Daftar perguruan tinggi negeri di Kalimantan Timur
Berikut adalah daftar perguruan tinggi negeri di Kalimantan Timur, di bawah pengelolaan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Indonesia. Daftar ini tidak mencakup perguruan tinggi keagamaan di bawah pengelolaan Kementerian Agama (antara lain: sejumlah Universitas Islam Negeri atau UIN) dan perguruan tinggi kedinasan yang dikelola oleh Departemen/Kementerian atau Lembaga Pemerintah Non Departemen lainnya (misalnya: perguruan tinggi swasta maupun perguruan tinggi Islam swasta), yang masing-masing mempunyai daftar tersendiri.
Sesuai Undang-undang Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional, perguruan tinggi dapat berbentuk Universitas, Institut, Sekolah Tinggi, Politeknik, atau Akademi.
Balikpapan
Samarinda
STAIN (Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri) Samarinda