Sekuensing nanopore

Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas
Loncat ke navigasi Loncat ke pencarian

Sekuensing nanopore adalah pendekatan generasi ketiga[1] yang digunakan dalam proses sekuensing biopolimer - khususnya polinukleotida dalam bentuk DNA atau RNA.

Dengan melakukan sekuensing nanpore, molekul DNA atau RNA tunggal dapat disekuensi tanpa memerlukan amplifikasi PCR atau pelabelan kimia pada sampel. Paling tidak salah satu langkah ini diperlukan dalam prosedur sekuensing yang telah dikembangkan sebelumnya. Sekuensing nanopore memiliki potensi sebagai metode genotiping yang relatif murah, memiliki mobilitas yang tinggi dalam proses pengujian, serta memiliki waktu pemrosesan yang cepat. Publikasi mengenai metode sekuensing nanopore menjabarkan kegunaannya dalam identifikasi patogen virus secara cepat,[2] pengawasan ebola,[3] pengawasan lingkungan,[4] pengawasan ketahanan pangan, sekuensing genom manusia,[5] sekuensing genom tumbuhan,[6] pengawasan kekebalan terhadap antibiotik,[7] haplotiping[8] dan kegunaan-kegunaan lainnya.

Catatan kaki[sunting | sunting sumber]

  1. ^ Niedringhaus, Thomas P.; Milanova, Denitsa; Kerby, Matthew B.; Snyder, Michael P.; Barron, Annelise E. (2011-06-15). "Landscape of Next-Generation Sequencing Technologies". Analytical Chemistry. 83 (12): 4327–4341. doi:10.1021/ac2010857. PMC 3437308alt=Dapat diakses gratis. PMID 21612267. 
  2. ^ Greninger, Alexander L.; et al. (2015). "Rapid metagenomic identification of viral pathogens in clinical samples by real-time nanopore sequencing analysis". Genome Medicine. 7 (1). bioRxiv 020420alt=Dapat diakses gratis. doi:10.1186/s13073-015-0220-9. 
  3. ^ Nick Loman (15 May 2015). "How a small backpack for fast genomic sequencing is helping combat Ebola". The Conversation. 
  4. ^ "TGAC's take on the first portable DNA sequencing 'laboratory'". EurekAlert!. 19 March 2015. 
  5. ^ "nanopore-wgs-consortium/NA12878". GitHub. Diakses tanggal 2017-01-10. 
  6. ^ "Solanum pennellii (new cultivar) - PlabiPD". www.plabipd.de. Diakses tanggal 2017-01-10. 
  7. ^ Cao, Minh Duc; Ganesamoorthy, Devika; Elliott, Alysha G.; Zhang, Huihui; Cooper, Matthew A.; Coin, Lachlan J.M. (2016). "Streaming algorithms for identification of pathogens and antibiotic resistance potential from real-time MinIONTM sequencing". GigaScience. 5 (1). bioRxiv 019356alt=Dapat diakses gratis. doi:10.1186/s13742-016-0137-2. 
  8. ^ Ammar, Ron; Paton, Tara A.; Torti, Dax; Shlien, Adam; Bader, Gary D. (2015). "Long read nanopore sequencing for detection of HLA and CYP2D6 variants and haplotypes". F1000Research. doi:10.12688/f1000research.6037.2. 

Jurnal[sunting | sunting sumber]