[38]
Garis keturunan Pango[39] Catatan untuk Pangolin[40] Klad Nextstrain,[41] 2021[42] Klad GISAID Varian tercatat
A.1–A.6 19B S Berisi "deret urut acuan" WIV04/2019[43]
B.3–B.7, B.9, B.10, B.13–B.16 19A L
O[b]
B.2 V
B.1 B.1.5–B.1.72 20A G Garis keturunan B.1 dalam sistem penamaan Pangolin, termasuk Delta/B.1.617[32][44]
B.1.9, B.1.13, B.1.22, B.1.26, B.1.37 GH
B.1.3–B.1.66 20C Termasuk Epsilon/B.1.427/B.1.429/CAL.20C]] dan Eta/B.1.525[6][45]
20G Banyak di AS, Feb '21[45]
20H Termasuk Beta/B.1.351 disebut juga garis keturunan 20H/501Y.V2 atau 501.V2
B.1.1 20B GR Termasuk B.1.1.207[butuh rujukan]
20D
20J Termasuk Gamma/P.1 dan Zeta/P.2[butuh rujukan]
20F
20I Termasuk Alpha/B.1.1.7 disebut juga VOC-202012/01, VOC-20DEC-01, atau 20I/501Y.V1
B.1.177 20E (EU1)[42] GV[b] Turunan dari 20A[42]

Varian SARS-CoV-2 dikelompokkan berdasarkan garis keturunan dan mutasi komponennya.[47] Namun, per Juli 2021, belum ada penamaan yang konsisten untuk varian-varian ini.[48] Banyak organisasi, termasuk pemerintah dan surat kabar, merujuknya dengan tempat pertama kali varian itu ditemukan.[49][50]

Setelah membahas berbulan-bulan, Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) menetapkan nama-nama dari huruf Yunani untuk galur penting pada 31 Mei 2021[51] agar tiap varian bisa dirujuk dengan mudah tanpa menimbulkan stigma.[52][53] Keputusan ini juga menimbang kritikan dari negara-negara terhadap penggunaan nama negara untuk merujuk varian; WHO menyinggung potensi munculnya stigma akibat penggunaan nama negara.[54]

Meskipun ada ribuan varian SARS-CoV-2,[55] varian-varian ini bisa dikelompokkan menjadi garis keturunan atau klad. Beberapa penamaan klad berbeda untuk SARS-CoV-2 telah diusulkan.[c]

  • Per Januari 2021, GISAID—mengacu pada SARS-CoV-2 sebagai hCoV-19—mengidentifikasi delapan klad (S, O, L, V, G, GH, GR, dan GV).[56]
  • Per Juni 2021, Nextstrain (Hadfield dkk.) mengidentifikasi tiga belas klad (19A–19B, 20A–20J, dan 21A).[57]
  • Per Agustus 2021, Pangolin (Rambaut dkk.) telah membuat 1.340 garis keturunan.[58][59]
  • Dalam artikel tahun 2020 di International Journal of Infectious Diseases, Guan dkk. mengidentifikasi lima klad global (G614, S84, V251, I378, dan D392).

Tiap badan penelitian dan pengembangan kesehatan juga bisa membuat sistem penamaan sendiri untuk melacak varian tertentu. Misalnya, Badan Kesehatan Masyarakat Inggris menamai tiap varian berdasarkan tahun, bulan, dan nomor dalam format [TT] [BBB]-[NN] dengan awalan "VUI" (variant under investigation) atau "VOC" (variant of concern).[7]

Deret urutan rujukan

Karena pasien nol penyakit ini belum diketahui, pilihan deret urutan acuan bersifat sebarang, antara lain sebagai berikut:

  • Deret urutan pertama, Wuhan-1, diambil pada 24 Desember 2019.[60]
  • Salah satu kelompok (Sudhir Kumar dkk.)[60] merujuk kepada genom acuan NCBI (GenBankID: NC_045512; GISAID ID: EPI_ISL_402125).[61] Sampel ini diambil pada 26 Desember 2019.[62] Meski demikian, mereka juga memakai genom acuan GISAID WIV04 (ID: EPI_ISL_402124)[63] dalam analisis mereka.[64]
  • Menurut sumber lainnya (Zhukova dkk.), deret urutan WIV04/2019 yang termasuk klad S GISAID, garis keturunan A Pangolin, dan klad 19B Nextstrain kemungkinan menggambarkan pengurutanan genom virus asli yang menginfeksi manusia dan dikenal sebagai "urutan nol". Urutan ini dipakai secara luas dan menjadi urutan rujukan, khususnya yang bekerja sama dengan GISAID.[43] Sampel ini diambil pada 30 Desember 2019.[65]

Kriteria pencatatan

Pada umumnya, virus mengalami mutasi sepanjang waktu sehingga muncul varian-varian baru. Ketika varian baru tampak berkembang dalam suatu populasi, ia dapat ditandai sebagai "varian yang sedang muncul". Untuk kasus SARS-CoV-2, garis keturunan baru sering berbeda satu sama lain hanya pada beberapa nukleotida.[66]

Beberapa potensi dampak dari varian yang baru muncul adalah sebagai berikut:[17][67]

  • Peningkatan kemampuan penularan
  • Peningkatan morbiditas
  • Peningkatan mortalitas
  • Kemampuan menghindari deteksi uji diagnostik
  • Penurunan kerentanan terhadap obat antivirus (bila sudah ada)
  • Penurunan kerentanan terhadap antibodi penetral, baik terapeutik (misal plasma konvalesen atau antibodi monoklonal) maupun dalam laboratorium
  • Kemampuan menghindari kekebalan alami (misal infeksi ulang)
  • Kemampuan menyerang orang yang telah divaksinasi
  • Peningkatan risiko keadaan tertentu, seperti gejala peradangan multisistem atau Covid-19 jangka panjang
  • Peningkatan daya tarik untuk demografi atau kelompok klinis tertentu, misal anak-anak atau orang luluh imun

Varian yang tampak memenuhi setidaknya salah satu kriteria di atas dapat ditandai sebagai calon "varian dalam investigasi" atau "varian yang diperhatikan" untuk dipastikan dan disahkan. Ciri utama varian yang diperhatikan adalah peningkatan proporsi klaster baru. Namun, ia juga harus memiliki prevalensi atau perluasan skala nasional yang terbatas; kalau skalanya lebih luas, ia bisa dinaikkan menjadi "varian yang diwaspadai".[7][68]

Varian yang diwaspadai (WHO)

Berikut adalah varian yang diwaspadai (variants of concern/VOC) yang saat ini dinyatakan oleh Organisasi Kesehatan Dunia (WHO).[5]

Alpha (garis keturunan B.1.1.7)

Artikel utama: Varian Alpha SARS-CoV-2

Garis keturunan B.1.1.7,[69] disebut juga 20I/501Y.V1 atau Variant of Concern 202012/01 (VOC-202012/01),[70] sebelumnya dikenal sebagai Variant Under Investigation pertama pada Desember 2020 (VUI-202012/01), pertama kali terdeteksi pada Oktober 2020 selama pandemi Covid-19 di Britania Raya dari sampel yang diambil bulan sebelumnya.[71] Sejak itu, prevalensinya menjadi dua kali lipat setiap 6,5 hari, perkiraan interval generasinya.[72][73] Varian ini berkorelasi dengan peningkatan yang signifikan pada tingkat infeksi Covid-19 di Britania Raya. Peningkatan ini diperkirakan setidaknya sebagian karena mutasi N501Y. Pada tanggal 2 Maret 2021, Indonesia melaporkan kasus pertamanya untuk varian ini.[74][75][76]

Beta (garis keturunan B.1.351)

Artikel utama: Varian Beta SARS-CoV-2

Varian 501.V2, disebut juga 20H/501Y.V2, VOC-202012/02, atau garis keturunan B.1.351,[77] pertama kali terdeteksi di Afrika Selatan dan dilaporkan oleh departemen kesehatan negara itu pada tanggal 18 Desember 2020.[78] Peneliti dan pejabat melaporkan bahwa prevalensi varian tersebut lebih tinggi di antara orang muda tanpa penyebab yang jelas dan, dibandingkan dengan varian lain, varian ini lebih sering mengakibatkan penyakit serius dalam kasus tersebut.[79][80] Departemen Kesehatan Afrika Selatan juga mengindikasikan bahwa varian tersebut mungkin mendorong gelombang kedua pandemi Covid-19 di negara tersebut karena varian tersebut menyebar lebih cepat daripada varian virus sebelumnya lainnya.[78][79]

Gamma (garis keturunan P.1)

Artikel utama: Varian Gamma SARS-CoV-2

Delta (garis Keturunan B.1.617.2)

Artikel utama: Varian Delta SARS-CoV-2

Varian Delta SARS-CoV-2, juga dikenal sebagai B.1.617.2,[d] adalah sebuah varian SARS-CoV-2 bergaris keturunan B.1.617, virus yang menyebabkan Covid-19.[82] Varian tersebut dinamai varian Delta oleh WHO melalui sistem penamaan baru yang diperkenalkan pada 31 Mei 2021.[83] Varian tersebut pertama kali terdeteksi di India pada akhir 2020.[84][85]

Varian ini bertanggung jawab terhadap sebagian peningkatan kasus pada gelombang kedua pandemi di India yang dimulai sejak Februari 2021.[86][87][88]

Varian yang diperhatikan (WHO)

Berikut adalah varian yang diperhatikan (variants of interest/VOI) yang saat ini dinyatakan oleh Organisasi Kesehatan Dunia (WHO).[5]

Lambda (garis keturunan C.37)

Artikel utama: Varian Lambda SARS-CoV-2

Mu (garis keturunan B.1.621)

Artikel utama: Varian Mu SARS-CoV-2

Varian yang diperhatikan sebelumnya


Epsilon (garis keturunan B.1.429, B.1.427, CAL.20C)

Artikel utama: Varian Epsilon SARS-CoV-2

Zeta (garis keturunan P.2)

Artikel utama: Varian Zeta SARS-CoV-2

Eta (garis keturunan B.1.525)

Artikel utama: Varian Eta SARS-CoV-2

Theta (garis keturunan P.3)

Artikel utama: Varian Theta SARS-CoV-2

Iota (garis keturunan B.1.526)

Artikel utama: Varian Iota SARS-CoV-2

Kappa (garis keturunan B.1.617.1)

Artikel utama: Varian Kappa SARS-CoV-2

Varian dalam pengawasan (WHO)

Varian dalam pengawasan (variants under monitoring/VUM) adalah varian yang memiliki perubahan genetik yang diduga memengaruhi karakteristik virus dan tanda-tanda risiko pada masa depan, tetapi tanpa bukti fenotipe dan epidemiologi yang cukup, sehingga membutuhkan pengawasan yang lebih dan penilaian berulang setelah penemuan bukti baru.[5]

Per 24 Oktober 2021[5]
Garis keturunan Pango Klad GISAID Klad Nextstrain Sampel paling awal Tanggal penamaan Catatan
R.1 GR 01-2021 07-04-2021
B.1.466.2 GH 11-2020 28-04-2021 Pertama kali ditemukan di Indonesia.
B.1.1.318 GR 01-2021 02-06-2021
B.1.1.519 GR 20B/S.732A 11-2020 02-06-2021
C.36.3 GR 01-2021 16-06-2021
B.1.214.2 G 11-2020 30-06-2021
B.1.427
B.1.429		 GH/452R.V1 21C 03-2020 06-07-2021 Varian Epsilon. Pertama kali ditemukan di Amerika Serikat.
B.1.1.523 GR 05-2020 14-07-2021
B.1.619 G 05-2020 14-07-2021
B.1.620 G 20A/S.126A 11-2020 14-07-2021
C.1.2 GR 05-2021 01-09-2021 Pertama kali ditemukan di Afrika Selatan.
B.1.617.1 G/452R.V3 21B 10-2020 20-09-2021 Varian Kappa. Pertama kali ditemukan di India.
B.1.526 GH/253G.V1 21F 11-2020 20-09-2021 Varian Iota. Pertama kali ditemukan di Amerika Serikat.
B.1.525 G/484K.V3 21D 12-2020 20-09-2021 Varian Eta.
B.1.630 GH 03-2021 12-10-2021 Pertama kali ditemukan di Republik Dominika.

Mutasi penting


N439K

Artikel utama: N439K

Mutasi N439K berarti perubahan dari asparagina (N) menjadi lisina (K) pada posisi asam amino 439.[89][90] Mutasi ini diyakini pertama kali ditemukan pada musim semi tahun 2020 di Skotlandia.[91] Mutasi ini menghilang selama pembatasan sosial di negara tersebut. Namun, mutasi ini ditemukan pula di Rumania, Norwegia, Swiss, Irlandia, Belgia, Jerman, dan Britania Raya.[92] Mutasi ini telah masuk ke Indonesia sejak bulan November 2020.[93][94]

E484K

Artikel utama: E484K

Mutasi E484K berarti perubahan dari asam glutamat (E) menjadi lisina (K) pada posisi asam amino 484.[95] Mutasi ini dilaporkan termasuk mutasi kabur, yaitu mutasi yang memudahkan virus untuk kabur dari sistem kekebalan tubuh inangnya,[96][97] dari setidaknya satu bentuk antibodi monoklonal terhadap SARS-CoV-2.[98] Mutasi E484K ada dalam varian garis keturunan P.1 (Jepang dan Manaus),[99] garis keturunan P.2 (Brazil, juga dikenal dengan B.1.1.248),[100] dan varian 501.V2 (Afrika Selatan).[98] Mutasi ini telah masuk ke Indonesia sejak bulan Februari 2021.[101][102]

N501Y

Mutasi N501Y berarti perubahan dari asparagina (N) menjadi tirosina (Y) pada posisi asam amino 501.[103] Mutasi ini diyakini dapat meningkatkan kemampuan virus untuk mengikat sel manusia.[70] Mutasi N501Y ada dalam varian P.1 (Jepang dan Brazil),[98][99] Variant of Concern 202012/01 (Britania Raya), 501.V2 (Afrika Selatan), dan COH.20G/501Y (Columbus, Ohio).

Penyebaran lintas spesies

Cluster 5

Artikel utama: Cluster 5

Cluster 5, juga disebut sebagai ΔFVI-spike oleh State Serum Institute (SSI) Denmark, ditemukan di Jutlandia Utara, Denmark, dan diyakini telah menyebar dari mink ke manusia melalui peternakan bulu. Pada 4 November 2020, diumumkan bahwa populasi cerpelai di Denmark akan dimusnahkan untuk mencegah kemungkinan penyebaran mutasi ini dan mengurangi risiko terjadinya mutasi baru. Karantina wilayah dan pembatasan perjalanan diberlakukan di tujuh kota di Jutlandia Utara untuk mencegah penyebaran mutasi yang dapat membahayakan tanggapan nasional atau internasional terhadap pandemi Covid-19.[104]

Lihat pula

Catatan

  1. ^ Tabel ini disusun berdasarkan berbagai pelacak[5][6][7][8][9] dan laporan periodik.[10][11][12]
  2. ^ a b Dalam sumber lain, GISAID memberi nama himpunan 7 klad tanpa klad O, tetapi dengan klad GV.[46]
  3. ^ Menurut WHO, "Garis keturunan atau klad dapat didefinisikan berdasarkan virus yang memiliki leluhur yang sama secara filogenetik."[48]
  4. ^ Nama lainnya meliputi:
    – G/452R.V3[81]
    – varian India

Referensi

  1. ^ Shahhosseini, N., Wong, G., Kobinger, G.P., dan Chinikar, S. (Juni 2021). "SARS-CoV-2 Spillover Transmission due to Recombination Event". Gene Reports. 23: 101045. doi:10.1016/j.genrep.2021.101045. 
  2. ^ Shahhosseini, Nariman; Babuadze, George; Wong, Gary; Kobinger, Gary (2021). "Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of Concern". Microorganisms. 9 (5): 926. doi:10.3390/microorganisms9050926 alt=Dapat diakses gratis. Diakses tanggal 4 Mei 2021. 
  3. ^ Tao, Kaiming; Tzou, Philip L.; Nouhin, Janin; Gupta, Ravindra K.; de Oliveira, Tulio; Kosakovsky Pond, Sergei L.; Fera, Daniela; Shafer, Robert W. (17 September 2021). "The biological and clinical significance of emerging SARS-CoV-2 variants". Nature Reviews Genetics. doi:10.1038/s41576-021-00408-x. 
  4. ^ "SARS-CoV-2 variants: risk assessment framework" (PDF). GOV.UK (dalam bahasa Inggris). Government Digital Service. Public Health England. 22 Mei 2021. GOV-8426. Diakses tanggal 22 Juni 2021. 
  5. ^ a b c d e "Tracking SARS-CoV-2 variants". who.int (dalam bahasa Inggris). Organisasi Kesehatan Dunia. Diakses tanggal 22 Juni 2021.  Diperbarui berkala.
  6. ^ a b c d e f "SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions". CDC.gov (dalam bahasa Inggris). Centers for Disease Control and Prevention. 11 Februari 2020. Diakses tanggal 18 Juni 2021.  Diperbarui berkala.
  7. ^ a b c d e "Variants: distribution of cases data". Public Health England (dalam bahasa Inggris). Government Digital Service. Diakses tanggal 16 Februari 2021.  Diperbarui berkala. Data hingga 19 Mei 2021 dimasukkan ke dalam pembaruan 2 Juli 2021.
  8. ^ a b c d "Living Evidence – SARS-CoV-2 variants". Agency for Clinical Innovation. nsw.gov.au (dalam bahasa Inggris). Kementerian Kesehatan (New South Wales). 23 Juli 2021. Diakses tanggal 22 Maret 2021.  Diperbarui berkala.
  9. ^ a b "SARS-CoV-2 variants of concern". ECDC.eu (dalam bahasa Inggris). European Centre for Disease Prevention and Control. Diakses tanggal 12 Mei 2021.  Diperbarui berkala
  10. ^ "Coronavirus Disease (COVID-19) Situation Reports". who.int (dalam bahasa Inggris). Organisasi Kesehatan Dunia. Diakses tanggal 14 Juni 2021.  Diperbarui berkala.
  11. ^ "Investigation of SARS-CoV-2 variants of concern: technical briefings". GOV.UK (dalam bahasa Inggris). Government Digital Service. Public Health England. Diakses tanggal 15 Juni 2021.  Diperbarui berkala.
  12. ^ "Investigation of SARS-CoV-2 variants of concern: variant risk assessments". GOV.UK (dalam bahasa Inggris). Government Digital Service. Public Health England. Diakses tanggal 19 Juni 2021.  Diperbarui berkala.
  13. ^ a b c d e f g Weekly epidemiological update on COVID-19 - 20 July 2021 (Situation report) (dalam bahasa Inggris). Organisasi Kesehatan Dunia. 20 Juli 2021. Diakses tanggal 24 Juli 2021. 
  14. ^ Weekly epidemiological update on COVID-19 - 22 June 2021 (Situation report) (dalam bahasa Inggris). Organisasi Kesehatan Dunia. 22 Juni 2021. Diakses tanggal 26 Juni 2021. 
  15. ^ Rambaut, A., Loman, N., Pybus, O., Barclay, W., Barrett, J., Carabelli, A., Connor, T., Peacock, T., Robertson, D.L., dan Volz, E. (18 Desember 2020). "Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations". Virological (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 14 Juni 2021. 
  16. ^ Investigation of novel SARS-COV-2 variant, technical briefing 1 (PDF) (Briefing). Public Health England. 21 Desember 2020. Diakses tanggal 6 Juni 2021. 
  17. ^ a b c d e "Emerging SARS-CoV-2 Variants". CDC.gov (dalam bahasa Inggris). Centers for Disease Control and Prevention. 28 Januari 2021. Diakses tanggal 4 Januari 2021.  Artikel ini memuat teks dari sumber tersebut, yang berada dalam ranah publik.
  18. ^ Chand et al. (2020), hlm. 6, Potential impact of spike variant N501Y.
  19. ^ a b c d Campbell, F., Archer, B., Laurenson-Schafer, H., Jinnai, Y., Konings, F., Batra, N., Pavlin, B., Vandemaele, K., Van Kerkhove, M.D., Jombart, T., Morgan, O., dan le Polain de Waroux, O. (Juni 2021). "Increased transmissibility and global spread of SARS-CoV-2 variants of concern as at June 2021". Euro Surveillance. 26 (24): 2100509. doi:10.2807/1560-7917.ES.2021.26.24.2100509. 
  20. ^ Nyberg, T., Twohig, K.A., Harris, R.J., Seaman, S.R., Flannagan, J., Allen, H., Charlett, A., De Angelis, D., Dabrera, G., dan Presanis, A.M. (Juni 2021). "Risk of hospital admission for patients with SARS-CoV-2 variant B.1.1.7: cohort analysis". BMJ. 373: n1412. doi:10.1136/bmj.n1412. 
  21. ^ a b "SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England Technical Briefing 21" (PDF). Public Health England (dalam bahasa Inggris). 20 Agustus 2021. hlm. 16 dan 22. Diakses tanggal 29 Agustus 2021. 
  22. ^ Investigation of novel SARS-CoV-2 variant 202012/01, technical briefing 5 (PDF) (Briefing). Public Health England. 2 Februari 2021. GW-1905. Diakses tanggal 14 Juni 2021. 
  23. ^ Investigation of SARS-CoV-2 variants of concern in England, technical briefing 6 (PDF) (Laporan teknis). Public Health England. 13 Februari 2021. GW-1934. Diakses tanggal 6 Juni 2021. 
  24. ^ Chand dkk. (2020), hlm. 6, Potential impact of spike variant N501Y.
  25. ^ a b Collier DA, De Marco A, Ferreira IA, Meng B, Datir RP, Walls AC, et al. (Mei 2021). "Sensitivity of SARS-CoV-2 B.1.1.7 to mRNA vaccine-elicited antibodies". Nature (Published). 593 (7857): 136–141. doi:10.1038/s41586-021-03412-7 alt=Dapat diakses gratis. We therefore generated pseudoviruses that carried the B.1.1.7 spike mutations with or without the additional E484K substitution and tested these against sera obtained after the first and second dose of the BNT162b2 mRNA vaccine as well as against convalescent sera. After the second vaccine dose, we observed a considerable loss of neutralising activity for the pseudovirus with the B.1.1.7 spike mutations and E484K (Fig. 3d, e). The mean fold change for the E484K-containing B.1.1.7 spike variant was 6.7 compared with 1.9 for the B.1.1.7 variant, relative to the wild-type spike protein (Fig. 3a–c and Extended Data Fig. 5). Similarly, when we tested a panel of convalescent sera with a range of neutralisation titres (Fig. 1f, g and Extended Data Fig. 5), we observed additional loss of activity against the mutant B.1.1.7 spike with E484K, with fold change of 11.4 relative to the wild-type spike protein (Fig. 3f, g and Extended Data Fig. 5). 
  26. ^ Horby, P., Barclay, W., dan Huntley, C. (13 Januari 2021). NERVTAG paper: brief note on SARS-CoV-2 variants (Note). Public Health England. Diakses tanggal 6 Juni 2021. 
  27. ^ "Confirmed cases of COVID-19 variants identified in UK". GOV.UK. Public Health England. 15 Januari 2021. Diakses tanggal 5 Maret 2021. 
  28. ^ Horby, P., Barclay, W., Gupta, R., dan Huntley, C. (27 Januari 2021). NERVTAG paper: note on variant P.1 (Note) (dalam bahasa Inggris). Public Health England. Diakses tanggal 6 Juni 2021. 
  29. ^ Faria NR, Mellan TA, Whittaker C, Claro IM, Candido DD, Mishra S, et al. (Mei 2021). "Genomics and epidemiology of the P.1 SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil". Science. 372 (6544): 815–821. Bibcode:2021Sci...372..815F. doi:10.1126/science.abh2644 alt=Dapat diakses gratis. Within this plausible region of parameter space, P.1 can be between 1.7 and 2.4 times more transmissible (50% BCI, 2.0 median, with a 99% posterior probability of being >1) than local non-P1 lineages and can evade 21 to 46% (50% BCI, 32% median, with a 95% posterior probability of being able to evade at least 10%) of protective immunity elicited by previous infection with non-P.1 lineages, corresponding to 54 to 79% (50% BCI, 68% median) cross-immunity ... We estimate that infections are 1.2 to 1.9 times more likely (50% BCI, median 1.5, 90% posterior probability of being >1) to result in mortality in the period after the emergence of P.1, compared with before, although posterior estimates of this relative risk are also correlated with inferred cross-immunity. More broadly, the recent epidemic in Manaus has strained the city's health care system, leading to inadequate access to medical care. We therefore cannot determine whether the estimated increase in relative mortality risk is due to P.1 infection, stresses on the Manaus health care system, or both. Detailed clinical investigations of P.1 infections are needed. 
  30. ^ Freitas AR, Lemos DR, Beckedorff OA, Cavalcanti LP, Siqueira AM, Mello RC, et al. (19 April 2021). "The increase in the risk of severity and fatality rate of covid-19 in southern Brazil after the emergence of the Variant of Concern (VOC) SARS-CoV-2 P.1 was greater among young adults without pre-existing risk conditions". medRxiv (Preprint). doi:10.1101/2021.04.13.21255281. Diakses tanggal 23 Mei 2021. Female 20 to 39 years old, with no pre-existing risk conditions, were at risk of death 5.65 times higher in February (95% CI, 2.9-11.03; p < 0.0001) and in the age group of 40 and 59 years old, this risk was 7.7 times higher (95% CI, 5.01-11.83; p < 0.0001) comparing with November–December. ... The heterogeneity observed between the age groups was greater when we analysed the subgroup of the population without preexisting risk conditions where we found that the CFR in the female sex in the second wave was 1.95 times (95% CI, 1.38-2.76) the CFR of the first wave in the population over 85 years old and was 7.7 times (95% CI, 5.01-11.83; p < 0.0001) in the population between 40 and 59 years old. In the male population without previous diseases, the CFR in the second wave was 2.18 (95% CI, 1.62-2.93) times the CFR of the first wave in the population over 85 years old and 5.9 (95% CI, 3.2-10.85; p < 0, 0001) higher in the range between 20 and 39 years old. 
  31. ^ SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England, technical briefing 10 (PDF) (Briefing). Public Health England. 7 Mei 2021. GOV-8226. Diakses tanggal 6 Juni 2021. 
  32. ^ a b "SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions". CDC.gov (dalam bahasa Inggris). Centers for Disease Control and Prevention. 29 Juni 2021. Diakses tanggal 19 Februari 2021.  Diperbarui berkala.
  33. ^ Sheikh, A., McMenamin, J., Taylor, B., dan Robertson, C. (Juni 2021). "SARS-CoV-2 Delta VOC in Scotland: demographics, risk of hospital admission, and vaccine effectiveness". Lancet. 397 (10293): 2461–2462. doi:10.1016/S0140-6736(21)01358-1. 
  34. ^ Fisman, D. dan Tuite, A. (12 Juli 2021). "Progressive Increase in Virulence of Novel SARS-CoV-2 Variants in Ontario, Canada" (PDF). medRxiv (Preprint). doi:10.1101/2021.07.05.21260050. Diakses tanggal 16 September 2021. 
  35. ^ Gazit, S. (25 Agustus 2021). "Comparing SARS-CoV-2 natural immunity to vaccine-induced immunity: reinfections versus breakthrough infections" (PDF). medRxiv. doi:10.1101/2021.08.24.21262415. 
  36. ^ a b Risk assessment for SARS-CoV-2 variant Delta (PDF) (Assessment). Public Health England. 23 Juli 2021. Diakses tanggal 24 Juli 2021. 
  37. ^ Yadav, P.D., Sapkal, G.N., Abraham, P., Ella, R., Deshpande, G., Patil, D.Y., Nyayanit, D.A., Gupta, N., Sahay, R.R., Shete, A.M., Panda, S., Bhargava, B., dan Mohan, V.K. (Mei 2021). "Neutralization of variant under investigation B.1.617 with sera of BBV152 vaccinees". Clinical Infectious Diseases. Oxford University Press (ciab411). doi:10.1093/cid/ciab411. 
  38. ^ Tabel ini adalah adaptasi dan pengembangan dari Alm et al. (2020), bagan 1.
  39. ^ Rambaut A, Holmes EC, O'Toole Á, Hill V, McCrone JT, Ruis C, et al. (November 2020). "A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology". Nature Microbiology. 5 (11): 1403–1407. doi:10.1038/s41564-020-0770-5 alt=Dapat diakses gratis.  Dikutip dalam Alm et al. (2020).
  40. ^ Alm E, Broberg EK, Connor T, Hodcroft EB, Komissarov AB, Maurer-Stroh S, et al. (The WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group) (August 2020). "Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020". Euro Surveillance. 25 (32). doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410. 
  41. ^ "Nextclade" (What are the clades?). nextstrain.org (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 19 Januari 2021. 
  42. ^ a b c Bedford, T., Hodcroft, B., dan Neher, R.A. (6 Januari 2021). "Updated Nextstrain SARS-CoV-2 clade naming strategy". nextstrain.org (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 19 Januari 2021. 
  43. ^ a b Zhukova, Anna; Blassel, Luc; Lemoine, Frédéric; Morel, Marie; Voznica, Jakub; Gascuel, Olivier (24 November 2020). "Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2". Comptes Rendus Biologies: 1–20. doi:10.5802/crbiol.29 alt=Dapat diakses gratis. Diarsipkan dari versi asli tanggal 21 Februari 2021. Diakses tanggal 2 Maret 2021. 
  44. ^ "Genomic epidemiology of novel coronavirus – Global subsampling (Filtered to B.1.617)". nextstrain.org (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 5 Mei 2021. 
  45. ^ a b Zhang, W., Davis, B., Chen, S.S., Martinez, J.S., Plummer, J.T., dan Vail, E. (2021). "Emergence of a Novel SARS-CoV-2 Variant in Southern California". JAMA. 325 (13): 1324–1326. doi:10.1001/jama.2021.1612. Diakses tanggal 2 Oktober 2021. 
  46. ^ "clade tree (from 'Clade and lineage nomenclature')". GISAID (dalam bahasa Inggris). 4 Juli 2020. Diakses tanggal 7 Januari 2021. 
  47. ^ Tao, Kaiming; Tzou, Philip L.; Nouhin, Janin; Gupta, Ravindra K.; de Oliveira, Tulio; Kosakovsky Pond, Sergei L.; Fera, Daniela; Shafer, Robert W. (17 September 2021). "The biological and clinical significance of emerging SARS-CoV-2 variants". Nature Reviews Genetics: 1–17. doi:10.1038/s41576-021-00408-x. 
  48. ^ a b WHO Headquarters (8 Januari 2021). "3.6 Considerations for virus naming and nomenclature". SARS-CoV-2 genomic sequencing for public health goals: Interim guidance, 8 January 2021. Organisasi Kesehatan Dunia. hlm. 6. Diakses tanggal 2 Februari 2021. 
  49. ^ "Don't call it the 'British variant.' Use the correct name: B.1.1.7". STAT (dalam bahasa Inggris). 9 Februari 2021. Diakses tanggal 12 Februari 2021. 
  50. ^ Flanagan, R. (2 Februari 2021). "Why the WHO won't call it the 'U.K. variant', and you shouldn't either". CTV News (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 12 Februari 2021. 
  51. ^ "Today, @WHO announces new, easy-to-say labels for #SARSCoV2 Variants of Concern (VOCs) & Interest (VOIs)" (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 7 Juli 2021. 
  52. ^ Branswell, H. (31 Mai 2021). "The name game for coronavirus variants just got a little easier". Stat News (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 28 Juni 2021. 
  53. ^ Organisasi Kesehatan Dunia (15 Januari 2021). "Statement on the sixth meeting of the International Health Regulations (2005) Emergency Committee regarding the coronavirus disease (COVID-19) pandemic" (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 18 Januari 2021. 
  54. ^ "Covid: WHO renames UK and other variants with Greek letters". BBC News (dalam bahasa Inggris). 31 Mei 2021. Diakses tanggal 7 Juli 2021. 
  55. ^ Koyama, Takahiko; Platt, Daniela; Parida, Laxmi (Juni 2020). "Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes". Bulletin of the World Health Organization. 98: 495–504. doi:10.2471/BLT.20.253591. We detected in total 65776 variants with 5775 distinct variants. 
  56. ^ "Global phylogeny, updated by Nextstrain" (dalam bahasa Inggris). GISAID. 18 Januari 2021. Diakses tanggal 19 Januari 2021. 
  57. ^ "Nextstrain COVID-19". Nextstrain (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 1 Juni 2021. 
  58. ^ "Lineage descriptions". cov-lineages.org (dalam bahasa Inggris). Tim Pango. Diakses tanggal 24 Desember 2020. 
  59. ^ Rambaut, A., Holmes, E.C., O'Toole, Á., Hill, V., McCrone, J.T., Ruis, C., du Plessis, L., dan Pybus, O.G. (Maret 2021). "Addendum: A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology". Nature Microbiology. 6 (3): 415. doi:10.1038/s41564-021-00872-5. 
  60. ^ a b Kumar, S., Tao, Q., Weaver, S., Sanderford, M., Caraballo-Ortiz, M.A., Sharma, S., Pond, S.L., dan Miura, S. (Mei 2021). "An evolutionary portrait of the progenitor SARS-CoV-2 and its dominant offshoots in COVID-19 pandemic". Molecular Biology and Evolution. 38 (8): 3046–3059. doi:10.1093/molbev/msab118. 
  61. ^ Wu, F., Zhao, S., Yu, B., Chen, Y.M., Wang, W., Song, Z.G., Hu, Y., Tao, Z.W., Tian, J.H., Pei, Y.Y., Yuan, M.L., Zhang, Y.L., Dai, F.H., Liu, Y., Wang, Q.M., Zheng, J.J., Xu, L., Holmes, E.C., dan Zhang Y.Z. (Maret 2020). "A new coronavirus associated with human respiratory disease in China". Nature. 579 (7798): 265–269. Bibcode:2020Natur.579..265W. doi:10.1038/s41586-020-2008-3. 
  62. ^ Chiara, M., Horner, D.S., Gissi, C., dan Pesole, G. (Mei 2021). "Comparative Genomics Reveals Early Emergence and Biased Spatiotemporal Distribution of SARS-CoV-2". Molecular Biology and Evolution. 38 (6): 2547–2565. doi:10.1093/molbev/msab049. 
  63. ^ Zhou, P., Yang, X.L., Wang, X.G., Hu, B., Zhang, L., Zhang, W., Si, H.R., Zhu, Y., Li, B., Huang, C.L., Chen, H.D., Chen, J., Luo, Y., Guo, H., Jiang, R.D., Liu, M.Q., Chen, Y., Shen, X.R., Wang, X., Zheng, X.S., Zhao, K., Chen, Q.J., Deng, F., Liu, L.L., Yan, B., Zhan, F.X., Wang, Y.Y., Xiao, G.F., dan Shi, Z.L. (Maret 2020). "A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin". Nature. 579 (7798): 270–273. Bibcode:2020Natur.579..270Z. doi:10.1038/s41586-020-2012-7. 
  64. ^ Okada, P., Buathong, R., Phuygun, S., Thanadachakul, T., Parnmen, S., Wongboot, W., Waicharoen, S., Wacharapluesadee, S., Uttayamakul, S., Vachiraphan, A., Chittaganpitch, M., Mekha, N., Janejai, N., Iamsirithaworn, S., Lee, R.T., dan Maurer-Stroh, S. (Februari 2020). "Early transmission patterns of coronavirus disease 2019 (COVID-19) in travellers from Wuhan to Thailand, January 2020". Euro Surveillance. 25 (8). doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.8.2000097. 
  65. ^ "Official hCoV-19 Reference Sequence". www.gisaid.org (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 14 Mei 2021. 
  66. ^ Tao, Kaiming; Tzou, Philip L.; Nouhin, Janin; Gupta, Ravindra K.; de Oliveira, Tulio; Kosakovsky Pond, Sergei L.; Fera, Daniela; Shafer, Robert W. (17 September 2021). "The biological and clinical significance of emerging SARS-CoV-2 variants". Nature Reviews Genetics: 1–17. doi:10.1038/s41576-021-00408-x. 
  67. ^ IDSA Contributor (2 Februari 2021). "COVID "Mega-variant" and eight criteria for a template to assess all variants". Science Speaks: Global ID News (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 20 Februari 2021. 
  68. ^ Griffiths, E., Tanner, J., Knox, N., Hsiao, W., dan Van Domselaar, G. (15 Januari 2021). "CanCOGeN Interim Recommendations for Naming, Identifying, and Reporting SARS-CoV-2 Variants of Concern" (PDF). CanCOGeN (nccid.ca) (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 25 Februari 2021. 
  69. ^ Rambaut, Andrew; Loman, Nick; Pybus, Oliver; Barclay, Wendy; Barrett, Jeff; Carabelli, Alesandro; Connor, Tom; Peacock, Tom; L. Robertson, David; Vol, Erik (2020). Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations (Laporan). Written on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK. Diakses tanggal 20 Desember 2020. 
  70. ^ a b Chand, Meera; Hopkins, Susan; Dabrera, Gavin; Achison, Christina; Barclay, Wendy; Ferguson, Neil; Volz, Erik; Loman, Nick; Rambaut, Andrew; Barrett, Jeff (21 Desember 2020). Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01 (PDF) (Laporan). Public Health England. Diakses tanggal 23 Desember 2020. 
  71. ^ CDC. "Emerging SARS-CoV-2 Variants" (dalam bahasa Inggris). Centers for Disease Control and Prevention. Diakses tanggal 4 Januari 2021.  Artikel ini memuat teks dari sumber tersebut, yang berada dalam ranah publik.
  72. ^ "New evidence on VUI-202012/01 and review of the public health risk assessment". khub.net (dalam bahasa Inggris). 15 Desember 2020. 
  73. ^ "COG-UK Showcase Event - YouTube" (dalam bahasa Inggris). YouTube. Diakses tanggal 25 Desember 2020. 
  74. ^ "Dua Kasus Mutasi Corona Asal Inggris Ditemukan di Indonesia". CNN Indonesia. 2 Maret 2021. Diakses tanggal 2 Maret 2021. 
  75. ^ "Wamenkes Laporkan 2 Kasus Pertama Mutasi Corona B117 di Indonesia". detikHealth. 2 Maret 2021. Diakses tanggal 2 Maret 2021. 
  76. ^ Jawahir Gustav Rizal (2 Maret 2021). Sari Hardiyanto, ed. "Mutasi Virus Corona B.1.1.7 Sudah Masuk Indonesia". Kompas.com. Diakses tanggal 2 Maret 2021. 
  77. ^ CDC. "Emerging SARS-CoV-2 Variants" (dalam bahasa Inggris). Centers for Disease Control and Prevention. Diakses tanggal 4 Januari 2021.  Artikel ini memuat teks dari sumber tersebut, yang berada dalam ranah publik.
  78. ^ a b "South Africa announces a new coronavirus variant". The New York Times (dalam bahasa Inggris). 18 Desember 2020. Diakses tanggal 20 Desember 2020. 
  79. ^ a b Wroughton, Lesley; Bearak, Max (18 Desember 2020). "South Africa coronavirus: Second wave fueled by new strain, teen 'rage festivals'". The Washington Post (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 20 Desember 2020. 
  80. ^ Mkhize, Dr Zwelini (18 December 2020). "Update on Covid-19 (18th December 2020)" (Siaran pers). South Africa. COVID-19 South African Online Portal. Diakses tanggal 23 Desember 2020. Our clinicians have also warned us that things have changed and that younger, previously healthy people are now becoming very sick. 
  81. ^ "COVID-19 Weekly Epidemiological Update (2 May 2021)" (PDF). reliefweb.int (dalam bahasa Inggris). Organisasi Kesehatan Dunia. Diakses tanggal 6 May 2021. 
  82. ^ "Confirmed cases of COVID-19 variants identified in UK". www.gov.uk (dalam bahasa Inggris). 15 April 2021. Diakses tanggal 2021-04-20.  Artikel ini menggabungkan teks yang dipublikasikan di bawah Open Government Licence v3.0.
  83. ^ "Covid: WHO renames UK and other variants with Greek letters". BBC News (dalam bahasa Inggris). 2021-05-31. Diakses tanggal 2021-06-08. 
  84. ^ "Tracking of Variants". gisaid.org (dalam bahasa Inggris). GISAID. 26 April 2021. Diakses tanggal 30 May 2021. 
  85. ^ "Expert reaction to cases of variant B.1.617 (the 'Indian variant') being investigated in the UK". Science Media Centre (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 20 April 2021. 
  86. ^ WHO labels a Covid strain in India as a ‘variant of concern’ — here’s what we know, CNBC, 11 May 2021.
  87. ^ WHO says India Covid variant of 'global concern', BBC News, 11 May 2021.
  88. ^ India’s second COVID-19 wave, The Wire Science, 22 April 2021.
  89. ^ Mercatelli, Daniele; Triboli, Luca; Fornasari, Eleonora; Ray, Forest; Giorgi, Federico M. (18 November 2020). "Coronapp: A web application to annotate and monitor SARS‐CoV‐2 mutations". Journal of Medical Virology (dalam bahasa Inggris). doi:10.1002/jmv.26678 alt=Dapat diakses gratis. 
  90. ^ Zhou, Wenyang; Xu, Chang; Wang, Pingping; Luo, Meng; Xu, Zhaochun; Cheng, Rui; Jin, Xiyun; Guo, Yu; Xue, Guangfu; Juan, Liran; Nie, Huan; Jiang, Qinghua (23 November 2020). "N439K variant in spike protein may alter the infection efficiency and antigenicity of SARS-CoV-2 based on molecular dynamics simulation" (dalam bahasa Inggris). bioRxiv. doi:10.1101/2020.11.21.392407. 
  91. ^ "Hunt on for future Covid mutations that cause treatments to lose potency". The Guardian (dalam bahasa Inggris). 20 Oktober 2020. Diakses tanggal 23 Desember 2020. 
  92. ^ Ian Sample, ed. (20 Oktober 2020). "Hunt on for future Covid mutations that cause treatments to lose potency". The Guardian (dalam bahasa Inggris). ISSN 0261-3077. Diakses tanggal 23 Desember 2020. 
  93. ^ "Eijkman Ungkap 48 Kasus Mutasi N439K Terdeteksi di Indonesia". CNN Indonesia. 12 Maret 2021. Diakses tanggal 19 Maret 2021. 
  94. ^ Vincent Fabian Thomas (13 Maret 2021). "48 Kasus Varian Baru COVID-19 N439K Ditemukan di Indonesia". Tirto.id. Diakses tanggal 19 Maret 2021. 
  95. ^ Greenwood, Michael (15 Januari 2021). ""What Mutations of SARS-CoV-2 are Causing Concern?"". News Medical Lifesciences (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 16 Januari 2021. 
  96. ^ "escape mutation" (dalam bahasa Inggris). HIV i-Base. 11 Oktober 2012. Diakses tanggal 19 Februari 2021. 
  97. ^ Wise, Jacqui (5 Februari 2021). "Covid-19: The E484K mutation and the risks it poses". The BMJ. 372: n359. doi:10.1136/bmj.n359 alt=Dapat diakses gratis. ISSN 1756-1833. 
  98. ^ a b c "Brief report: New Variant Strain of SARS-CoV-2 Identified in Travelers from Brazil" (PDF) (Siaran pers). Jepang: NIID (National Institute of Infectious Diseases). 12 Januari 2021. Diakses tanggal 14 Januari 2021. 
  99. ^ a b "Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings". Virological (dalam bahasa Inggris). 12 Januari 2021. Diakses tanggal 23 Januari 2021. 
  100. ^ Voloch, Carolina M.; F, Ronaldo da Silva; Almeida, Luiz G. P. de; Cardoso, Cynthia C.; Brustolini, Otavio J.; Gerber, Alexandra L.; Guimarães, Ana Paula de C.; Mariani, Diana; Costa, Raissa Mirella da; Ferreira, Orlando C.; Workgroup, Covid19-UFRJ (26 Desember 2020). "Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2 lineage from Rio de Janeiro, Brazil". Le Phare de l'Esperanto (dalam bahasa Inggris). doi:10.1101/2020.12.23.20248598. ISSN 2024-8598 – via MedRxiv. 
  101. ^ Alam, Sarah Oktaviani (6 April 2021). "Mutasi 'Eek' Masuk Indonesia, Ini Dampaknya pada Efikasi Vaksin COVID-19". detikHealth. Diakses tanggal 8 April 2021. 
  102. ^ Arbi, Ivany Atina (6 April 2021). "Kasus Mutasi Virus Corona E484K 'Eek' Ditemukan di Jakarta, Apa Itu?". Kompas.com. Diakses tanggal 8 April 2021. 
  103. ^ COG-UK update on SARS-CoV-2 Spike mutations of special interest: Report 1 (PDF) (Laporan). COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK). 20 December 2020. hlm. 7. Diarsipkan dari versi asli (PDF) tanggal 25 Desember 2020. Diakses tanggal 31 Desember 2020. 
  104. ^ "De fleste restriktioner læmpes i Nordjylland" [Kebanyakan Pembatasan Sosial di Jutlandia Utara Dilonggarkan] (dalam bahasa Inggris). Sundheds- og Ældreministeriet. 19 November 2020. 

Bacaan lebih lanjut

Pranala luar

Scholia memiliki profil tentang Varian SARS-CoV-2 (Q104450895).
Lihat entri Covid-19 di kamus bebas Wiktionary.


Diperoleh dari "https://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Varian_SARS-CoV-2&oldid=19307606"