Pengurutan keseluruhan genom

Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas
Loncat ke navigasi Loncat ke pencarian
Elektropherogram biasanya digunakan untuk mengurutkan bagian-bagian genom.[1]
Gambar 46 kromosom, membentuk genom diploid manusia (lelaki). (Mitokondria tidak ditampilkan dalam gambar ini).

Pengurutan keseluruhan genom atau Whole genome sequencing (WGS) atau pengurutan genom lengkap adalah proses menentukan urutan DNA lengkap dari suatu genom organisme pada satu waktu. Ini mencakup pengurutan semua kromosom organisme serta DNA yang terkandung dalam mitokondria dan juga untuk tanaman, dalam kloroplas. Dalam praktiknya, pengurutan genom yang hampir lengkap disebut juga pengurutan keseluruhan genom (WGS).[2]

WGS telah banyak digunakan sebagai alat penelitian, dan saat ini sedang disosialisasikan ke klinik.[3][4][5] Personalized medicine (suatu managemen di dunia kedokteran berdasarkan informasi genotype dari pasien) di masa depan, seluruh data urutan genom dapat menjadi alat penting untuk memandu terapeutik.[6] Alat pengurutan DNA pada PNT juga digunakan untuk menentukan varian fungsional dari asosiasi genetik dan meningkatkan pengetahuan bagi para peneliti yang tertarik pada biologi evolusioner, sehingga dapat menjadi dasar untuk memprediksi kerentanan penyakit dan respons obat.

WGS berbeda dengan pengujian DNA, yang hanya menentukan kemungkinan suatu bahan genetik berasal dari individu atau kelompok tertentu, dan tidak mengandung informasi tambahan tentang hubungan genetik, asal atau kerentanan terhadap penyakit tertentu.[7] Selain itu, WGS juga jangan dicampuradukkan dengan metode yang mengurutkan subset genom spesisifk - metode tersebut termasuk pengurutan eksom (1-2% dari genom) atau genotype PNT (<0,1% dari genom).

Hingga 2017, belum ada genom lengkap untuk mamalia, termasuk manusia. Antara 4% hingga 9% genom manusia, sebagian besar adalah DNA satelit dan belum diurutkan.[8]

Referensi[sunting | sunting sumber]

  1. ^ Alberts, Bruce; Johnson, Alexander; Lewis, Julian; Raff, Martin; Roberts, Keith; Walter, Peter (2008). "Chapter 8". Molecular biology of the cell (edisi ke-5th). New York: Garland Science. hlm. 550. ISBN 978-0-8153-4106-2. 
  2. ^ "Definition of whole-genome sequencing - NCI Dictionary of Cancer Terms". National Cancer Institute (dalam bahasa Inggris). 2012-07-20. Diakses tanggal 2018-10-13. 
  3. ^ Gilissen (Jul 2014). "Genome sequencing identifies major causes of severe intellectual disability". Nature. 511 (7509): 344–7. Bibcode:2014Natur.511..344G. doi:10.1038/nature13394. PMID 24896178. 
  4. ^ Nones, K; Waddell, N; Wayte, N; Patch, AM; Bailey, P; Newell, F; Holmes, O; Fink, JL; Quinn, MC; Tang, YH; Lampe, G; Quek, K; Loffler, KA; Manning, S; Idrisoglu, S; Miller, D; Xu, Q; Waddell, N; Wilson, PJ; Bruxner, TJ; Christ, AN; Harliwong, I; Nourse, C; Nourbakhsh, E; Anderson, M; Kazakoff, S; Leonard, C; Wood, S; Simpson, PT; Reid, LE; Krause, L; Hussey, DJ; Watson, DI; Lord, RV; Nancarrow, D; Phillips, WA; Gotley, D; Smithers, BM; Whiteman, DC; Hayward, NK; Campbell, PJ; Pearson, JV; Grimmond, SM; Barbour, AP (29 October 2014). "Genomic catastrophes frequently arise in esophageal adenocarcinoma and drive tumorigenesis". Nature Communications. 5: 5224. Bibcode:2014NatCo...5.5224N. doi:10.1038/ncomms6224. PMC 4596003alt=Dapat diakses gratis. PMID 25351503. 
  5. ^ van El, CG; Cornel, MC; Borry, P; Hastings, RJ; Fellmann, F; Hodgson, SV; Howard, HC; Cambon-Thomsen, A; Knoppers, BM; Meijers-Heijboer, H; Scheffer, H; Tranebjaerg, L; Dondorp, W; de Wert, GM (June 2013). "Whole-genome sequencing in health care. Recommendations of the European Society of Human Genetics". European Journal of Human Genetics. 21 Suppl 1: S1–5. doi:10.1038/ejhg.2013.46. PMC 3660957alt=Dapat diakses gratis. PMID 23819146. 
  6. ^ Mooney, Sean (Sep 2014). "Progress towards the integration of pharmacogenomics in practice". Human Genetics. 134 (5): 459–65. doi:10.1007/s00439-014-1484-7. PMC 4362928alt=Dapat diakses gratis. PMID 25238897. 
  7. ^ Kijk magazine, 01 January 2009
  8. ^ "Psst, the human genome was never completely sequenced". STAT (dalam bahasa Inggris). 2017-06-20. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2017-10-23. Diakses tanggal 2017-10-23.