Pemodelan homologi

Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas
Langsung ke: navigasi, cari
Pemodelan homologi DHRS7B

Pemodelan homologi digunakan untuk mengetahui struktur sekunder dari sekuen asam amino dengan cara membandingkan dengan sekuen yang telah diketahui strukturnya.[1] Pemodelan homologi disebut juga dengan pemodelan komparatif yang dapat membentuk secara detil hingga struktur tiga dimensi.[2] Proses yang dilakukan pertama adalah pensejajaran antara sekuen protein yang belum diketahui dengan semua protein yang ada dalam bank data protein.[2] Setelah dilakukan proses persejajaran dari sekuen asam amino, maka didapatkan beberapa kandidat protein yang dari dapat dijadikan acuan.[2] Beberapa acuan tersebut dipilih yang memiliki resolusi terbaik yang nantinya akan dijadikan cetakan.[2] Algoritma pemodelan homologi telah dikembangkan untuk dua hal yaitu:

  • Mengkonstruksi struktur yang sangat akurat untuk pengujian protein yang kuat antara sekuen dengan cetakan ( > 60%).[2]
  • Mengkonstruksi struktur yang masuk akal untuk pengujian protein yang lemah antara sekuen dengan cetakan ( < 40%).[2]

Referensi[sunting | sunting sumber]

  1. ^ (Inggris) Srinivas VR. 2005. Bioinformatics A Modern Approach. New Delhi: Prentice-Hall.
  2. ^ a b c d e f (Inggris) Reid RE. 2000. Peptide and Protein Drug Analysis. New York: Marcel Dekker.