Pada 2018, ia bergabung ke Chelsea dengan status pemain pinjaman selama satu musim dan berhasil meraih gelar juara Liga Eropa UEFA pada musim perdana bersama klub itu.
Werner100359
Chelsea kemudian mengontrak Kovačić secara permanen pada 2019 dan pada akhir musim 2019–20 para penggemar klub itu menobatkannya sebagai Pemain Terbaik Tahunan Chelsea.
