Rhizobium

Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas
Loncat ke navigasi Loncat ke pencarian
Rhizobium
Rhizobium tropici strain BR816 on TY agar.JPG
Rhizobium tropici on an agar plate.
Klasifikasi ilmiah
Kerajaan: Bacteria
Filum: Proteobacteria
Kelas: Alphaproteobacteria
Ordo: Rhizobiales
Famili: Rhizobiaceae
Genus: Rhizobium
Frank 1889
Spesies tipe
Rhizobium leguminosarum
Spesies[1]

Lihat teks.

Rhizobium adalah genus bakteri tanah Gram-negatif yang memfiksasi nitrogen. Spesies Rhizobium membentuk asosiasi pengikat nitrogen endosimbiotik dengan akar kacang-kacangan dan Parasponia.

Bakteri ini mengkolonisasi sel-sel tumbuhan di dalam nodul akar, di mana mereka mengubah nitrogen atmosfer menjadi amonia dan kemudian memberikan senyawa nitrogen organik seperti glutamina atau ureida ke tanaman. Tanaman, pada gilirannya, menyediakan senyawa organik yang dibuat dengan fotosintesis untuk bakteri.[2] Hubungan yang saling menguntungkan ini terjadi pada semua rhizobia, di mana genus Rhizobium adalah contoh yang khas.

Sejarah[sunting | sunting sumber]

Martinus Beijerinck adalah yang pertama kali mengisolasi dan menumbuhkan mikroorganisme dari nodul kacang-kacangan pada tahun 1888. Ia menamakannya Bacillus radicicola, yang sekarang ditempatkan dalam Bergey's Manual of Determinative Bacteriology di bawah genus Rhizobium.

Penelitian[sunting | sunting sumber]

Rhizobium membentuk hubungan simbiosis dengan tanaman tertentu seperti kacang-kacangan, memfiksasi nitrogen dari udara menjadi amonia, yang bertindak sebagai pupuk alami untuk tanaman. Penelitian saat ini sedang dilakukan oleh ahli mikrobiologi dari Agricultural Research Service untuk menemukan cara untuk memanfaatkan fiksasi nitrogen Rhizobium. Penelitian ini melibatkan pemetaan genetik dari berbagai spesies rhizobia dengan spesies tanaman simbiotik masing-masing, seperti alfalfa atau kedelai. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk meningkatkan produktivitas tanaman tanpa menggunakan pupuk.[3]

Dalam biologi molekuler, Rhizobium juga telah diidentifikasi sebagai pencemar dari kit pereaksi ekstraksi DNA dan sistem air ultra murni, sehingga Rhizobium dapat muncul secara keliru di kumpulan data mikrobiota atau metagenom.[4] Kehadiran bakteri pengikat nitrogen sebagai kontaminan mungkin karena penggunaan gas nitrogen dalam produksi air ultra-murni untuk menghambat pertumbuhan mikrob dalam tangki penyimpanan.[5]

Spesies[sunting | sunting sumber]

Filogeni[sunting | sunting sumber]

Taksonomi yang diterima saat ini berdasarkan List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) [1] dan National Center for Biotechnology Information (NCBI)[16] dan filogeninya berdasarkan LTP rilis 106 berbasis 16S rRNA oleh The All-Species Living Tree Project.[17]

Rhizobium lusitanum Valverde et al. 2006

Rhizobium rhizogenes (Riker et al. 1930) Young et al. 2001

Agrobacterium rubi Hildebrand 1940

Rhizobium multihospitium Han et al. 2008

Rhizobium tropici Martínez-Romero et al. 1991

Rhizobium miluonense Gu et al. 2008

Rhizobium leguminosarum (Frank 1879) Frank 1889 (Approved Lists 1980) emend. Ramírez-Bahena et al. 2008[18]

Rhizobium endophyticum López-López et al. 2011

Rhizobium tibeticum Hou et al. 2009

Rhizobium etli Segovia et al. 1993

Rhizobium pisi Ramírez-Bahena et al. 2008

Rhizobium phaseoli Dangeard 1926 (Approved Lists 1980) emend. Ramírez-Bahena et al. 2008

Rhizobium fabae Tian et al. 2008

Rhizobium hainanense Chen et al. 1997

Arthrobacter viscosus Gasdorf et al. 1965[19]

Rhizobium alamii Berge et al. 2009

Rhizobium mesosinicum Lin et al. 2009

Rhizobium sullae Squartini et al. 2002

Rhizobium indigoferae Wei et al. 2002

Rhizobium gallicum Amarger et al. 1997

Rhizobium yanglingense Tan et al. 2001

Rhizobium mongolense Van Berkum et al. 1998

Rhizobium oryzae Peng et al. 2008

Rhizobium loessense Wei et al. 2003

Rhizobium tubonense Zhang et al. 2011

Rhizobium cellulosilyticum García-Fraile et al. 2007

Rhizobium soli Yoon et al. 2010

Neorhizobium galegae Lindström 1989

Neorhizobium vignae Ren et al. 2011

Neorhizobium huautlense Wang et al. 1998

Neorhizobium alkalisoli Lu et al. 2009

Referensi[sunting | sunting sumber]

  1. ^ a b J.P. Euzéby. "Rhizobium". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Diarsipkan dari versi asli tanggal 2012-05-23. Diakses tanggal 2012-05-02. 
  2. ^ Sawada H, Kuykendall LD, Young JM (2003). "Changing concepts in the systematics of bacterial nitrogen-fixing legume symbionts". J. Gen. Appl. Microbiol. 49 (3): 155–79. doi:10.2323/jgam.49.155. PMID 12949698. 
  3. ^ "Marvelous Microbe Collections Accelerate Discoveries To Protect People, Plants—and More!". Agricultural Research. United States Department of Agriculture. January 2010. Diakses tanggal 10 August 2018. 
  4. ^ Templat:Cite biorxiv
  5. ^ Kulakov, L; McAlister, M; Ogden, K; Larkin, M; O'Hanlon, J (2002). "Analysis of Bacteria Contaminating Ultrapure Water in Industrial Systems". Applied and Environmental Microbiology. 68: 1548–1555. doi:10.1128/AEM.68.4.1548-1555.2002. PMC 123900alt=Dapat diakses gratis. PMID 11916667. 
  6. ^ NOTE: This strain was formerly named Blastobacter aggregatus.
  7. ^ NOTE: This species was formerly known as R. leguminosarum sv. phaseoli.
  8. ^ a b Amarger N, Macheret V, Laguerre G (1997). "Rhizobium gallicum sp. nov. and Rhizobium giardinii sp. nov., from Phaseolus vulgaris nodules". Int. J. Syst. Bacteriol. 47 (4): 996–1006. doi:10.1099/00207713-47-4-996. PMID 9336898. 
  9. ^ a b c NOTE: R. gallicum and R. mongolense are 99.2% identical in their rDNA and may be the same species. It has been proposed by Silva et al. that R. mongolense and R. yanglingense be reclassified as R. gallicum sv. orientale.
  10. ^ Diange, E. A.; Lee, S. S. (2013). "Rhizobium halotolerans sp. nov., Isolated from Chloroethylenes Contaminated Soil". Current Microbiology. 66 (6): 599–605. doi:10.1007/s00284-013-0313-x. PMID 23377488. 
  11. ^ a b Marek-Kozaczuk M, Leszcz A, Wielbo J, Wdowiak-Wróbel S, Skorupska A (2013). "Rhizobium pisi sv. trifolii K3.22 harboring nod genes of the Rhizobium leguminosarum sv. trifolii cluster". Syst. Appl. Microbiol. 36 (4): 252–8. doi:10.1016/j.syapm.2013.01.005. PMID 23507586. 
  12. ^ Kesari, V.; Ramesh, A. M.; Rangan, L. (2013). "Rhizobium pongamiae sp. nov. From Root Nodules of Pongamia pinnata". BioMed Research International. 2013: 1–9. doi:10.1155/2013/165198. 
  13. ^ Xu, Lin; Zhang, Yong; Deng, Zheng Shan; Zhao, Liang; Wei, Xiu Li; Wei, Ge Hong (2013). "Rhizobium qilianshanense sp. nov., a novel species isolated from root nodule of *Oxytropis ochrocephala Bunge in China". Antonie van Leeuwenhoek. 103 (3): 559–565. doi:10.1007/s10482-012-9840-x. 
  14. ^ Turdahon M, Osman G, Hamdun M, Yusuf K, Abdurehim Z, Abaydulla G, Abdukerim M, Fang C, Rahman E (2012). "Rhizobium tarimense sp. nov. isolated from soil in the ancient Khiyik river of Xinjiang, China". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 63 (Pt 7): 2424–9. doi:10.1099/ijs.0.042176-0. PMID 23203621. 
  15. ^ Fang Wang; En Tao Wang; Li Juan Wu; Xin Hua Sui; Ying Li Jr. & Wen Xin Chen (2011). "Rhizobium vallis sp. nov., isolated from nodules of three leguminous species". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 61 (11): 2582–2588. doi:10.1099/ijs.0.026484-0. PMID 21131504. 
  16. ^ Sayers; et al. "Rhizobium/Agrobacterium group". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Diakses tanggal 2012-05-02. 
  17. ^ All-Species Living Tree Project."16S rRNA-based LTP release 106 (full tree)" (PDF). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. Diakses tanggal 2012-05-02. 
  18. ^ This is the type species for the genus.
  19. ^ Arthrobacter viscosus sekarang diklasifikasikan dalam Micrococcaceae. Lihat Arthrobacter.

Pranala luar[sunting | sunting sumber]